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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 蛋白组富集分析
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yigeli

金虫 (正式写手)

[求助] 蛋白组富集分析 已有1人参与

数据分析小白请教大家，手里拿着微生物纯菌的蛋白组数据，想要做GO和KEGG富集分析，各大网站都需要将Uniprot的entry号转化为其他的IDs.自己尝试找了很多ID转化的网站，都不能将其转化成诸如entrez id。请问大家知道什么原因吗？

没有什么金币，只能表示一下了
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tobebetter
1楼 2019-05-24 23:09:28
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刺客玩家

铜虫 (小有名气)
你难道不知道有个东西叫David？

发自小木虫Android客户端
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人生最后悔的事不在于失败，而在于从未尝试。
2楼2019-05-25 21:01:17
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yigeli

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 刺客玩家 at 2019-05-25 21:01:17
你难道不知道有个东西叫David？

尝试用过，uniptot entry name还是不能转化出结果
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tobebetter
3楼2019-05-25 22:00:30
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是在不行可以使用blast2go和kobas去做
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···
4楼2019-05-27 13:16:11
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yigeli

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小冀- at 2019-05-27 13:16:11
是在不行可以使用blast2go和kobas去做

能稍详细点的介绍吗？现在数据这部分完全弄不清楚，一些网站上需要进行id转化，有些网站似乎不能做微生物的蛋白组分析
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tobebetter
5楼2019-06-03 23:41:57
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
引用回帖:
5楼: Originally posted by yigeli at 2019-06-03 23:41:57
能稍详细点的介绍吗？现在数据这部分完全弄不清楚，一些网站上需要进行id转化，有些网站似乎不能做微生物的蛋白组分析...

我说的是GO和KEGG，蛋白组我也不知道怎么做，blast2go和kobas是两款软件，你可以去官网看一下使用说明。id转换的话很多网站都可以做，david或者一些R包，像kobas这个网站会支持多种输入id，你可以去看看
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···
6楼2019-06-04 09:02:59
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yigeli

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 小冀- at 2019-06-04 09:02:59
我说的是GO和KEGG，蛋白组我也不知道怎么做，blast2go和kobas是两款软件，你可以去官网看一下使用说明。id转换的话很多网站都可以做，david或者一些R包，像kobas这个网站会支持多种输入id，你可以去看看...

kobas不知道最近用不了还是我这边有限制的原因，打不开。我再请教你一个问题，做kegg的时候需要提供ko号，你知道怎么获取吗？
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tobebetter
7楼2019-06-04 20:30:51
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