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Dmol3 非周期结构吸附计算的问题
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我有几个问题想麻烦各位专家老师解答，问题一:用dmol3对非周期性结构进行表面吸附计算时是否需要构建超胞还是直接用结构模型优化后做吸附；问题二，非周期结构在用dmol3优化时需要先将每个原子的电荷平衡以后再进行吗？问题三，我对某晶格结构取消周期后，边界原子的配位原子需要补充上吗？可能表述不是很清楚，计算新手请海涵哈！ 发自小木虫Android客户端 |
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 MS计算模拟 |
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1、从问题3来看，你的结构本来是周期性的然后用非周期进行模拟？那么原则上应当使用合适大的超胞，只是应该足够大使得活性区域的性质收敛（甚至应该接近周期性的计算结果）。 2、不知你指的电荷平衡是何种操作？原则上截出的团簇涉及到截取产生的悬键如果是切断共价键导致的可以用H饱和，如果是离子相互作用可以试试点电荷模型（即再边缘原子附近添加足够多点电荷来模拟被截去的原子）。 3、在1和2已经分别做了解释。 4、DMol3本身可以计算周期性结构，不知道你使用团簇模型的原因是？通过团簇来模拟固体结构涉及到的技巧问题比较多，而且涉及到的问题也比较繁琐。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
2楼2019-06-22 02:10:04
送红花一朵|
谢谢老师的耐心指导！我想做红外光谱计算，用到的结构属于无定形矿物，看文献是将这种结构放在了10.752*6.36*10.497 90° 93.3° 90°的P1晶胞，我想这矿物本是长程无序的非周期性结构，那么是否可以它去掉晶体框，也就是非周期性处理，然后再用dmol3来计算。。。不知这种想法对不对？ 但是我选择去了P1框后，部分铁原子周围就有氧缺失，不是完整的铁氧八面体连接成的结构。。。那这种情况我是不是该把氧给补上呢？ 老师，我不知道表达清楚没，主要就是想计算吸附后的红外光谱以及不同配位方式下的结合能变化。麻烦老师了！ 发自小木虫Android客户端 |
3楼2019-06-26 21:34:52
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4楼2019-06-27 04:53:28
老师，因为这矿物是铁硫酸盐矿物，它的孔道结构内有硫酸根离子,它的化学式是Fe8O8(OH)6-2xSO4x 硫酸根的配位方式不止一种，同时其配位环境也容易受环境的影响，所以我选择了相对稳定的低pH条件下来做吸附。那篇文章也是在探讨这矿物的结构，但只给了铁氧八面体框架的原子分数坐标，做了短程有序的模拟计算，对硫酸根的位置做了些猜测。作者也表示这种结构与实际的还是有些差距 所以我想看看怎么构建好这个模型，哪怕将几种可能的硫酸根孔道内位置都用上，来做个筛选。。发自小木虫Android客户端 |
5楼2019-06-27 08:32:01
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老师，我现在纠结的就是我该把这结构放在周期性框架里来算还是需要把它调整为非周期性，我想考虑以它结构的短程有序来计算，但因硫酸根的位置问题其结构又可能是非周期性 发自小木虫Android客户端 |
6楼2019-06-27 08:41:38
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