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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】MP2/6-311++G** 算单点出错
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chemyliu

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】MP2/6-311++G** 算单点出错

我用mp2/6-311++g** 算22个水的单点输入文件开头如下：
%chk=H2O-22-mp2-++-2.chk
%mem=16GB
%nproc=8
# mp2/6-311++g** sp iop(2/16=1,5/13=1)
结果提示：
Disk-based method using OVN memory for 88 occupieds at a time.
Estimated scratch disk usage= 36365623200 words.
Actual    scratch disk usage= 34311194528 words.
Erroneous write. Write -1 instead of 4096.
fd = 4
orig len = 4096 left = 4096
g_write
请问如何解决？
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1楼 2009-05-26 10:09:15
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majun04

木虫 (著名写手)

majun
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-26 20:54
磁盘空间不够，读写文件超出磁盘空间。分配更大的磁盘空间，再算。
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乐观、执着、勤奋
2楼2009-05-26 10:12:03
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chemyliu

木虫 (正式写手)
我用的是浪潮cluster 算的，磁盘空间应该是足够大的。每个节点上应该有300G，这个磁盘空间是管理员设置的吧？磁盘空间我们能自己设置吗？如果能设怎么设？
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3楼2009-05-26 10:33:40
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majun04

木虫 (著名写手)

majun
★ ★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 5-26 20:54
你用的是什么版本的gaussian？
32位的gaussian最大调用磁盘空间是16G，也就是说你的硬件磁盘空间再大，gaussian也仅仅最多调用16G。要是64位的gaussian就没有磁盘空间这个限制。
用MP2比较耗费磁盘空间，建议用64位的gaussian计算，临时文件夹要分配足够的空间才好。
例子：
%chk=TBD-CH3CN-6-311++Gdp-SP1-MP2-freq-2.chk
%rwf=/tmp/g03/,133GB,/home/g03temp/,32GB,/g03temp/,35GB
%mem=3GB
%nproc=2
# freq=noraman MP2/6-311++g(d,p) geom=allcheck guess=read maxdisk=200GB
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乐观、执着、勤奋
4楼2009-05-26 10:59:55
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
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lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 5-26 20:54
引用回帖:
Originally posted by chemyliu at 2009-5-26 10:09:
Disk-based method using OVN memory for 88 occupieds at a time.
Estimated scratch disk usage= 36365623200 words.
Actual  scratch disk usage= 34311194528 words....

从你的输出结果可以看出你用的是64位的程序。同时也看出你这个的确是硬盘被写满了，Actual 这一行那个数字大概是34G words，对应到GB要乘以8，由于标称300G的硬盘实际空间不到300GB，再加上系统和软件的空间，你这个300G的硬盘是写满了。
你大概还需要20GB空间就可以完成你这个计算了。可以试试把硬盘限制的小一点，比如在#开头那一行加上maxdisk=200gb关键词，这样有时候能算过去，但计算的时间长一些。

[ Last edited by hairan on 2009-5-26 at 11:32 ]
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
5楼2009-05-26 11:29:31
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chemyliu

木虫 (正式写手)
十分谢谢，我再试试！
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6楼2009-05-26 12:49:42
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suntao1982

木虫 (著名写手)

小木虫
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-26 20:54
还是使用maxdisk吧，要不然容易损坏计算机硬盘，如果还不行，就用gamess计算单点能吧
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做中国人的化学！！！！
7楼2009-05-26 14:47:28
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bylin

金虫 (小有名气)
★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢交流 5-26 20:55
怎么看出的是64位的Gaussian?
我感觉这很象是32位的Gaussian由于16GB磁盘空间的限制而出的错呀。
如果是64位的，由于执行路径部分没有maxdisk声明，Gaussian是不是应该往下算，直到磁盘确实被写满才报错？
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8楼2009-05-26 16:18:01
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pllyf2006

金虫 (著名写手)
★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢交流 5-26 20:55
怎么看出的是64位的Gaussian?
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9楼2009-05-26 16:31:36
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 5-30 11:36
引用回帖:
Originally posted by bylin at 2009-5-26 16:18:
怎么看出的是64位的Gaussian?
我感觉这很象是32位的Gaussian由于16GB磁盘空间的限制而出的错呀。
如果是64位的，由于执行路径部分没有maxdisk声明，Gaussian是不是应该往下算，直到磁盘确实被写满才报错？

Actual  scratch disk usage= 34311194528 words
你数数这个数字34,311,194,528，大概34G，单位是word，一个word相当于8B，乘下来大概270多个GB。当然只有64位的程序才能写这么大。
他这个标称300G的硬盘，实际容量在不到300GB，现在已经写了270多G，加上系统程序等占用的空间，应该是写满了报错。
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
10楼2009-05-28 10:53:35
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