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huyaoqiao

铁虫 (小有名气)

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[求助] VASP MD 得到 amorphous结构已有1人参与

大家好。我想利用VASP跑分子动力学模拟得到amorphous结构。思路大概是从crystalline phase起先melt再quench。有一个问题是，amorphous phase的密度一般比crystalline phase密度要低，所以其晶格常数要大一些。如果始终用NVT ensemble的话晶格常数不会改变，这样得到的结构不太合理，因为得到的amorphous 结构密度和crystalline phase一样，会存在很大 residual stress。所以我试着用NpT ensemble (ISIF=3)，保持压强为一个大气压，期望晶格常数会有所增加，得到合理的结构。现在问题是，NpT  MD时候晶格常数一直不变，请问怎么回事？

INCAR file：
# General parameters for this run
System= SnO2
NCORE = 12
# Electronic specification

PREC  = Normal ! standard precision, we recomend the use of PREC = Normal
ENCUT = 150    ! cutoff should be set manually, smaller if ultra-large supercell
ISMEAR= 0
SIGMA = 0.01
LREAL = Auto    ! Real space to spped up for large molecular dynamics runs
ALGO  = Very Fast ! For large molecular dynamics runs
NELMIN= 4       ! Set minimum steps of electronic optimization
EDIFF = 1E-3    ! Do not use default, too much drift

# MD related
# NpT

ISYM  = 0       ! strongly recommened for MD, no symmertry
IBRION= 0       ! molecular dynamics
NSW = 7500    ! 7500 steps
POTIM = 2       ! timestep 2 fs

# SMASS = -1       ! Nose Hoover thermostat
ISIF  = 3
MDALGO= 3       !
TEBEG = 3000
TEEND = 300    ! temperature
PSTRESS= 0.001

# Output control

NBLOCK= 50       ! XDATCAR updated every 50 steps
NWRITE = 0       ! For MD, use NWRITE = 0 or NWRITE = 1
LCHARG = .FALSE.
LWAVE  = .FALSE.

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1楼 2020-01-30 11:51:50

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huyaoqiao

铁虫 (小有名气)

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引用回帖:

4楼: Originally posted by 时光! at 2020-01-30 12:36:02
哪里体现是NPT？

我也是查的manual设置的。有些参数不知道怎么设置就leave it default. NpT要怎么设置？
1. Set the standard MD-related tags: IBRION=0, TEBEG, POTIM, and NSW.
2. Set ISIF=3 to allow for relaxation of the cell volume and shape. At the moment, dynamics with fixed volume+variable shape (ISIF=4) or fixed shape+variable volume (ISIF=7) are not available.
3. Set MDALGO=3 to invoke the Langevin thermostat.
4. Specify friction coefficients for all species in the POSCAR file, by means of the LANGEVIN_GAMMA-tag.
5. Specify a separate set of friction coefficient for the lattice degrees-of-freedom, using the LANGEVIN_GAMMA_L-tag.
6. Set a mass for the lattice degrees-of-freedom, using the PMASS-tag.
7. Optionally, one may define an external pressure (in kB), by means of the PSTRESS-tag.