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asdfghjkl12345铜虫 (小有名气)
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转录组测序数据中的hypothetical protein怎么处理 已有3人参与
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| 请教大家，植物的转录组测序，所得数据注释中出现大量的“hypothetical protein”，该类数据怎么使用、处理？ |
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2楼2019-11-18 13:40:57
3楼2020-08-31 20:01:39
【答案】应助回帖
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被标注为“hypothetical protein”的基因，有ORF，但是没有功能注释，因为没有功能注释，下游的差异表达基因，GO/KEGG富集分析跟这些基因就没有关系了。 我的经验，编码蛋白基因能有50%-60%能注释到功能就不错了，也就意味着大概有1/3的编码蛋白基因被标注为hypothetical protein，这些基因一般就放弃了。 功能注释大多根据序列相似性原理，还可以通过其他方法注释这些hypothetical protein。如果测序样本数大于10，可以通过基因共表达网络注释基因。有了功能注释之后，就可以进行下一步分析了。 如何通过基因共表达网络注释基因，可以私聊我哈 |
4楼2020-09-08 17:49:56