应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 内坐标与直角坐标
51/1返回列表
查看: 3158  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

小辫儿

新虫 (初入文坛)

[求助] 内坐标与直角坐标 已有2人参与

内坐标与直角坐标相比有什么优势

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2019-10-03 10:32:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天天进步啊

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
一个分子，它的内坐标只能是那样，没有其他形式，但直角坐标可以有好多个（因为，你把它旋转，平移一下，直角坐标就变了，但是内坐标不变）
赞一下 回复此楼
分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
2楼2019-10-03 11:29:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paramecium86

版主 (著名写手)
如果是关注计算化学上的优势的话。以高斯举例
高斯支持三种坐标下的优化  冗余内坐标 笛卡尔坐标 （直角坐标）z矩阵（内坐标）

这里的冗余内坐标 和 内坐标的区别就是，它不是规定了 3N-6个变量。这样做可以让收敛的速度加快。（因为减少了很多坐标间的耦合）

首先 高斯会默认无论用哪种方式在输入文件中中写分子的坐标，高斯会自动用生成一个 冗余内坐标，之后再进行优化。因为这样收敛速度最快。除非关键词中写上 opt=cartesian 或者 opt=z-matrix 才会用直角坐标或者内坐标模式优化。

而其实用opt=zmatrix是最慢的。所以这方面没有什么优势。

其次 一个分子的内坐标 也就是z矩阵 不是只有一种写法  
比如 一个水分子
可以写成
H
H 1 R1
O 2 R2 1 AN1


也可以写成
H
O 1 R1
H  2 R1 1 AN2

等等不同的写法

用zmatrix可能带来的好处就是在不同的写法下 可以把自己关注的那个键长键角写进去 或者强制让 两个OH 的键长在优化中一样。以维持严格的对称性 这个是用zmatrix方式写坐标的好处。

至于直角坐标 的旋转 平移，在做计算的时候 对于高斯默认来说没有影响。 高斯会在计算开始的时候根据对称性 根据分子质心位置 重新把你的分子坐标调整到原点。变成所谓的 standard orientation。 再进行计算的。和input文件中 如何写坐标关系不大的。

而用 笛卡尔坐标进行优化的时候（opt=cartesian） 有个好处就是 可以避免 几个原子优化过程中成为一条直线 而报错。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2019-10-03 12:47:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

runner-zzy

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-10-03 12:47:41
如果是关注计算化学上的优势的话。以高斯举例
高斯支持三种坐标下的优化  冗余内坐标 笛卡尔坐标 （直角坐标）z矩阵（内坐标）

这里的冗余内坐标 和 内坐标的区别就是，它不是规定了 3N-6个变量。这样做可以让收 ...

层主好，请问有相关文献介绍这一问题吗
赞一下 回复此楼
You just live once!
4楼2021-04-25 20:36:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by runner-zzy at 2021-04-25 07:36:16
层主好，请问有相关文献介绍这一问题吗...

就用高斯官网说明书上（https://gaussian.com/opt/）列举的那些redundant internal coordinates的那些文献就行。比如这篇。 https://doi.org/10.1063/1.462844
赞一下 回复此楼
5楼2021-04-25 21:45:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 小辫儿 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿武理314求调剂 +5 （￣～￣;） 2026-03-08 6/300 2026-03-15 00:33 by wht0531
[考研] 化学调剂0703 +6 啊我我的 2026-03-11 6/300 2026-03-14 22:24 by shangxh
[考研] 求老师收留调剂 +3 jiang姜66 2026-03-14 4/200 2026-03-14 22:23 by sunny9211
[考研] 308 085701 四六级已过求调剂 +7 温乔乔乔乔 2026-03-12 14/700 2026-03-14 10:49 by JourneyLucky
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-09 4/200 2026-03-14 02:06 by tranquil_ya
[考研] 环境调剂 +6 晓看天暮看云 2026-03-09 6/300 2026-03-14 01:16 by JourneyLucky
[考研] 求调剂，一志愿江南大学环境工程085701 +3 Djdjj12 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:31 by JourneyLucky
[考研] 321求调剂 +3 CUcat 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:25 by JourneyLucky
[考研] 327求调剂 +4 Ffff03 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:17 by JourneyLucky
[考研] 0805，333求调剂 +3 112253525 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:42 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:41 by JourneyLucky
[考研] 314求调剂 +7 无懈可击的巨人 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:40 by JourneyLucky
[考研] 26考研求调剂 +5 丶宏Sir 2026-03-13 5/250 2026-03-13 13:05 by JourneyLucky
[考研] 289求调剂 +3 李政莹 2026-03-12 3/150 2026-03-13 11:02 by 求调剂zz
[考研] 268求调剂 +4 好运连绵不绝 2026-03-12 4/200 2026-03-13 10:45 by hyswxzs
[考研] 270求调剂 085600材料与化工专硕 +3 YXCT 2026-03-11 3/150 2026-03-13 10:13 by houyaoxu
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生，2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
[考研] 一志愿江南大学085701环境工程专硕总分287求调剂 +5 18266118446 2026-03-09 5/250 2026-03-11 16:51 by 2020015
[考研] 293求调剂，一志愿陕师大生物学 +3 ??????.?.??? 2026-03-09 3/150 2026-03-11 10:02 by 学员8dgXkO
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