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yelverxm金虫 (小有名气)
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【讨论】QSAR安息，化学信息学整合生物就够了吗？
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以下链接是最近tudor(与tudor王朝没关系)在QSAR上的一个访谈记录： http://www.qsarworld.com/files/Tudor-Interview.pdf 文中谈到了他个人自身的经历，尤其最后提到他个人对chemoinformatics的前途的看法： I believe that the future of cheminformatics lies in its ability to provide an integrative, predictive framework that links biological sciences, in particular systems chemical biology [14]. There is ample evidence that network biology will soon be coupled with systemic simulation tools at the molecular level, and chemistry cognizance is one of the missing links. In a sense, the age of cheminformatics is just dawning, and its future is related to chemical biology. We need to create an integrated framework, and add a temporal dimension to our models for perturbation of biological processes via small molecules. Not only chronic perturbations, such as upon ingesting drugs, but also acute, rapidly evolving phenomena should be subject to systems chemical biology simulations. Thus, whether we’re going to study metabolic, signaling and regulatory pathways, or chronic toxicity, the field is wide open. 虽然对他有些东西还不理解，但是我基本赞同他说cheminformatics的未来之一应该是与生物整合的，但是目前小分子与大分子作用的方法也就只有docking，MD这些了。这些方法本身就不是很理想，难道整合到生命系统模型中就可以了吗？还是我们需要新方法？ 抛砖至此，请教老汉等高人  [ Last edited by zeoliters on 2009-11-15 at 23:42 ] |
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关于"systems chemical biology", 概念已经有好几年了，请看连国内都有了： 2004年国家自然科学基金化学资助项目 20475066 系统化学生物学数据库的基础研究 梁逸曾 中南大学 现在应该已经结题了，不知道成果如何？ 系统生物学是研究基因（蛋白）相互关系相互作用所构成的网络 化学生物学是研究小分子对大分子的影响 那么系统化学生物学就是研究小分子对大分子网络的影响？ 搞计算的要怎么掺和？ Gasteiger搞了一个叫BioPath的数据库，就是把Biochemical Pathways变成一个结构可检索的数据库 来鲁华教授课题组通过研究炎症病理过程中的一个核心网络 —— 花生四烯酸代谢调控网络的动力学性质，证实了作用于多个靶点的抗炎药的优势，并进一步揭示了药物分子在疾病网络中作用的复杂性 Steinbeck（CDK作者）在欧州生物信息学中心搞了一个课题组，下面是他的博客上的一段话： In addition, there is a plethora of fascinating modeling and data-analysis projects to be envisioned in Systems Biology in addition to the final grand goal of achieving a whole-cell or even whole-organism metabolic simulation. At EBI we will pursue the implementation of a metabolic simulation environment, with the goal of creating novel approaches to drug discovery. （http://www.steinbeck-molecular.d ... bi-in-january-2008/） |
4楼2009-06-12 12:56:43
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很好的访谈。 到目前为止，大部分的化学信息学研究已经是与生物学相关的，还用等到未来吗？ 从方法上来讲，物理的，数学的，这些基础的东西已经发展得比较成熟，短期内不会有什么新的突破。就算有什么突破，短期内也不可能应用到化学和生物领域。 从技术上来讲，计算机性能越来越好，算法越来越巧妙，计算的预测能力会越来越好，这是毫无疑问的。 某位老先生说了：化学信息学？从第一天起就注定了要灭亡。什么docking, MD都是瞎胡闹；QSAR？那就是100％的瞎子算命。等以后薛定谔方程一解，什么问题都解决了。。。 “以后”是什么时候？老先生没说，我也不敢问。但在此之前，我们瞎子们还要混饭吃，只能继续算命了。 前几年看文献的时候，最关注的是作者用了什么样的方法，能不能把这种方法用到我的研究之中。 现在看文献的时候，方法基本不看，tooooooold。结果只扫一眼，肯定好不到那里去！只看前言－－想解决什么问题。 遗憾的是，90％的化学信息学文献都是用tooooooooold的方法，试图解决一个 toooooooold的问题，还只得到了一个tooooooooooold的结果。 |
2楼2009-06-11 13:45:07
yelverxm
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3楼2009-06-12 09:23:19
yelverxm
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5楼2009-06-13 08:43:32