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[交流] 大家测序用pcr产物还是菌液

大家测序用pcr产物还是菌液，两者测序的结果有什么区别么？

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1楼 2009-05-29 09:55:39

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sutao1979

木虫 (著名写手)

小木虫10年groupleader

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专业: 植物分类学

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+5,VIP+0):版主厉害！ 5-29 14:58

总结一下，pcr产物直接测序是近几年才开始的，但是难度相对于用菌液来说大一些，尤其是要求纯度和浓度，否则的话很容易产生套峰（机器无法识别序列，多数为N），一般的小片段100-300之内的如果纯度和浓度可以，测出来没有问题，但是大于400bp的话就很难测出来了（也不是绝对的），测出来也是不准的；而菌液提质粒之后，浓度和纯度很高，所以，多长的片段都可以测出来；顺便说一下，测序之后前20个左右的碱基是不准的，而且多数的片段不包括你的引物序列，通常要求精确的话，用两端引物同时测，结果比对一下，还有就是，测序和机器有关但是通常来说一个反应大约600左右，大于了就不准，但是有的机器可以测到1.2kb，好多生物公司不告诉你测序的机器型号，所以一定要留意，比如AB公司低版本的可以测到600-800，高版本的就可以测到1000-1400，megabace公司的一般就500左右。