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guyue2885

银虫 (正式写手)

[交流] 关于基因功能注释的~~求助

看到一个问题,感觉有必要向前人牛人讨论学习一下~~如下:
我看到的一篇文献上将cDNA clones由其with similarity to known genes进行Functional classifications

主要有以下几类:cell cycle/division; general metabolism; photosynthesis; signal transduction; transcription and translation;  unknown function.

它只是根据在NCBI上BLAST的结果进行的。这种方法有人会吗?具体是怎么操作的呢?

还有听说Blast2GO和EBI ToolsInterProScan也可以进行功能预测(严格讲应该是功能注释),我琢磨了好久始终有些不懂具体是怎么操作的。不知哪位大侠懂,请不吝指教。

给出两个序列以参照:

序列一:

GACTGCGTACCAATTCACTAAGTGTTGGATTGTTCACCCACCAATAGGGAACGTGAGCTGGGATTAGACCGTCGTGAGAC
AGGTTAGTTTTACCCTACTGATGACAATGTCGCAACAGGAATTCAACCTAATACGAGAGGAACCGTTGATTCACACAATT
GGTCATGGCGCTTGGTTGAAAAGCCAGTGGCGCGAAGCTACCGTGTGCTGGATTATGACTGAACGCCTCTAAGTCAGAAT
CCGGGCTAGAAGCGTCGCATGCGCCCGCCGTCCGCTTGCCGACCCGCAGTAGGGGCCTCCGTCCCCCAAGGGCACGTGTC
GTTGGCTTAGCCGTCGCGACGGAAGCGTCGCGGCGGCCGCCTTGAAGTACAATTCCCATCGAGCGGCGGGTAGAATCCTT
TGCAGACGAGTTACTCATGACTCATC

序列二:

GATGAGTCCTGAGTAACGAGATTCCCACTGTCCCTGTCTACTATCCAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCTTGGCAG
AATCAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCCGACTTTGTGAAATGACTTGAGAGGTGTAGTATAAGTG
GGAGCCGAAAGGCGAAAGTGAAATACCACTACTTTTAACGTTATTTTACTTACTCCGTGAATCGGAAGCGGGGCACTGCC
CCTCTTTTTGGACCCAAGGCTCGCTCTGCGGGCCGATCCGGGCGGAAGACATTGTCAGGTGGGGAGTTTGGCTGGGGCGG
CACATCTGTTAAAAGATAACGCAGGTGTCCTAAGATGAGCTCAACGAGAACAGAAATCTCGTGTGGAACAGAAGGGTAAA
AGCTCGTTTGATACTGATTTCCAGTACGAATACGAACCGTGAAAGCGTGGCCTAACGATCCTTTAGACCTTCTGAATTGGTACGCAGTC

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iaminxanadu

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
试试进入NCBI主页,选择BLAST。搜索核酸或蛋白数据库。得到与已知的目标相似度满意的已知的生物分子,看这个分子的功能。
2楼2009-06-11 00:18:27
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guyue2885

银虫 (正式写手)

thank u~~~
3楼2009-06-11 08:41:12
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