24小时热门版块排行榜    

查看: 817  |  回复: 4
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

swf1632001

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】Material studio中如何输出某个原子在某刻的速度和力?

各位好!
我使用的是Materials Studio中的Gulp模块,在模拟结束后生成的output文件有一个“.xtd”文件,就是trajectory file,我想请教各位如何将某个原子在不同frame时对应的速度velocity、力force求出来?
我知道在Materials studio中有对应的Script, 可以编写一个简单的Script进行连续输出,但是当我编写如下时:
#!perl

use strict;
use MaterialsScript qw(:all);

#define the input document and create the study table
my $doc=$Documents{"SiO2_Cylinder(10,100,110)SPY90_2.xtd"};
#create a new study table
my $newStudyTable=Documents->New("ForceXYZ.std";
my $calcSheet=$newStudyTable->ActiveSheet;

#creat the column heading in the study table
$calcSheet->ColumnHeading(0)="ForceAtomXYZ";

$calcSheet->ColumnHeading(1)="AtomicIndexNumber";
$calcSheet->ColumnHeading(2)="Mass";
$calcSheet->ColumnHeading(3)="MassNumber";
$calcSheet->ColumnHeading(4)="ElementName";
$calcSheet->ColumnHeading(5)="Force";
$calcSheet->ColumnHeading(6)="Velocity";

my $count=$doc->Atoms->Count;
print "$count";


for (my $i=0;$i<$count;++$i)
{
my $atom=$doc->DisplayRange->Atoms($i);
my $atomicNumber=$atom->AtomicNumber;
my $elementName=$atom->ElementName;
my $mass=$atom->Mass;
my $massNumber=$atom->MassNumber;
my $elementName=$atom->ElementName;




my $x=$atom->X;
my $y=$atom->Y;
my $z=$atom->Z;
my $point=Point(x=>$x,Y=>$y,Z=>$z);
my $vel=$atom->Velocity;
my $force=$atom->Force;
print "$vel";
print "$force";


#my $distance=$x*$x+$z*$z;
#place into study table


$calcSheet->Cell($i,1)=$atomicNumber;
$calcSheet->Cell($i,2)=$mass;
$calcSheet->Cell($i,3)=$massNumber;
$calcSheet->Cell($i,4)=$elementName;
$calcSheet->Cell($i,5)=$force;
$calcSheet->Cell($i,6)=$vel;
#$calcSheet->Cell($i,7)=$x;
#$calcSheet->Cell($i,8)=$y;
#$calcSheet->Cell($i,9)=$z;
#$calcSheet->Cell($i,8)=$distance;
}


$doc->Close;


运行不下去,老提示说,
Variant contains an object that is not a document (writing property "Cell"  at -e line 56.
5140ISDPoint3d [0x116b0c10]


像这种情况,如何将velocity和force通过某方法直接输出到study table中去?或者直接连续读出来?

望请各位赐教,急用。谢谢!

[ Last edited by zeoliters on 2009-11-15 at 23:39 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lixxyyzzz

银虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
楼主你好啊~你用的是MS4.?,gulp模块能用吗?
3楼2009-06-09 09:16:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

jianchaoyv

金虫 (小有名气)

定一个,想知道!!
2楼2009-05-23 08:31:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

swf1632001

新虫 (初入文坛)

我用的是MS4.3,gulp中可以做分子模拟 dynamics simulation
5楼2009-06-26 12:12:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +37 医学老男孩 2026-08-13 86/4300 2026-08-18 00:18 by longsantaizi
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +4 基诺咪客 2026-08-17 4/200 2026-08-17 16:10 by Vivilian
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +12 Ldrop2023 2026-08-13 15/750 2026-08-17 15:02 by 小豌豆_发芽
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
请填处理意见