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mimengyu

铜虫 (初入文坛)

[交流] 16SrDNA序列比对时用不用把引物序列去掉?

我的菌的16SrDNA扩增后1502KB,前后都有引物序列,上blast上比对去掉的和不去掉的结果不一样,到底用不用去掉啊!

[ Last edited by 350784478 on 2009-8-17 at 17:13 ]
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wjswj

木虫 (正式写手)

小木虫领金币专业户

为什么要去掉?难道你的引物序列不再16srDNA上吗?而且没有道理把引物设计在影响关键结果的区域吧,不理解。
金币是赌出来的
2楼2009-06-02 09:58:32
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wuer413023

至尊木虫 (文坛精英)

没事领金币

我感觉还是去吧,毕竟引物不是16srRNA的一部分;你可以用ncbi的vecscreen去引物再比对啊;再者我感觉去不去影响不大吧,毕竟核心序列比对是很长的。
上邪!我欲与君相知,长命无绝衰。山无陵,江水为竭,冬雷震震,夏雨雪,天地合,乃敢与君绝!
3楼2009-06-02 10:44:24
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smallcat227

木虫 (著名写手)

不用去掉啊,而且差别会很大吗?
4楼2009-06-02 16:09:06
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Shengjing

铁虫 (初入文坛)

我弄的时候是把引物去掉的,然后在对blast。有关的内容文章已发表了。
5楼2009-06-02 16:40:23
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mimisikai

金虫 (小有名气)

引物?测序的结果不含有引物序列在内啊 只是载体上的部分信息
6楼2009-06-02 18:58:43
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charon1982

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
mimengyu(金币+2,VIP+0):能说说怎么比对么! 6-5 17:23
两个字:不用
帮助虫友,提升自己
7楼2009-06-02 19:36:45
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charon1982

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
一般用的是通用引物无需去除,若是16S TA克隆需去除载体序列。
我刚写了一个贴,对你做鉴定有帮助,你检索一下吧
帮助虫友,提升自己
8楼2009-06-08 12:27:57
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