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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 16SrDNA序列比对时用不用把引物序列去掉？
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mimengyu

铜虫 (初入文坛)

[交流] 16SrDNA序列比对时用不用把引物序列去掉？

我的菌的16SrDNA扩增后1502KB，前后都有引物序列，上blast上比对去掉的和不去掉的结果不一样，到底用不用去掉啊！

[ Last edited by 350784478 on 2009-8-17 at 17:13 ]
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1楼 2009-06-01 23:46:46
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wjswj

木虫 (正式写手)

小木虫领金币专业户
为什么要去掉？难道你的引物序列不再16srDNA上吗？而且没有道理把引物设计在影响关键结果的区域吧，不理解。
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金币是赌出来的
2楼2009-06-02 09:58:32
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wuer413023

至尊木虫 (文坛精英)

没事领金币
我感觉还是去吧，毕竟引物不是16srRNA的一部分；你可以用ncbi的vecscreen去引物再比对啊；再者我感觉去不去影响不大吧，毕竟核心序列比对是很长的。
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上邪!我欲与君相知，长命无绝衰。山无陵，江水为竭，冬雷震震，夏雨雪，天地合，乃敢与君绝！
3楼2009-06-02 10:44:24
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smallcat227

木虫 (著名写手)
不用去掉啊，而且差别会很大吗？
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4楼2009-06-02 16:09:06
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Shengjing

铁虫 (初入文坛)
我弄的时候是把引物去掉的，然后在对blast。有关的内容文章已发表了。
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5楼2009-06-02 16:40:23
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mimisikai

金虫 (小有名气)
引物？测序的结果不含有引物序列在内啊 只是载体上的部分信息
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6楼2009-06-02 18:58:43
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charon1982

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
mimengyu(金币+2,VIP+0):能说说怎么比对么！ 6-5 17:23
两个字：不用
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帮助虫友，提升自己
7楼2009-06-02 19:36:45
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charon1982

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
一般用的是通用引物无需去除，若是16S TA克隆需去除载体序列。
我刚写了一个贴，对你做鉴定有帮助，你检索一下吧
赞一下(1人) 回复此楼
帮助虫友，提升自己
8楼2009-06-08 12:27:57
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