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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】局部优化时，如何固定住其它原子
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freshgirl

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】局部优化时，如何固定住其它原子

two probe结构建好后，如果我想对电极和散射区界面进行优化，其它原子都固定，请问应该怎么处理？
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1楼 2009-05-21 22:02:26
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sunray55

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
spur(金币+1,VIP+0):3Q! 5-22 18:23
freshgirl(金币+3,VIP+0):非常感谢 5-22 21:54
引用回帖:
Originally posted by freshgirl at 2009-5-21 22:02:
two probe结构建好后，如果我想对电极和散射区界面进行优化，其它原子都固定，请问应该怎么处理？

nanolanguage scripter -> geometic constrain ->固定你想要的原子
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2楼2009-05-22 15:37:34
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dxqhjj2008

铜虫 (初入文坛)

输入原子的序号

★ ★
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zxzj05(金币+1,VIP+0):3Q！ ^_^ 多多支持！ 5-26 11:19
优化的界面有个固定原子的geomitry constrains,把要固定的原子的序号输入，用逗号隔开。
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3楼2009-05-25 21:56:34
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freshgirl

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by dxqhjj2008 at 2009-5-25 21:56:
优化的界面有个固定原子的geomitry constrains,把要固定的原子的序号输入，用逗号隔开。

谢谢你的回复，可是我应该怎样才知道自己模型相应原子的序号呢？
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4楼2009-05-25 22:14:42
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freshgirl

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by dxqhjj2008 at 2009-5-25 21:56:
优化的界面有个固定原子的geomitry constrains,把要固定的原子的序号输入，用逗号隔开。

谢谢你的回复，可是我应该怎样才知道自己模型相应原子的序号呢？
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5楼2009-05-25 22:15:32
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yongyong2050

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
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qasd(金币+1,VIP+0):谢谢~ 5-26 20:28
选中你需要固定的原子，然后再“constrains”~~~~~
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6楼2009-05-26 13:16:25
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freshgirl

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yongyong2050 at 2009-5-26 13:16:
选中你需要固定的原子，然后再“constrains”~~~~~

这让我更困惑了。

在NanoLanguage Script里的Configuration界面下，无法单独选择原子

在Molecular Builder下，虽然可以选中原子，但是没有constrain选项啊
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7楼2009-05-27 09:32:00
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zdhlover

荣誉版主 (职业作家)

小木虫之莲花佛
★ ★
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wuchenwf(金币+1,VIP+0):xiexie 6-1 00:08
6楼以为是MS呢，呵呵，你写要固定的中心区域的原子的编号就可以了
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8楼2009-05-29 21:18:02
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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)
谢谢楼主回答
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9楼2009-05-31 09:30:56
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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
freshgirl(金币+1,VIP+0):你的这个主意不错~谢谢 7-18 10:42
例子里有lih2li固定原子的例子，你自己仿照做一个，就知道了，0号原子，是左边表面的第一个原子，而不是1号原子。另外，你可以改变左边原子的类型，比如你改一号原子（改成其他原子，颜色就不同），从而知道该改哪些原子固定了。
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10楼2009-07-17 23:46:51
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