24小时热门版块排行榜    

查看: 862  |  回复: 6
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

cxjgzh

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】寻找过渡态出错【chemoffice】

我在寻找过渡态时很快就死掉,不知道是什么原因,请高手指点。输入文件如下(是用chemoffice生成的):
#T UHF/6-31G(d) Opt=QST2

Reactants

0,1
Si
C      1  R2   
C      2  R3       1  A3   
C      3  R4       2  A4       1  D4   
O      4  R5       3  A5       2  D5   
C      5  R6       4  A6       3  D6   
Si     6  R7       5  A7       4  D7   
C      7  R8       6  A8       5  D8   
C      8  R9       7  A9       6  D9   
C      9  R10      8  A10      7  D10  
H     10  R11      9  A11      8  D11  
H     11  R12     10  A12      9  D12  
H     12  R13     11  A13     10  D13  
H     13  R14     12  A14     11  D14  
H     14  R15     13  A15     12  D15  
H     15  R16     14  A16     13  D16  
H     16  R17     15  A17     14  D17  
H     17  R18     16  A18     15  D18  
H     18  R19     17  A19     16  D19  
H     19  R20     18  A20     17  D20  
H     20  R21     19  A21     18  D21  
H     21  R22     20  A22     19  D22  
H     22  R23     21  A23     20  D23  
H     23  R24     22  A24     21  D24  
H     24  R25     23  A25     22  D25  
H     25  R26     24  A26     23  D26  
H     26  R27     25  A27     24  D27  
H     27  R28     26  A28     25  D28  
H     28  R29     27  A29     26  D29  
H     29  R30     28  A30     27  D30  
H     30  R31     29  A31     28  D31  
H     31  R32     30  A32     29  D32  
  Variables:
R2   =     1.8781
R3   =     3.0779
R4   =     3.0785
R5   =     5.3187
R6   =     1.4060
R7   =     2.6672
R8   =     1.8819
R9   =     3.0809
R10  =     3.0842
R11  =     3.5662
R12  =     3.6613
R13  =     1.8277
R14  =     1.8278
R15  =     4.2683
R16  =     1.8276
R17  =     1.8277
R18  =     3.5594
R19  =     1.8288
R20  =     1.8281
R21  =     6.4492
R22  =     1.8094
R23  =     1.8293
R24  =     5.3681
R25  =     1.8270
R26  =     1.8276
R27  =     3.5386
R28  =     1.8244
R29  =     1.8286
R30  =     4.2816
R31  =     1.8262
R32  =     1.8279
A3   =    34.97
A4   =    59.99
A5   =    62.33
A6   =   131.44
A7   =    31.03
A8   =   133.44
A9   =    34.95
A10  =    59.88
A11  =    99.54
A12  =   169.00
A13  =    54.65
A14  =    59.99
A15  =    54.98
A16  =    77.27
A17  =    60.00
A18  =    99.96
A19  =    99.29
A20  =    60.02
A21  =    86.94
A22  =   111.90
A23  =    59.69
A24  =    77.52
A25  =    64.60
A26  =    60.02
A27  =    99.70
A28  =   101.06
A29  =    60.02
A30  =    53.95
A31  =    76.99
A32  =    60.02
D4   =    34.32
D5   =   -74.18
D6   =    -6.39
D7   =  -119.86
D8   =   -17.17
D9   =  -111.99
D10  =   -34.45
D11  =    45.34
D12  =   179.28
D13  =  -141.51
D14  =   -65.48
D15  =    45.75
D16  =    39.27
D17  =   106.95
D18  =   -45.66
D19  =   -87.95
D20  =   -45.14
D21  =   106.83
D22  =    87.86
D23  =    59.14
D24  =  -103.73
D25  =   106.57
D26  =   -79.58
D27  =    44.87
D28  =    87.27
D29  =    46.08
D30  =   -46.54
D31  =   -41.40
D32  =  -106.64

