| 查看: 2596 | 回复: 5 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
quantumor金虫 (著名写手)
快乐兔子
|
[求助]
部分优化的原子固定问题 已有1人参与
|
||
|
Gaussian的部分优化（利用readfreeze）中，发现有时候被固定的原子在优化过程中也在跑，请问有何解决办法？ 据说是用GaussView的Atom List Editor中的Freeze设置数值也可以固定原子，但我没用过，在Freeze下有0,-1,-2,-3四个值，请问这四个值的含义是什么？该死的说明书被我翻遍了也没找数值的含义。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Gaussian |
» 猜你喜欢
关于引力延迟下双星系统角动量不守恒的疑惑---求高手解答！
已经有10人回复
-
CSC访学博后项目获批，外方学校暂停合作该怎么办？
已经有51人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有50人回复
-
请问四氢呋喃溶解的聚合物用甲醇沉淀时，如何使沉淀过程加速？
已经有2人回复
-
Chemical Bonding at Surfaces and Interfaces,最经典的一本表面上化学相互作用教材
已经有0人回复
-
分子动力学模拟合作需求
已经有2人回复
-
诚邀有志之士加入江苏大学环境学院合成生物学课题组！(长期接收学硕专硕、硕博连读)
已经有16人回复
-
一志愿南大理论与计算化学方向（070300）342分，求调剂
已经有0人回复
-
欢迎化学、化工、物理、材料、或计算机背景的考研咨询
已经有0人回复
mujie2319
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 740.2
- 散金: 15
- 帖子: 103
- 在线: 23.7小时
- 虫号: 13773620
- 注册: 2019-01-08
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
6楼2019-11-18 17:03:43
paramecium86
版主 (著名写手)
- QC强帖: 5
- 应助: 587 (博士)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 26383.1
- 红花: 349
- 帖子: 2025
- 在线: 1442小时
- 虫号: 2466443
- 注册: 2013-05-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2019-09-12 15:58:35
quantumor(小红豆代发): 金币+30, 回帖应助 2019-09-12 17:14:56
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2019-09-12 15:58:35
quantumor(小红豆代发): 金币+30, 回帖应助 2019-09-12 17:14:56
|
在写分子的坐标部分的时候 在原子的名字和原子的坐标之间加上-1 就可以冻结该原子。而标记为 0 则为普通优化的原子。 而 -2 -3代表了当你的优化有不同的片段时候，片段内部也就是具有同样负数数值的原子是彼此保持相对位置不变的。但是标记为-2 -3的不同片段之间的相对位置是可以在优化中变化的。但是这个用法只能在做ONIOM计算时候用。一般时候不能用。 而且需要注意的是，高斯一开始会默认根据你分子的质心位置到原点 并且根据对称性 转动你的分子到一个合适的角度（standard orientation）。这时候你的坐标会发生变化。所以只看数值的话 坐标有时候会变动。但是优化的时候相对位置还是冻结的。 如果需要冻结的原子连初始坐标一点都不可以变 那么就要加入 nosymm关键词。 这样高斯就不会帮你 reorientation。 举个例子 比如下面是一个水分子 想要冻结O原子 %chk=E:\G16W1\h2o_freeze2.chk # b3lyp/6-31g opt nosymm Title Card Required 0 1 O -1 -2.38259685 -1.24309390 0.00000000 H 0 -1.42259685 -1.24309390 0.00000000 H 0 -2.70305143 -0.33815807 0.00000000 结果优化算完之后的坐标是 O -1 -2.38259700 -1.24309400 0.00000000 H 0 -1.40687400 -1.22715400 0.00000000 H 0 -2.70390200 -0.32165300 0.00000000 而如果不加nosymm关键词 算好之后的坐标是 O -1 0.00000000 0.00000000 0.11424600 H 0 0.00000000 0.79120400 -0.45698500 H 0 0.00000000 -0.79120400 -0.45698500 这俩优化好的结构如果检查键长健角什么的其实是一样的。 只是后者在优化开始的时候被平移和转动了。 |
2楼2019-09-12 04:18:54
quantumor
金虫 (著名写手)
快乐兔子
- 应助: 13 (小学生)
- 金币: 8506.3
- 散金: 10
- 红花: 14
- 帖子: 1898
- 在线: 215.9小时
- 虫号: 630331
- 注册: 2008-10-19
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
3楼2019-09-12 08:28:08
wzhsun
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 281
- 散金: 50
- 帖子: 140
- 在线: 20小时
- 虫号: 13171742
- 注册: 2018-12-19
- 性别: GG
- 专业: 有机合成
4楼2019-10-17 12:07:08
