| 查看: 5824 | 回复: 6 | ||
球球fishbone铁虫 (初入文坛)
|
[求助]
使用vaspkit0.73出现问题提示为Error malloc(): memory corruption: 0x000
|
|
使用vaspkit。0.73.时出现问题 提示为： ============================ Band Options ======================= 211) Band-Structure 212) Projected Band-Structure for Selected Atoms 213) Projected Band-Structure for Each Element 214) The Sum of Projected Band-Structure for Selected Atoms 0) Quit 9) Back ------------>> 211 -->> (01) Reading Input Parameters From INCAR File... -->> (02) Reading Fermi-Energy from DOSCAR File... ooooooooo The Fermi Energy will be set to zero eV ooooooooooooooo -->> (03) Reading Energy-Levels From EIGENVAL File... -->> (04) Reading Structural Parameters from POSCAR File... +---------------------------------------------------------------+ | Selective Dynamics is Activated! | +---------------------------------------------------------------+ -->> (05) Reading K-Paths From KPOINTS File... *** Error in `/home/jiushe/softwares/vaspkit.0.73/bin/vaspkit': malloc(): memory corruption: 0x000 0000002c79410 ***======= Backtrace: ========= /lib64/libc.so.6(+0x7e89d)[0x7ff8e337e89d] /lib64/libc.so.6(__libc_malloc+0x4c)[0x7ff8e338026c] /home/jiushe/softwares/vaspkit.0.73/bin/vaspkit[0x5d0e0b] /home/jiushe/softwares/vaspkit.0.73/bin/vaspkit[0x493268] /home/jiushe/softwares/vaspkit.0.73/bin/vaspkit[0x44ce52] /home/jiushe/softwares/vaspkit.0.73/bin/vaspkit[0x57c6b1] /home/jiushe/softwares/vaspkit.0.73/bin/vaspkit[0x5005f3] /home/jiushe/softwares/vaspkit.0.73/bin/vaspkit[0x444cfa] /home/jiushe/softwares/vaspkit.0.73/bin/vaspkit[0x4d111e] /home/jiushe/softwares/vaspkit.0.73/bin/vaspkit[0x4035ae] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5)[0x7ff8e3321b15] /home/jiushe/softwares/vaspkit.0.73/bin/vaspkit[0x4034c9] ======= Memory map: ======== 00400000-00711000 r-xp 00000000 fd:02 9570353 /home/jiushe/softwares/va spkit.0.73/bin/vaspkit00911000-0092f000 rw-p 00311000 fd:02 9570353 /home/jiushe/softwares/va spkit.0.73/bin/vaspkit0092f000-0108d000 rw-p 00000000 00:00 0 02c72000-02c93000 rw-p 00000000 00:00 0 [heap] 7ff8dc000000-7ff8dc021000 rw-p 00000000 00:00 0 7ff8dc021000-7ff8e0000000 ---p 00000000 00:00 0 7ff8e30ea000-7ff8e30ff000 r-xp 00000000 fd:00 3014675 /usr/lib64/libgcc_s-4.8.5 -20150702.so.1 。。。。。 。。。。。 不知道是哪里出了问题，是安装的问题吗？ |
回复此楼» 猜你喜欢
一志愿天津大学化学工艺专业（081702）315分求调剂
已经有8人回复
-
0703化学调剂
已经有3人回复
-
材料，纺织，生物（0856、0710），化学招生啦
已经有9人回复
-
一志愿中国海洋大学，生物学，301分，求调剂
已经有3人回复
-
280求调剂
已经有4人回复
-
0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历
已经有9人回复
-
工科材料085601 279求调剂
已经有6人回复
-
070300化学319求调剂
已经有5人回复
-
生物学071000 329分求调剂
已经有3人回复
-
0703化学调剂
已经有6人回复
球球fishbone
铁虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 86.8
- 帖子: 28
- 在线: 22小时
- 虫号: 1759274
- 注册: 2012-04-16
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
|
然后 参照https://tamaswells.github.io/VAS ... 73.html#header-n101 中文文档里面的内容进行PBE泛函计算，参照以下内容： ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- PBE泛函计算能带 PBE泛函计算能带分为两步，第一步使用普通K点网格（功能102）进行自洽计算 ，启动vaspkit,输入1选择VASP Input Files Generator，再选择108选择Successive Procedure to Generate VASP Files and Check功能，输入ST,生成静态自洽的INCAR，并按照提示生成自洽用的K点。本例中ISMEAR=0，即Gaussian Smearing方法，如果是金属体系可以选择换成ISMEAR=1。接着调用VASP计算。第二步：使用KPATH.in里的高对称点信息作为新的KPOINTS，然后读入电荷CHGCAR进行能带非自洽计算，即： cp -f KPATH.in KPOINTS echo "ICHARG=11" >> INCAR 也就是读入上一步生成的CHGCAR并保持不变，调用VASP计算。 待第二步完成后，通过功能21从能量本征值文件中读入能带结构。值得一提的是，费米能级应该以自洽计算的为准，因此如果想获得准确的费米能级，可以在第一步运行之后执行以下命令提取自洽后DOSCAR中的费米能级给第二步处理能带数据用: echo -e "\n" $(sed -n 6p DOSCAR | awk '{print $4}') > FERMI_LEVEL.in -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 发现根本就没有生成KPATH.in这个文件，如果采用第一步原有的KPOINTS进行 21->211的能带计算，就会提示： ============================ Band Options ======================= 211) Band-Structure 212) Projected Band-Structure for Selected Atoms 213) Projected Band-Structure for Each Element 214) The Sum of Projected Band-Structure for Selected Atoms 0) Quit 9) Back ------------>> 211 -->> (01) Reading Input Parameters From INCAR File... -->> (02) Reading Fermi-Energy from DOSCAR File... ooooooooo The Fermi Energy will be set to zero eV ooooooooooooooo -->> (03) Reading Energy-Levels From EIGENVAL File... -->> (04) Reading Structural Parameters from POSCAR File... +---------------------------------------------------------------+ | Selective Dynamics is Activated! | +---------------------------------------------------------------+ -->> (05) Reading K-Paths From KPOINTS File... +-------------------------- Error Info -------------------------+ Error! The Value of line 2 in KPOINTS File Must larger than zero +---------------------------------------------------------------+ ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 不管怎么样都运行不了能带计算部分 但是我在另一个节点，使用vaspkit0.62进行计算，同样的结构与内容，能正常计算没有问题 |
2楼2019-08-28 10:02:13
漫天飘雪
版主 (知名作家)
认真做事，踏实做人
- 1ST强帖: 1
- 应助: 362 (硕士)
- 贵宾: 0.108
- 金币: 16863.2
- 散金: 13424
- 红花: 392
- 沙发: 2
- 帖子: 5766
- 在线: 2306.3小时
- 虫号: 914852
- 注册: 2009-11-27
- 性别: GG
- 专业: 材料物理化学
- 管辖: 第一性原理
3楼2019-08-28 10:08:26
球球fishbone
铁虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 86.8
- 帖子: 28
- 在线: 22小时
- 虫号: 1759274
- 注册: 2012-04-16
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
|
我的计算流程是： 第一步cd vaspkit-test/ 导入POSCAR 生成POTCAR 第二步 启动vaspkit,输入1选择VASP Input Files Generator；再选择108选择Successive Procedure to Generate VASP Files and Check功能；输入ST, 生成静态自洽的INCAR，并按照提示生成自洽用的K点，ISMEAR=0；输入2 ，选择Gamma Scheme；再根据提示Input KPT-Resolved Value (unit: 2*PI/Angstrom): 输入0.03；得到INCAR KPOINTS， 因为计算单层，修改KPOINTS为： -------------------------------------------------------- K-Mesh Generated with KP-Resolved Value (Low=0.08~0.05, Medium=0.04~0.03, Fine=0.02~0.01) 0 Gamma 9 9 1 0.0 0.0 0.0 --------------------------------------------------------- 提交vasp任务，得到结果，没有KPATH.in文件，继续往后计算，提示出错。 不知道是不是vaspkit0.73版本的bug问题 附，另外，我想用结构优化后的CONTCAR来代替POSCAR进行输入，采用vaspkit的方法根本没办法进行往后的计算，没有用。 PS: 直接用vasp计算结构优化、静态自洽、非自洽，并且采用vaspkit.0.62版本输入21进行分析，才能得到想要的结果 |
4楼2019-08-28 10:31:17
球球fishbone
铁虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 86.8
- 帖子: 28
- 在线: 22小时
- 虫号: 1759274
- 注册: 2012-04-16
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
5楼2019-08-28 10:36:34
球球fishbone
铁虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 86.8
- 帖子: 28
- 在线: 22小时
- 虫号: 1759274
- 注册: 2012-04-16
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
6楼2019-08-28 19:53:02
7楼2020-08-26 16:32:35
