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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 药学 » 药物化学 » SYBYL-X2.0软件surflex-dock相关问题求助
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小木金子

新虫 (正式写手)

[求助] SYBYL-X2.0软件surflex-dock相关问题求助 已有1人参与

1、用于创建protomol文件的配体分子是PDB蛋白质的原始配体还是想要用于进行对接的化合物分子？
2、对接前，对接的化合物分子是否需要事先进行Tripo能量最小化处理？
3、对接前，蛋白质准备时一定要删去水分子吗？不删的话有什么影响吗？
希望各位有经验的虫友多多分享经验，经验一经采用，定当50金币酬谢！

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1楼 2020-02-07 10:54:03
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lizi1226

银虫 (正式写手)
你的问题解决没？同问啊

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2楼2020-02-08 21:42:44
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一代米哟

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1、当然是原始配体，protomol是将蛋白口袋提取出来成为一个用于对接的模型。对接前，要对接的化合物分子跟它没有半毛钱关系。2、要的。3、无用的水分子要删掉，关键的水分子要保留。水分子占据口袋内空间，不删掉的话，化合物能对接进去吗？
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3楼2021-12-02 15:41:27
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