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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】步长不一致的模拟
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tttl060

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】步长不一致的模拟

请大家帮忙！
MS中Discover 模块动力学模拟，模拟步长首先选取0.2fs进行平衡,之后选取2fs再次进行平衡模拟（消除系统中聚合物和掺杂间的应力），可是再次平衡模拟就是不收敛，如何使模拟收敛？谢谢！

[ Last edited by zeoliters on 2009-11-15 at 23:40 ]
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1楼 2009-06-21 12:05:17
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):谢谢交流 6-21 16:09
一、你为什么要用 2fs 步长再模拟一次啊？
二、有没有试过其它的步长？比如1fs？
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2楼2009-06-21 16:06:18
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huihuijing6303

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 6-21 19:34
同意楼上回答，你可以尝试改变一下步长。
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3楼2009-06-21 18:22:20
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tttl060

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2009-6-21 16:06:
一、你为什么要用 2fs 步长再模拟一次啊？
二、有没有试过其它的步长？比如1fs？

使用2fs进行第二次模拟是为了消除搀杂与聚合物间的应力，从而得到0初始应力状态，其中搀杂没有固定。

利用1fs和2fs的结果一样，都不收敛。
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4楼2009-06-21 19:32:00
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qasd

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 6-21 22:04
步长由大到小容易，由小到大最好先在高温下跑一段
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5楼2009-06-21 20:23:45
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 6-21 22:04
引用回帖:
Originally posted by tttl060 at 2009-6-21 19:32:


使用2fs进行第二次模拟是为了消除搀杂与聚合物间的应力，从而得到0初始应力状态，其中搀杂没有固定。

利用1fs和2fs的结果一样，都不收敛。

消除应力，为什么要用大步长来模拟？
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6楼2009-06-21 20:49:27
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tttl060

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2009-6-21 20:49:


消除应力，为什么要用大步长来模拟？

请问您有什么好的方法？
步长由大到小容易，由小到大困难是事实，高温跑一段，关键跑不了！
目前问题有点进展了，谢谢虫友的意见！
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7楼2009-06-22 09:48:51
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
xuefei06(金币+1,VIP+0):欢迎交流！ 6-24 09:40
引用回帖:
Originally posted by tttl060 at 2009-6-22 09:48:


请问您有什么好的方法？
步长由大到小容易，由小到大困难是事实，高温跑一段，关键跑不了！
目前问题有点进展了，谢谢虫友的意见！

不是啊，我是想请教一下，用大步长来模拟，消除应力的理论依据是什么？
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8楼2009-06-22 10:16:53
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tttl060

金虫 (著名写手)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):多谢交流! 6-24 09:39
energy minimizer 过程就是消除应力的，也就是消除体系内由于bad contact而产生的内部应力。
选择大步长，积分步骤时间间隔长，更容易解除 Bad contact.
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9楼2009-06-24 08:22:22
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