Reactants

0,1

Si
C      1  R2   
C      2  R3       1  A3   
C      3  R4       2  A4       1  D4   
O      4  R5       3  A5       2  D5   
C      5  R6       4  A6       3  D6   
Si     6  R7       5  A7       4  D7   
C      7  R8       6  A8       5  D8   
C      8  R9       7  A9       6  D9   
C      9  R10      8  A10      7  D10  
H     10  R11      9  A11      8  D11  
H     11  R12     10  A12      9  D12  
H     12  R13     11  A13     10  D13  
H     13  R14     12  A14     11  D14  
H     14  R15     13  A15     12  D15  
H     15  R16     14  A16     13  D16  
H     16  R17     15  A17     14  D17  
H     17  R18     16  A18     15  D18  
H     18  R19     17  A19     16  D19  
H     19  R20     18  A20     17  D20  
H     20  R21     19  A21     18  D21  
H     21  R22     20  A22     19  D22  
H     22  R23     21  A23     20  D23  
H     23  R24     22  A24     21  D24  
H     24  R25     23  A25     22  D25  
H     25  R26     24  A26     23  D26  
H     26  R27     25  A27     24  D27  
H     27  R28     26  A28     25  D28  
H     28  R29     27  A29     26  D29  
H     29  R30     28  A30     27  D30  
H     30  R31     29  A31     28  D31  
H     31  R32     30  A32     29  D32  
  Variables:
R2   =     1.8799
R3   =     3.0820
R4   =     3.0746
R5   =     2.8537
R6   =     3.7087
R7   =     4.3253
R8   =     1.8796
R9   =     3.0740
R10  =     3.0827
R11  =     4.4629
R12  =     5.1134
R13  =     1.8290
R14  =     1.8288
R15  =     4.2980
R16  =     1.8235
R17  =     1.8295
R18  =     3.5877
R19  =     1.8255
R20  =     1.8297
R21  =     7.2556
R22  =     1.8174
R23  =     1.8208
R24  =     6.5651
R25  =     1.8252
R26  =     1.8278
R27  =     3.5319
R28  =     1.8232
R29  =     1.8307
R30  =     4.2797
R31  =     1.8288
R32  =     1.8267
A3   =    34.91
A4   =    60.06
A5   =    57.74
A6   =   142.45
A7   =    21.68
A8   =   150.46
A9   =    35.11
A10  =    60.20
A11  =    60.32
A12  =    82.86
A13  =    37.09
A14  =    59.97
A15  =    56.37
A16  =    75.69
A17  =    60.09
A18  =    97.49
A19  =    99.67
A20  =    59.96
A21  =    90.87
A22  =    47.36
A23  =    59.93
A24  =    64.81
A25  =    89.82
A26  =    60.02
A27  =    98.91
A28  =   101.67
A29  =    60.09
A30  =    52.15
A31  =    76.59
A32  =    60.04
D4   =    34.54
D5   =   -68.05
D6   =     8.86
D7   =  -144.94
D8   =   -68.37
D9   =   -63.93
D10  =   -33.98
D11  =   122.58
D12  =   -95.80
D13  =   113.86
D14  =  -116.22
D15  =    46.21
D16  =    34.60
D17  =   106.65
D18  =   -43.94
D19  =   -90.59
D20  =   -46.07
D21  =    92.16
D22  =    43.01
D23  =    86.81
D24  =  -162.89
D25  =    62.11
D26  =   -71.59
D27  =    43.94
D28  =    87.42
D29  =    46.90
D30  =   -47.34
D31  =   -44.64
D32  =  -107.01
出错信息如下:
Leave Link    1 at Wed May 27 16:24:14 2009, MaxMem=          0 cpu:       0.0
(Enter d:\G03W\l101.exe)
---------
Reactants
---------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
Si
C                    1    R2
C                    2    R3       1    A3
C                    3    R4       2    A4       1    D4       0
O                    4    R5       3    A5       2    D5       0
C                    5    R6       4    A6       3    D6       0
Si                   6    R7       5    A7       4    D7       0
C                    7    R8       6    A8       5    D8       0
C                    8    R9       7    A9       6    D9       0
C                    9    R10      8    A10      7    D10      0
H                    10   R11      9    A11      8    D11      0
H                    11   R12      10   A12      9    D12      0
H                    12   R13      11   A13      10   D13      0
H                    13   R14      12   A14      11   D14      0
H                    14   R15      13   A15      12   D15      0
H                    15   R16      14   A16      13   D16      0
