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初学者入门16s扩增子高通量测序分析之固态硬盘
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随着高通量测序费用的不断降低，微生物的扩增子测序分析已经应用到了各个学科当中。但很多从事其它学科的学生对16s扩增子测序的分析并不十分熟悉，因此网络上出现了很多教程和视频来帮助初学者进行学习。尽管如此，但学习这些教程有一个前提，那就是首先得拥有一个可以进行分析练习的平台。获取分析平台可以有多种途径： 安装虚拟机来练习，其实安装虚拟机练习扩增子测序分析是最便宜的选择。但虚拟机运行对计算机内存和cpu的性能要求较高，否者分析的时间会较长，不能充分发挥出计算机的硬件性能。 自己搭建，自己安装linux系列的操作系统，安装qiime软件等其它需要的诸多分析软件，对一个初学者而言往往要消耗大量的时间在这个准备阶段。而且还需要配置一个额外的电脑或者安装双系统，前者需要耗费较多的资金，后者则有影响自己工作系统的风险。 购买公司服务器，这个方案最方便，性能也最好，不过需要花费较多的金钱。如果课题组能够报销，这是一个不错的选择。不过它也有一定的缺点，比如上传文件到服务器要看网速，一般16s的数据都是gb级别的，如果网速太慢，上传和下载都不太方便。而且服务器的使用一般有一定时限，一年过去后又要重新付款。 当理想与现实有落差时就产生了需求，有需求就会有人去提供服务来满足这种需求。那有没有一种性价比高的选择方案呢，当然是有的。 16s扩增子高通量测序分析固态硬盘是对以上三个方案进行的折中，非常适合初学者入门使用。该硬盘已经将需要使用的系统和软件都安装完成，无需在进行繁琐的前期准备工作，节约大量的时间可以将更多的精力集中在后续的分析学习中，这是最重要的。在分析性能上能相当于自己在电脑中安装的系统，能充分发挥电脑的硬件性能，不会像虚拟机那样只能使用一部分的计算资源。分析性能与公司提供的服务器有一定差距，这与我们的电脑的cpu和内存有关，但对于16s的分析已经完全够用了。它一个很大的特点就是，它可以在任意一台电脑（需要支持uefi启动，近十年来大部分电脑都支持）上运行。办公室的台式机，出差的轻薄本，宿舍的游戏本，好朋友的macbook都可以运行。硬盘中也提供一些基本的分析教程，从atgattag这样的序列分析到alpha和beta多样性，保证入门16s分析。如果需要做功能基因的分析，其实流程都是一样的，只需更换相应的对比数据库即可。 补充一下该分析硬盘涉及的一些电脑小常识哈： 1.电脑是如何启动的？ 电脑的系统（win10/ios/linux等）都是储存在硬盘上的，当开机时电脑会根据主板bios中设置的启动顺序（harddisk、usb、cd、network）进行启动。当harddisk为第一启动项时，电脑就会直接启动安装在电脑里面的硬盘（也就是我们自己的系统）。当我们把usb设置为第一启动项时，电脑就会识别u盘里面的系统（也就时这个硬盘的系统啦，有usb转接头的），然后加载到内存中，供cpu读取。 2.为什么ubuntu系统（linux）可以任意更换电脑进行usb启动，而windows不行？ 因为ubuntu不想windows那样会存在驱动不兼容的问题。比如说，对windows系统而言，a硬盘在a电脑中运行后，放在b电脑后会因为驱动不兼容的原因造成系统崩溃，无法正常启动。但对于基于linux的ubuntu系统而言，因为linux是开源免费的，就不会存在驱动不兼容的问题，因而可以在很多的电脑上正常运行，非常适合使用usb启动。 3.usb启动该硬盘会影响原来的硬盘的系统吗？ 当然不会，使用usb启动这个扩增子分析硬盘后，电脑上的硬盘就相当于插进去的u盘了，只要自己不随意删除这个“u盘”里面的文件自然不会有任何影响。 发自小木虫Android客户端 |
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