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gaussian计算过程中，生成geom文件出错，如何修改小程序
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各位大牛好！在使用gaussian进行量化计算，用fchk文件生成geom文件时，文件输出总为空白文件，无法得到坐标信息。究其原因，可能是因为服务器升级为gaussian16版本，而生成geom文件的小程序还是以gaussian09版本编写的，请问修改小程序的哪个部分可以解决这个问题呢？以下是小程序的源代码。拜托各位了！！！ # -*- coding: cp936 -*- def parse_fchk(fchkfile): f = open(fchkfile,'r') line = f.readline() # geom while True: line = f.readline() if line == '': print 'can not geom' break if line.find('Current cartesian coordinates') != -1: break geom = [] while True: line = f.readline() if line == '': print 'can not geom' break if line.find('Force Field') != -1: break ws = line.strip().split(None) geom += ws lt_xyz = [] s3 = ' '*3 for i in geom: # i = '-9.09973086E-01', i[-3:] = '-01', i[:-4] = '-9.09973086' s = '{:0=+3d}'.format(int(i[-3:]) + 1) s2 = (' {: =10.7f}' + 'E' + s).format(float(i[:-4])/10) s3 = s3 + s2 if len(s3) >= 48: lt_xyz.append(s3 + '\n') s3 = ' '*3 f.close() return lt_xyz def readpara(): lt_smep = [] f = open('dat-input.dat') lines = f.readlines() f.close() lt_5f = [w.strip() for w in lines[5:10]] return lt_5f try: lt_5f = readpara() except: print 'Cound no find dat-input.dat' datfile = raw_input('Please input the name of the fu.dat file : ') f = open(datfile,'wb') for i,v in enumerate(lt_5f): lt_xyz = parse_fchk(v) f.writelines(' rpts ' + str(i+1) + '\n') f.writelines(lt_xyz) f.close() raw_input('completed') |
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