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小木金子

新虫 (正式写手)

[求助] SYBYL-X2.0软件surflex-dock相关问题求助 已有1人参与

1、用于创建protomol文件的配体分子是PDB蛋白质的原始配体还是想要用于进行对接的化合物分子?
2、对接前,对接的化合物分子是否需要事先进行Tripo能量最小化处理?
3、对接前,蛋白质准备时一定要删去水分子吗?不删的话有什么影响吗?
希望各位有经验的虫友多多分享经验,经验一经采用,定当50金币酬谢!

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lizi1226

银虫 (正式写手)

你的问题解决没?同问啊

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2楼2020-02-08 21:42:44
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一代米哟

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1、当然是原始配体,protomol是将蛋白口袋提取出来成为一个用于对接的模型。对接前,要对接的化合物分子跟它没有半毛钱关系。2、要的。3、无用的水分子要删掉,关键的水分子要保留。水分子占据口袋内空间,不删掉的话,化合物能对接进去吗?
3楼2021-12-02 15:41:27
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