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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] 【讨论】这个体系用什么方法好呢?

最近想算算酞菁环和C60的相互作用。
体系:酞菁和C60
要研究的是:opt+freq,NBO,TDDFT,更重要的是:研究两个部分之间。相对位置不同的时候,整个体系的不同能量,以及两个部分相对位置变化时的能量曲线。
基组已定,现在我犹豫的是:用什么方法。
我最大能给它提供16个cpu核心和32个G的内存以及500G的硬盘空间

我用什么方法好呢?
当然大家也可以对我的基组提出批评。

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-6-24 at 11:03 ]
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szmeng

至尊木虫 (文坛精英)

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yuhuobuku(金币+2,VIP+0):谢谢交流 6-24 12:15
文献报道采用SDD,但用SDD与6-31g计算优化分子对称性不如LanL2DZ,楼主不妨试一下。
2楼2009-06-24 11:54:40
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):谢谢交流 6-24 18:20
引用回帖:
Originally posted by szmeng at 2009-6-24 11:54:
文献报道采用SDD,但用SDD与6-31g计算优化分子对称性不如LanL2DZ,楼主不妨试一下。

如果对称性降低,那我就由着他降低。
我现在只是不确定用什么方法好
3楼2009-06-24 16:27:00
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c111999

铜虫 (小有名气)

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yuhuobuku(金币+3,VIP+0):谢谢交流 6-24 21:45
1. smaller basis set <= 6-31G for as many atoms as possible
2. select a functional: IF the system is highly conjugated (either C60 ball or the plan is conjugated), DO NOT choose b3lyp. try bhandhlyp or a mthod with higher HF exchange percentage. If you choose b3lyp for system with large part of conjugation/aromaticity, the price you pay is a very big basis set.
3. the most efficient way may be semi-empirical method such as PM6/ZINDO if the method contain all the transition metal you need. http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1324165&fpage=1

[ Last edited by c111999 on 2009-6-25 at 02:45 ]
4楼2009-06-24 20:58:52
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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)

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请教lz
你用6-311+g(3d2f)基组的酞菁上的4个原子,也是和金属直接作用,包括同组中C60上的原子及旁边的C,随着C60旋转也可能直接和金属作用,为什么与用aug-cc-pvqz基组的原子区别对待?
还有pvqz基组没见用过,不知道相比pvtz准确度能提高多少,基函又增加了多少?
5楼2009-06-25 09:58:25
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

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引用回帖:
Originally posted by Jasminer at 2009-6-25 09:58:
你用6-311+g(3d2f)基组的酞菁上的4个原子,也是和金属直接作用,包括同组中C60上的原子及旁边的C,随着C60旋转也可能直接和金属作用,为什么与用aug-cc-pvqz基组的原子区别对待?
还有pvqz基组没见用过,不知道相比pvtz准确度能提高多少,基函又增加了多少?

你问了2个问题,我依次回答:
(1)你用6-311+g(3d2f)基组的酞菁上的4个原子,也是和金属直接作用,包括同组中C60上的原子及旁边的C,随着C60旋转也可能直接和金属作用,为什么与用aug-cc-pvqz基组的原子区别对待?
因为我限定住它的作用方式,只能是M-(6:6)的作用模式。我重点考察在(6:6)键的作用下,M的轨道的变化。C60和M的相对位置可以变化,但是必须保证(6:6)键的中心对准M。如附图untitled.gif
(2)还有pvqz基组没见用过,不知道相比pvtz准确度能提高多少,基函又增加了多少?准确度并没有提高多少,但是基函增加的不少。实际上效费比相当低,鸡肋,鸡肋!

近来看了一些文献后,逐渐圈定了一些方法了。反正手头还有别的课题做着,我也不急着开这个课题——慢慢继续读文献找方法吧,谢谢你们的回帖

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-7-5 at 16:11 ]
6楼2009-07-05 16:09:08
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)


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我感兴趣的是你是如何把球放到盘了里的?
7楼2009-07-05 16:21:34
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2009-7-5 16:21:
我感兴趣的是你是如何把球放到盘子里的?

放进盘子很简单啊,在GV中复制粘贴就是了,经过细心调整,就得到了C4结构了。呵呵,见笑了,是吧?
JACS 2007 129 11912这篇文章中是“M=铱”的时候的连接方式,就是如同我这种方式放进盘子中去的。附件是与我的结构比较相似的一个晶体的结构。
个人认为我放的还算合理,yytsnake大侠给我提点意见?不胜感激!
8楼2009-07-05 16:36:03
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
弄下来看看,有球有盘,如何嫁接还真是个技术活。当然,如果有类似的晶体结构数据,想必会轻松点。留作样本吧。多谢yjcmwgk的指教。GV这东西还真有的学。
9楼2009-07-05 20:51:46
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
这种晶体结构是如何解析出来的?做单晶解析的一定是个大牛,看来要学的东西实在太多了。什么时候也弄个单晶学着解析解析。
10楼2009-07-05 21:03:08
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