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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 16S序列拼接
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lgn07521

木虫 (小有名气)

[交流] 16S序列拼接 已有1人参与

RT: 最近在学习细菌16S测序后序列的拼接，引物是27F和1492R，所用软件为SeqMan. 利用测序公司所给的结果又两个序列片段和相应的峰图，结果在利用软件拼接时发现，当使用序列进行拼接和测序峰图进行拼接的结果会有一个单碱基不同，请问这是什么原因呢？
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1楼 2020-02-06 13:19:11
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xiaopei子

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看一下这个碱基在两段测序结果的峰型怎么样，要考虑一个反应测序的有效距离，峰不唯一的话，有必要再测一次验证

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2楼2020-02-06 20:51:29
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lgn07521

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xiaopei子 at 2020-02-06 21:51:29
看一下这个碱基在两段测序结果的峰型怎么样，要考虑一个反应测序的有效距离，峰不唯一的话，有必要再测一次验证

这个碱基两侧的峰挺好的，但是这个碱基的峰信号好像有干扰，所以有没有可能是因为用seqman软件拼接的时候，软件自动给这个碱基删除了呢？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2020-02-07 00:05:36
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