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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 做原核(细菌）鉴定(新种)的看看，识货的绝对有用！
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charon1982

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 做原核(细菌）鉴定(新种)的看看，识货的绝对有用！ 已有12人参与

本人介绍一个网站 EzTaxon server 2.1
这是做细菌16S鉴定的一个网站：
http://147.47.212.35:8080/

简要介绍一下其要点和特点：
1.其专门介绍此网站的文章发表在IJSEM上，此比对结果为IJSEM认可，俺的文章引用其数据已接受。
2.此网址16S比对结果比NCBI上的结果好的特点是，全部是模式菌株，而且更新很快。
可以将最近的种属关系显示出来，同源性，以及碱基差异个数等等结果。
3.此网址比对的结果，方便下载，极大便于做进化树等工作。
4.不好的地方：需要注册，识别IP，不过可以反复注册。

要想熟练掌握，熟读其IJSEM上的文章，或者自己琢磨吧！！本人只能抛砖引玉！

[ Last edited by charon1982 on 2009-10-9 at 16:51 ]

http://147.47.212.35:8080/已经不能用了，更新为下面的网址：
http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/

[ Last edited by charon1982 on 2014-3-19 at 10:25 ]
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wangyanlinx guofenwang

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帮助虫友，提升自己
1楼 2009-06-08 12:24:17
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greenwoodzjl

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
赞！请教楼主一个问题 分离到一株芽孢杆菌  最高相似性只有95%   把extron比对中获得的相似性最高的78株菌做了进化树 用非芽孢杆菌属的细菌做外群 NJ法建树 逐渐减少距离新种远的菌株  最后减少到24株    比对后序列长度 1420bp     但是系统进化树中新种所在簇的自展值只有40%-50%  看了几篇新种鉴定文章发现新种所在簇的自展值都蛮高的   自展值低如何改进呢？你看有什么建议吗？多谢多谢！
赞一下 回复此楼
34楼2014-04-26 01:55:55
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wjswj

木虫 (正式写手)

小木虫领金币专业户
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
好东西啊，怎么没有评价，多谢楼主了
赞一下(1人) 回复此楼
金币是赌出来的
4楼2009-06-09 09:18:39
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bioman9810

木虫 (著名写手)

千娇百媚是哥的妞儿
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
” 要想熟练掌握，熟读其IJSEM上的文章，或者自己琢磨吧！！本人只能抛砖引玉！“

楼主砖都抛的这么帅这么有型，我支持下！
赞一下(1人) 回复此楼
头搭毛巾也掩盖不住哥耀眼的光芒，哥一直帅的很低调，仰角45°深深陶醉中....
8楼2009-06-09 10:49:31
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pph0259

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
赞一个！
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10楼2009-06-11 10:58:34
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