H                    16   R17      15   A17      14   D17      0
H                    17   R18      16   A18      15   D18      0
H                    18   R19      17   A19      16   D19      0
H                    19   R20      18   A20      17   D20      0
H                    20   R21      19   A21      18   D21      0
H                    21   R22      20   A22      19   D22      0
H                    22   R23      21   A23      20   D23      0
H                    23   R24      22   A24      21   D24      0
H                    24   R25      23   A25      22   D25      0
H                    25   R26      24   A26      23   D26      0
H                    26   R27      25   A27      24   D27      0
H                    27   R28      26   A28      25   D28      0
H                    28   R29      27   A29      26   D29      0
H                    29   R30      28   A30      27   D30      0
H                    30   R31      29   A31      28   D31      0
H                    31   R32      30   A32      29   D32      0
       Variables:
  R2                    1.8781                  
  R3                    3.0779                  
  R4                    3.0785                  
  R5                    5.3187                  
  R6                    1.406                    
  R7                    2.6672                  
  R8                    1.8819                  
  R9                    3.0809                  
  R10                   3.0842                  
  R11                   3.5662                  
  R12                   3.6613                  
  R13                   1.8277                  
  R14                   1.8278                  
  R15                   4.2683                  
  R16                   1.8276                  
  R17                   1.8277                  
  R18                   3.5594                  
  R19                   1.8288                  
  R20                   1.8281                  
  R21                   6.4492                  
  R22                   1.8094                  
  R23                   1.8293                  
  R24                   5.3681                  
  R25                   1.827                    
  R26                   1.8276                  
  R27                   3.5386                  
  R28                   1.8244                  
  R29                   1.8286                  
  R30                   4.2816                  
  R31                   1.8262                  
  R32                   1.8279                  
  A3                   34.97                     
  A4                   59.99                     
  A5                   62.33                     
  A6                  131.44                     
  A7                   31.03                     
  A8                  133.44                     
  A9                   34.95

[ Last edited by cadick on 2009-12-14 at 03:25 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zeoliters

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
bingyi3说的也是对的,那里不应该有空行。
即便如此,这个是算不出来的。(我帮楼主在Linux下试了,呵呵)
楼主给出的结构生成物和产物之间的结构相差太多。
实质上这种方法只是对极少数结构变化不大的有用,其它的基本上不太起作用。
建议楼主更换方法。
根据结构的变法,猜测其初始过渡态结构,然后用
如下方法计算:

#T UHF/6-31G(d) Opt=(TS,CalcFC,Noeigen)   Freq   

Reactants

0,1
猜测的过渡的结构的坐标(即分子说明部分)

希望以上能对楼主有所帮助
6楼2009-06-03 19:08:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

cxjgzh

新虫 (小有名气)

好像坐标都没有读完就死掉了。我原子的顺序是保持一致的。输入文件是在chem3d中画出图形后生成的。请高手指点迷津!
2楼2009-05-27 17:12:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zeoliters

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
是不是最后没有空行啊?
没有空行的话会出错的!
3楼2009-05-30 00:34:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cxjgzh

新虫 (小有名气)

多谢Zeoliters的指点,但加了空行还是一样的结果啊。郁闷。
4楼2009-05-30 14:46:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见