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【原创】并行编译SIESTA
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最近闲的无聊,在曙光集群上并行编译了SIESTA,把其中的过程和教训跟大家分享一下. 1.获得SIESTA SIESTA对科研人员是可以免费使用的,因此可以在http://www.icmab.es/siesta/主页上注册,大概两个星期后管理员会通过审核,通知您可以使用SIESTA.然后就可以从上面下载到源文件，赝势文件等。 2.编译器安装 我这里使用的FORTRAN编译器是PGI7.0，并行使用MPI-1.2.7. PGI的安装很友好，因此不做介绍。 接着使用PGI编译MPICH，先进行配置生成MAKEFILE文件具体是： ./configure -prefix=/your/mpich/directory -fc="pgf77 -Mx,119,0x200000" \ -f90="pgf90 -Mx,119,0x200000" \ -without-romio --without-mpe -opt=-O -rsh=ssh 然后进入你的安装目录，使用make完成安装，最好是测试下例子确认安装成功。 安装完之后将MPICH的BIN加入环境变量中。 3.安装数学库 并行编译SIESTA需要以下4个数学库BLAS,LAPACK,BLACS以及SCALAPACK，这些都可以从http://www.netlib.org/免费获得。对于BLAS和LAPACK可以使用优化过的MKL（INTEL处理器），ACML（AMD处理器），同样后者也可以从网上免费获得。SIESTA也能使用NETCDF数学库（这里没有使用）。 在这里我使用的ACML，BLACS以及SCALAPACK数学库，ACML的安装很友好，不过要下载对应好编译器的版本。这里主要介绍下BLACS和SCALAPCK的编译。 3.1BLACS的安装 从http://www.netlib.org/获得mpiblacs.gz，使用tar -zxvf mpiblacs.gz解压缩后进入BLACS目录，从BMAKES目录下拷贝出你对应系统系统的Bmake.X-X文件到上一目录的Bmake.inc对于我的系统使用的是 cp Bmake.MPI-LINUX ../Bmake.inc 然后修改Bmake.inc文件中相关内容 先修改安装目录 BTOPdir =/your/BLACS/directory 接着修改MPI目录MPIdir = /your/MPICH/directory 最重要的是将 INTFACE = -DAdd_ 这里设置成-DAdd_ 然后设置 TRANSCOMM = -DUseMpich 最后将系统默认编译器改成PGI编译 F77 = pgf77 F77NO_OPTFLAGS = F77FLAGS = $(F77NO_OPTFLAGS) -O F77LOADER = $(F77) F77LOADFLAGS = CC = pgcc CCFLAGS = -O4 CCLOADER = $(CC) CCLOADFLAGS = 完成修改之后使用make mpi进行安装，安装成功后就会在LIB目录下生成三个BLACS库文件。 （这里注意的是如果不使用-DAdd_以及PGI编译器，系统会在编译到最后一部（生成可执行文件是对数学库文件报错））。 3.2SCALAPACK安装 装好BLACS后就可以进行SCALAPACK的安装了 如同安装BLACS，下载SCALAPACK后解压缩，从子目录下拷贝出相应系统的SLmake.inc然后对里面制定MPICH，BLACS，BLAS,LAPACK数学库的相应位置的地方进行修改，指定到你所安装的MPICH，BLACS，BLAS,LAPACK数学库位置，如果BLAS,LAPACK使用的是MKL或者ACML的则指定相应文件夹下的相应文件，如我的是制定到/libacml.a。 同样最重要是的设置CDEFS = -DAdd_ -DNO_IEEE $(USEMPI) (这里主要要指定好BLACS库函数的位置，对于BLAS和LAPACK影响不大) 编译使用MPI进行 F77 = mpif77 CC = mpicc NOOPT = F77FLAGS = -O3 $(NOOPT) CCFLAGS = -O4 SRCFLAG = F77LOADER = $(F77) CCLOADER = $(CC) F77LOADFLAGS = CCLOADFLAGS = 4.编译SIESTA SIESTA编译同样先解压缩，然后进入Src目录，将/Src/Sys目录下对应的X-X.make拷贝到Src，并更改名字为arch.make,然后根据你具体的数学库地址和编译器名字修改arch.make. 由于时间关系这里我直接给出我自己的arch.make.给大家做个参考 更改完成后，make即可生成SIESTA文件，然后可以去TESTS目录下进行测试。 PS： arch.make文件 # # This file is part of the SIESTA package. # # Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid: # E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal # and J.M.Soler, 1996-2006. # # Use of this software constitutes agreement with the full conditions # given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users. # SIESTA_ARCH=pgf90-mpich # FC=mpif90 FC_ASIS=$(FC) # FFLAGS= -O3 -fastsse -Mx,119,0x200000 -tp k8-64e FFLAGS_DEBUG= -g -O0 RANLIB=echo COMP_LIBS=dc_lapack.a # NETCDF_LIBS= # /public/home/liang/libs/netcdf-4.0.1/lib/libnetcdf.a NETCDF_INTERFACE= # libnetcdf_f90.a DEFS_CDF= # -DCDF # MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a MPI_INCLUDE=/your/MPICH/directory/include DEFS_MPI=-DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT # # There are (were?) some problems with command-line processing compatibility # that forced the extraction of "pgi.aux" and "pgiarg" as independent # libraries (details unfortunately lost) # BLAS_LIBS=/your/BLAS/directory/libblas.a LAPACK_LIBS=/your/LAPACK/diretory/liblapack.a BLACS_LIBS=/your/BLACS/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a /your/BLACS/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a /your/BLACS/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a SCALAPACK_LIBS=/your/scalapack-1.8.0/libscalapack.a LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS) $(PGI_LIBS) $(PGI_LIBS) SYS=cpu_time DEFS= $(DEFS_CDF) $(DEFS_MPI) # # # Important (at least for V5.0-1 of the pgf90 compiler...) # Compile atom.f and electrostatic.f without optimization. # atom.o: $(FC) -c $(FFLAGS_DEBUG) atom.f # electrostatic.o: $(FC) -c $(FFLAGS_DEBUG) electrostatic.f # .F.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(DEFS) $< .f.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $< .F90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(DEFS) $< .f90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $< # |
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13楼2009-08-07 21:34:45
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首先十分感谢lz发了这么详细的安装步骤。 由于我刚刚接触这个软件所以安装的时候又很多地方不懂。还请楼主指点一下： MPICH包，我用的是MPICH 2.0的。编译器，我用的是ifortran9.0。数学库我也按 照你的步骤建立好。在装siesta时。make之后出现一个错误： cannot find -1mpich。 不知道是什么错误？ 还有不理解的是： -fc="pgf77 -Mx,119,0x200000" \ -f90="pgf90 -Mx,119,0x200000" \ 这里的 pgf77 和 pgf90 代表的是什么？对于ifortran来讲，对应的是什么? -Mx， 119， 0x20000" 又指的是什么？ 最后，我想知道 这里的意思是不是把FC=mpif90 改为FC=pgf90 希望楼主能够解答一下。谢谢！！ [ Last edited by caqhero on 2009-8-9 at 16:50 ] |
14楼2009-08-09 16:42:57
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你这对编译一点都不懂啊。 用ifort可以参考一下我的 http://qingyan1971.spaces.live.c ... 75FC440F6!499.entry 不过我这样编译出来的，编译过程非常顺利，但一并行就出错，说是divided by zero。 [ Last edited by fuzp on 2009-8-27 at 21:55 ] |
15楼2009-08-10 23:07:34
16楼2009-09-06 20:22:14
17楼2009-09-11 11:04:19
18楼2009-09-21 11:15:13
19楼2009-09-23 12:27:06
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2009-06-11 16:43
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NKDMS3楼
2009-06-12 00:37
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