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吃栗子的鱼

新虫 (初入文坛)


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ISSR 01矩阵分析
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ISSR  01矩阵怎么去看位点。我有25个地区,每个地区5份DNA,有12个引物,每个引物都进行了扩增。我想问下,我最后要输入01矩阵的时候,是把所有的DNA扩增的结果一起分析吗。那样可能有特别多的位点。还有分子量多少范围内可以算成一个位点呢。我现在只对3个地区进行分析,3个地区所有扩增的就已经400个了,所以有点奇怪。谢谢大家帮助。

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owl2010

金虫 (正式写手)



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可以把所有dna扩增的结果一起分析。具体操作如下,你有12条引物,125个样本,随便拿出一条引物,这条引物在某些样本里扩增出5条带,有些只有3条,有些7条,你可以以5条作为标准,3条的带就11100, (0表示没有,1表示有),5条就是11111,7条也是11111。如果以七条条带作为这个引物的标准,3条的带就是1110000(我只是打个比方,这三条带也有可能是1010010 不同的组合代表的是三条带出现的位置)5条的就是1111100(也有可能是1011000等多种组合 你需要marker来确定这些条带出现的位置是否与标准一致)
10楼2020-01-20 18:32:44
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2020-01-12 01:02   回复  
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KM石头3楼
2020-01-12 05:45   回复  
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张平8楼
2020-01-14 17:23   回复  
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