| 查看: 8820 | 回复: 10 | ||
| 【奖励】 本帖被评价7次，作者a13515517892增加金币 5.6 个 | ||
[资源]
蛋白表达之密码子分析（稀有密码子）
|
||
|
蛋白表达之密码子分析 在蛋白表达研究中，一般都会看重选择合适的表达载体、标签和宿主系统，而往往忽视基因序列本身是否与目标载体和宿主系统为最佳适配这样一个实质性问题。基因的最优表达可以通过对基因的重新优化和合成来实现，如替换掉稀有密码子而利用最优密码子，RNA二级结构最优，调整GC含量，避免部分限制性酶切位点，避免一些复杂结构（发卡、重复结构）删除一些元件等。以下就这些问题加以说明。 密码子偏好与基因表达 在蛋白质组中各种基因的表达水平与密码子偏好性（codon bias)（部分文献称为“偏倚”或“偏爱”）存在着某种关系：含有不常使用的密码子（后面简称：稀有密码子）的基因倾向于较低水平的表达，无论根据mRNA 表达或蛋白质水平的分析都是如此。到目前为止，世界上有很多的学者科学家对生物密码子表的利用情况统计并开发了在线的密码子处理系统，例如http://www.kazusa.or.jp/codon/ 该系统中密码子频率库容量都是几千个CDS序列统计得到的，极少数比较稀有的宿主系统CDS序列由于比较少统计的不是很全面。通过密码子适应指数（或称为密码子偏倚值）CAI（codon adaptation index）来判定密码子是否最优。当基因的密码子偏倚值为0.25或更低时（如大多数基因），mRNA水平与蛋白质水平的相关性很差。对大多数高表达的基因(密码子偏倚值>0.5的基因），mRNA水平与蛋白质水平的相关性要高很多。很多公司开发的在线密码子优化系统，通过该优化系统进行密码子使用情况分析以及优化。 稀有密码子是怎么导致蛋白的低水平表达的。 密码子偏好性表 第二位碱基 U C A G 人类 第一位碱基 UUU (17.6) UCU (15.2) UAU (12.2) UGU (10.6) UUC (20.3) UCC (17.7) UAC (15.3) UGC (12.6) UUA (7.7) UCA (12.2) UAA (1.0) UGA (1.6) UUG (12.9) UCG (4.4) UAG (0.8) UGG (13.2) 第一位碱基 CUU (13.2) CCU (17.5) CAU (10.9) CGU (4.5) CUC (19.6) CCC (19.8) CAC (15.1) CGC (10.4) CUA (7.2) CCA (16.9) CAA (12.3) CGA (6.2) CUG (39.6) CCG (6.9) CAG (34.2) CGG (11.4) 第一位碱基 AUU (16.0) ACU (13.1) AAU (17.0) AGU (12.1) AUC (20.8) ACC (18.9) AAC (19.1) AGC (19.5) AUA (7.5) ACA (15.1) AAA (24.4) AGA (12.2) AUG (22.0) ACG (6.1) AAG (31.9) AGG (12.0) 第一位碱基 GUU (11.0) GCU (18.4) GAU (21.8) GGU (10.8) GUC (14.5) GCC (27.7) GAC (25.1) GGC (22.2) GUA (7.1) GCA (15.8) GAA (29.0) GGA (16.5) GUG (28.1) GCG (7.4) GAG (39.6) GGG (16.5) 小鼠 第一位碱基 UUU (17.2) UCU (16.2) UAU (12.2) UGU (11.4) UUC (21.8) UCC (18.1) UAC (16.1) UGC (12.3) UUA (6.7) UCA (11.8) UAA (1.0) UGA (1.6) UUG (13.4) UCG (4.2) UAG (0.8) UGG (12.5) 第一位碱基 CUU (13.4) CCU (18.4) CAU (10.6) CGU (4.7) CUC (20.2) CCC (18.2) CAC (15.3) CGC (9.4) CUA (8.1) CCA (17.3) CAA (12.0) CGA (6.6) CUG (39.5) CCG (6.2) CAG (34.1) CGG (10.2) 第一位碱基 AUU (15.4) ACU (13.7) AAU (15.6) AGU (12.7) AUC (22.5) ACC (19.0) AAC (20.3) AGC (19.7) AUA (7.4) ACA (16.0) AAA (21.9) AGA (12.1) AUG (22.8) ACG (5.6) AAG (33.6) AGG (12.2) 第一位碱基 GUU (10.7) GCU (20.0) GAU (21.0) GGU (11.4) GUC (15.4) GCC (26.0) GAC (26.0) GGC (21.2) GUA (7.4) GCA (15.8) GAA (27.0) GGA (16.8) GUG (28.4) GCG (6.4) GAG (39.4) GGG (15.2) 家蚕 第一位碱基 UUU (15.3) UCU (12.7) UAU (13.9) UGU (8.7) UUC (24.0) UCC (12.0) UAC (22.0) UGC (11.3) UUA (13.1) UCA (13.0) UAA (1.4) UGA (0.6) UUG (15.8) UCG (11.0) UAG (0.6) UGG (11.7) 第一位碱基 CUU (11.5) CCU (14.0) CAU (10.3) CGU (9.8) CUC (14.6) CCC (11.7) CAC (13.8) CGC (10.5) CUA (8.8) CCA (13.6) CAA (18.7) CGA (7.0) CUG (18.4) CCG (13.0) CAG (17.4) CGG (5.4) 第一位碱基 AUU (18.6) ACU (15.6) AAU (20.5) AGU (10.3) AUC (20.7) ACC (14.2) AAC (24.9) AGC (12.5) AUA (15.9) ACA (15.9) AAA (34.0) AGA (14.1) AUG (23.4) ACG (11.9) AAG (28.4) AGG (8.9) 第一位碱基 GUU (16.8) GCU (25.3) GAU (25.6) GGU (21.7) GUC (16.7) GCC (19.7) GAC (28.8) GGC (18.8) GUA (12.4) GCA (14.6) GAA (36.0) GGA (21.4) GUG (19.4) GCG (13.5) GAG (26.2) GGG (7.7) 酵母 第一位碱基 UUU (26.1) UCU (23.5) UAU (18.8) UGU (8.1) UUC (18.4) UCC (14.2) UAC (14.8) UGC (4.8) UUA (26.2) UCA (18.7) UAA (1.1) UGA (0.7) UUG (27.2) UCG (8.6) UAG (0.5) UGG (10.4) 第一位碱基 CUU (12.3) CCU (13.5) CAU (13.6) CGU (6.4) CUC (5.4) CCC (6.8) CAC (7.8) CGC (2.6) CUA (13.4) CCA (18.3) CAA (27.3) CGA (3.0) CUG (10.5) CCG (5.3) CAG (12.1) CGG (1.7) 第一位碱基 AUU (30.1) ACU (20.3) AAU (35.7) AGU (14.2) AUC (17.2) ACC (12.7) AAC (24.8) AGC (9.8) AUA (17.8) ACA (17.8) AAA (41.9) AGA (21.3) AUG (20.9) ACG (8.0) AAG (30.8) AGG (9.2) 第一位碱基 GUU (22.1) GCU (21.2) GAU (37.6) GGU (23.9) GUC (11.8) GCC (12.6) GAC (20.2) GGC (9.8) GUA (11.8) GCA (16.2) GAA (45.6) GGA (10.9) GUG (10.8) GCG (6.2) GAG (19.2) GGG (6.0) 大肠杆菌 第一位碱基 UUU (24.4) UCU (13.1) UAU (21.6) UGU (5.9) UUC (13.9) UCC (9.7) UAC (11.7) UGC (5.5) UUA (17.4) UCA (13.1) UAA (2.0) UGA (1.1) UUG (12.9) UCG (8.2) UAG (0.3) UGG (13.4) 第一位碱基 CUU (14.5) CCU (9.5) CAU (12.4) CGU (15.9) CUC (9.5) CCC (6.2) CAC (7.3) CGC (14.0) CUA (5.6) CCA (9.1) CAA (14.4) CGA (4.8) CUG (37.4) CCG (14.5) CAG (26.7) CGG (7.9) 第一位碱基 AUU (29.6) ACU (13.1) AAU (29.3) AGU (13.2) AUC (19.4) ACC (18.9) AAC (20.3) AGC (14.3) AUA (13.3) ACA (15.1) AAA (37.2) AGA (7.1) AUG (23.7) ACG (13.6) AAG (15.3) AGG (4.0) 第一位碱基 GUU (21.6) GCU (18.9) GAU (33.7) GGU (23.7) GUC (13.1) GCC (21.6) GAC (17.9) GGC (20.6) GUA (13.1) GCA (23.0) GAA (35.1) GGA (13.6) GUG (19.9) GCG (21.1) GAG (19.4) GGG (12.3) |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 蛋白表达之密码子分析.docx
2019-09-12 10:59:50, 92 K
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
chuangjiaqin» 猜你喜欢
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有147人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
-
氢氧化钾活化操作
已经有18人回复
-
散金
已经有68人回复
-
生物质超级电容器
已经有0人回复
6楼2019-10-30 16:12:21
8楼2020-06-04 14:03:33
简单回复
jinhx872楼
2019-09-12 12:22
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
alarace3楼
2019-09-13 09:50
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
2019-10-19 09:43
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
2019-10-30 16:11
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
病毒疫苗7楼
2019-12-09 16:59
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
2020-06-04 14:03
回复
顶一下，感谢分享！
jiezai10楼
2020-07-11 15:35
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
吃肉真香11楼
2022-06-29 22:48
回复
30