| 查看: 5881 | 回复: 3 | ||
asdfghjkl12345铜虫 (小有名气)
|
[求助]
转录组测序数据中的hypothetical protein怎么处理 已有3人参与
|
| 请教大家，植物的转录组测序，所得数据注释中出现大量的“hypothetical protein”，该类数据怎么使用、处理？ |
回复此楼» 猜你喜欢
筑牢营养安全线：以精准检测，护健康基石
已经有0人回复
-
推荐一些20种氨基酸检测的实际应用案例
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有51人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
匿名
用户注销 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 1229.3
- 散金: 121
- 红花: 2
- 帖子: 424
- 在线: 174.3小时
- 虫号: 0
- 注册: 2009-05-18
- 专业: 微生物遗传育种学
2楼2019-11-18 13:40:57
3楼2020-08-31 20:01:39
【答案】应助回帖
|
被标注为“hypothetical protein”的基因，有ORF，但是没有功能注释，因为没有功能注释，下游的差异表达基因，GO/KEGG富集分析跟这些基因就没有关系了。 我的经验，编码蛋白基因能有50%-60%能注释到功能就不错了，也就意味着大概有1/3的编码蛋白基因被标注为hypothetical protein，这些基因一般就放弃了。 功能注释大多根据序列相似性原理，还可以通过其他方法注释这些hypothetical protein。如果测序样本数大于10，可以通过基因共表达网络注释基因。有了功能注释之后，就可以进行下一步分析了。 如何通过基因共表达网络注释基因，可以私聊我哈 |
4楼2020-09-08 17:49:56