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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 转录组测序数据中的hypothetical protein怎么处理
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asdfghjkl12345

铜虫 (小有名气)

[求助] 转录组测序数据中的hypothetical protein怎么处理 已有3人参与

请教大家，植物的转录组测序，所得数据注释中出现大量的“hypothetical protein”，该类数据怎么使用、处理？
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1楼 2019-09-30 15:38:27
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匿名

用户注销 (正式写手)
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2楼2019-11-18 13:40:57
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Jopersen

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我想是因为没有data bank中注释到，系统默认是推测的蛋白。按道理应该可以挖掘研究  但目前报道的文章里都看不到怎么处理或者是本人读的不够仔细，没发现有转录组中这些预测的蛋白怎么分析研究
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3楼2020-08-31 20:01:39
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BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

被标注为“hypothetical protein”的基因，有ORF，但是没有功能注释，因为没有功能注释，下游的差异表达基因，GO/KEGG富集分析跟这些基因就没有关系了。

我的经验，编码蛋白基因能有50%-60%能注释到功能就不错了，也就意味着大概有1/3的编码蛋白基因被标注为hypothetical protein，这些基因一般就放弃了。

功能注释大多根据序列相似性原理，还可以通过其他方法注释这些hypothetical protein。如果测序样本数大于10，可以通过基因共表达网络注释基因。有了功能注释之后，就可以进行下一步分析了。

如何通过基因共表达网络注释基因，可以私聊我哈
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4楼2020-09-08 17:49:56
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