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zhizhuceyici

金虫 (初入文坛)

[求助] siesta计算提示 forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred

大家好,siesta软件可以成功编译而且大部分情况能够正常计算,但是有时候会报错误:
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source   
siesta_eig         000000000068FAD0  Unknown               Unknown  Unknown
siesta_eig         000000000068F3A1  Unknown               Unknown  Unknown
siesta_eig         000000000052B4D6  Unknown               Unknown  Unknown
siesta_eig         00000000008F0787  Unknown               Unknown  Unknown
siesta_eig         000000000042E50C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003AF641D994  Unknown               Unknown  Unknown
siesta_eig         000000000042E419  Unknown               Unknown  Unknown

我已经在小木虫上搜索过相关的帖子,尝试过把arch.make里面的-g -O* 优化调小或者加上-heap-arrays 64,也尝试过在~/.bashrc文件中加入ulimit -s unlimited。但是都没有,总是得到内存的问题。此外,同样的输入文件在台式机上单节点计算是没有问题的,所以应该还是和MPI有关。

我贴出我的arch.make文件如下:
.SUFFIXES:
.SUFFIXES: .f .F .o .c .a .f90 .F90

SIESTA_ARCH = x86_64

CC = mpiicc
FPP = $(FC) -E -P  
FC = mpiifort
FC_SERIAL = ifort

#FFLAGS = -O2 -fPIC -ftree-vectorize --heap-arrays
FFLAGS = -g -O1 -fPIC #-heap-arrays 64

AR = ar
RANLIB = ranlib

SYS = nag

SP_KIND = 4
DP_KIND = 8
KINDS = $(SP_KIND) $(DP_KIND)

LDFLAGS =

COMP_LIBS = libsiestaLAPACK.a libsiestaBLAS.a

#FPPFLAGS = $(DEFS_PREFIX)-DFC_HAVE_ABORT
FPPFLAGS = -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH $(DEFS_PREFIX) -DFC_HAVE_ABORT

LIBS = -L/apps/intel/mkl/10.1.1.019/lib/em64t -lmkl_intel_lp64 -lmkl_lapack -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_gnu_thread -lmkl_core -lguide -lpthread -lgomp -lgfortran

MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=.

# Dependency rules ---------

FFLAGS_DEBUG = -g -O1   # your appropriate flags here...
#FFLAGS_DEBUG =

# The atom.f code is very vulnerable. Particularly the Intel compiler
# will make an erroneous compilation of atom.f with high optimization
# levels.
atom.o: atom.F
        $(FC) -c $(FFLAGS_DEBUG) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $<

.c.o:
        $(CC) -c $(CFLAGS) $(INCFLAGS) $(CPPFLAGS) $<
.F.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<
.F90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<
.f.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<
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我们不计较麦穗的饱满是在哪一天。
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hpc422

新虫 (初入文坛)

楼主,解决问题了嘛?
2楼2023-06-12 10:29:03
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996247712

新虫 (著名写手)

我问问有没有SIESTA教程,多少钱,helingfeng0123@163.com        1 9 8 9 6 9 4 8 2 2 6。
3楼2026-04-21 00:00:20
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