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valenhou001至尊木虫 (职业作家)
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[交流]
从VASP的OUTCAR提取xyz以及结构优化的轨迹 已有4人参与
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将以下内容考虑至一个文件，比如命名为getvaspxyz.sh，然后将它的属性改为可执行的, chmod +x getvaspxyz.sh。另外在linux下，还可能需要使用命令dos2unix来去掉文件里每行多余隐藏的字符：dos2unix getvaspxyz.sh。在含有OUTCAR文件的目录下运行getvaspxyz.sh，就可以取出原子的位置，以及原子所受的力。按xyz的格式输出。 xyz格式的文件可以用Jmol等软件来可视化。 一个缺点就是，如果所计算的体系所包含的原子个数比较多，另外结构弛豫的步数比较多的话，在得到轨迹文件比较慢。 #!/bin/bash pwd1=`echo ${PWD##*/}` natom=`grep \'NIONS\' OUTCAR|tail -1 |awk \'{printf "%s\\n", $12}\'` last=`sed -n \'/total drift:/=\' OUTCAR |tail -1` iaf=`echo "$last - 2 - $natom" |bc -l ` echo $natom > opt.xyz sed -n "$iaf",+"$natom"p OUTCAR >>opt.xyz echo "The latest atomic positions are written to opt.xyz!" iptc=`grep \'ions per type =\' OUTCAR|tail -1 ` ipt=(`echo "${iptc##*=}"`) ats=(`grep \'VRHFIN =\' OUTCAR | sed -e \'s/=/ /g\' |sed -e \'s/:/ /g\'| awk \'{printf "%s\\n", $2}\' `) ntp=${#ipt[@]} i=2 for it in `seq 0 $((${ntp}-1))`;do for j in `seq 1 ${ipt[$it]}`;do i=`echo "$i +1 " |bc` elem=${ats[$it]} sed -i "$i s/^/$elem/" opt.xyz done done cp opt.xyz opt-"$pwd1".xyz nstep=(`sed -n \'/total drift:/=\' OUTCAR `) etot=(`grep \'energy without entropy=\' OUTCAR |awk \'{printf "%20.8f\\n", $4}\' `) myFile="trajec.xyz" if [ ! -e "$myFile" ]; then echo $natom > $myFile sed -i \'1d\' $myFile fi for k in `seq 0 $((${#nstep[@]}-1))`;do iaf=`echo "${nstep[k]} - 2 - $natom" |bc -l ` if [ $k -eq 0 ];then echo $natom > $myFile else echo $natom >> $myFile fi sed -n "$iaf",+"$natom"p OUTCAR >> $myFile i=`echo "$k * ($natom+2) + 2"|bc -l` sed -i "$i s/^/#Etotal: ${etot[k]} eV/" $myFile for it in `seq 0 $((${ntp}-1))`;do for j in `seq 1 ${ipt[$it]}`;do i=`echo "$i +1 " |bc` elem=${ats[$it]} sed -i "$i s/^/$elem/" $myFile done done done echo "The atomic positions in each optimization step are written to trajec.xyz!" cp trajec.xyz trajec-"$pwd1".xyz |
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在用jmol显示这个脚本所提取出来的轨迹时。通过在jmol的控制台使用如下命令： set vectorScale 5.0 set vectorsCentered set vectorSymmetry FALSE set vibrationPeriod 2.0 set vibrationScale 2.0 set defaults PyMOL vector ON vector 0.05 vibration ON 可以用来显示原子所受的力的矢量。 或者将以上几行命令放到一个文件比如名为"label.spt"的文件中，然后将该文件通过鼠标拖到jmol已打开了原子轨迹显示的窗口，那这些原子上就会显示出相应所受的力的矢量，以及原子沿着这个矢量上的振动，这样可以很清楚地看到那个原子受的力是很大。 |
9楼2019-11-13 10:15:23
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4楼2019-10-29 20:13:04
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