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charon1982

铁杆木虫 (著名写手)

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专业: 环境微生物学

[交流] 做原核(细菌）鉴定(新种)的看看，识货的绝对有用！已有12人参与

本人介绍一个网站 EzTaxon server 2.1
这是做细菌16S鉴定的一个网站：
http://147.47.212.35:8080/

简要介绍一下其要点和特点：
1.其专门介绍此网站的文章发表在IJSEM上，此比对结果为IJSEM认可，俺的文章引用其数据已接受。
2.此网址16S比对结果比NCBI上的结果好的特点是，全部是模式菌株，而且更新很快。
可以将最近的种属关系显示出来，同源性，以及碱基差异个数等等结果。
3.此网址比对的结果，方便下载，极大便于做进化树等工作。
4.不好的地方：需要注册，识别IP，不过可以反复注册。

要想熟练掌握，熟读其IJSEM上的文章，或者自己琢磨吧！！本人只能抛砖引玉！

[ Last edited by charon1982 on 2009-10-9 at 16:51 ]

http://147.47.212.35:8080/已经不能用了，更新为下面的网址：
http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/

[ Last edited by charon1982 on 2014-3-19 at 10:25 ]

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wangyanlinx

guofenwang

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帮助虫友，提升自己

1楼 2009-06-08 12:24:17

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greenwoodzjl

新虫 (初入文坛)

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★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

赞！请教楼主一个问题分离到一株芽孢杆菌最高相似性只有95% 把extron比对中获得的相似性最高的78株菌做了进化树用非芽孢杆菌属的细菌做外群 NJ法建树逐渐减少距离新种远的菌株最后减少到24株比对后序列长度 1420bp 但是系统进化树中新种所在簇的自展值只有40%-50% 看了几篇新种鉴定文章发现新种所在簇的自展值都蛮高的自展值低如何改进呢？你看有什么建议吗？多谢多谢！