应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 药学 » 药物化学 » SYBYL-X2.0软件surflex-dock相关问题求助
31/1返回列表
查看: 846  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

小木金子

新虫 (正式写手)

[求助] SYBYL-X2.0软件surflex-dock相关问题求助 已有1人参与

1、用于创建protomol文件的配体分子是PDB蛋白质的原始配体还是想要用于进行对接的化合物分子？
2、对接前，对接的化合物分子是否需要事先进行Tripo能量最小化处理？
3、对接前，蛋白质准备时一定要删去水分子吗？不删的话有什么影响吗？
希望各位有经验的虫友多多分享经验，经验一经采用，定当50金币酬谢！

发自小木虫IOS客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2020-02-07 10:54:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lizi1226

银虫 (正式写手)
你的问题解决没？同问啊

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2020-02-08 21:42:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一代米哟

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1、当然是原始配体，protomol是将蛋白口袋提取出来成为一个用于对接的模型。对接前，要对接的化合物分子跟它没有半毛钱关系。2、要的。3、无用的水分子要删掉，关键的水分子要保留。水分子占据口袋内空间，不删掉的话，化合物能对接进去吗？
赞一下 回复此楼
3楼2021-12-02 15:41:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 小木金子 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂，一志愿山东大学，数二英一，302 +3 nini412 2026-03-08 3/150 2026-03-14 04:23 by JourneyLucky
[考研] 一志愿天津大学，英一数二305分求调剂，四六级已过 +8 小小番的茄 2026-03-09 8/400 2026-03-14 01:53 by JourneyLucky
[考研] 一志愿安徽大学材料工程专硕313分，求调剂的学校 +8 Yu先生 2026-03-10 10/500 2026-03-14 01:04 by JourneyLucky
[考研] b区环境工程求调剂 +4 Maps1 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:23 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 Mochaaaa 2026-03-12 7/350 2026-03-13 22:18 by 星空星月
[考研] 一志愿西南交大，材料专硕317求调剂 +5 lx8568 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:43 by peike
[考研] 0703化学一志愿211 总分320求调剂 +5 玛卡巴卡啊哈 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:40 by JourneyLucky
[考研] 化学学硕求调剂 +8 努力奋斗112 2026-03-12 9/450 2026-03-13 15:41 by JourneyLucky
[考研] 化工学硕306求调剂 +9 42838695 2026-03-12 9/450 2026-03-13 10:16 by houyaoxu
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-12 4/200 2026-03-12 19:33 by 求调剂zz
[考研] 纺织、生物、化学、材料相关专业招生了 +4 耶耶业 2026-03-09 7/350 2026-03-12 19:05 by Equinoxhua
[考研] 0832食品科学与工程293调剂 +4 东东不東 2026-03-07 4/200 2026-03-12 14:21 by ZhengYI21
[考研] 0817化学工程319求调剂 +8 lv945 2026-03-08 10/500 2026-03-12 05:26 by wll0811
[考研] 081200计算机科学与技术数一英一306求调剂 +3 intankt 2026-03-08 3/150 2026-03-11 10:50 by dandan413
[基金申请] 提交后的基金本子，已让学校撤回了，可否换口子提交 +3 dut_pfx 2026-03-10 3/150 2026-03-11 08:38 by kudofaye
[考研] 调剂 +5 呵唔哦豁 2026-03-10 5/250 2026-03-10 22:00 by 28375m
[考研] 0856材料与化工353分求调剂 +11 NIFFFfff 2026-03-09 11/550 2026-03-10 18:36 by suyuanhai
[考研] 0817学硕华东区求调剂 +3 30660438 2026-03-08 3/150 2026-03-10 16:55 by Pegasus0429
[考研] 一志愿：武汉理工，材料工程，英二数二 总分314 +3 2202020125 2026-03-10 4/200 2026-03-10 13:54 by xiongyaxuan
[考研] 334求调剂 +5 Trying] 2026-03-07 5/250 2026-03-09 14:47 by ruiyingmiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