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AArya

新虫 (正式写手)

[求助] 基因序列拼接 已有1人参与

各位虫友们,在NCBI 上blast 发现测序结果的下游序列有一段是断裂的,请问我应该怎样把上下游序列拼接起来呢

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MAS_rice

至尊木虫 (著名写手)

测序没测完吗?需不需要加测一个反应,有了overlap才可以拼接

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竹杖芒鞋轻胜马,谁怕,一蓑烟雨任平生;回首向来萧瑟处,归去,也无风雨也无晴
2楼2019-05-20 01:33:03
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AArya

新虫 (正式写手)

双向测序测完了,应该有1600多bp ,测完我用DNAMAN 拼接完只有1300多bp ,重叠部分还是很长的,前面和后面都对,就是在NCBI 上Blast 好像在1000多一点的地方有断裂,不知道该怎么弄了

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3楼2019-05-20 05:51:34
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做研究的姑凉

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by AArya at 2019-05-20 05:51:34
双向测序测完了,应该有1600多bp ,测完我用DNAMAN 拼接完只有1300多bp ,重叠部分还是很长的,前面和后面都对,就是在NCBI 上Blast 好像在1000多一点的地方有断裂,不知道该怎么弄了
...

我也是,拼全长,发现多处断裂

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4楼2019-07-10 10:18:34
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做研究的姑凉

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 做研究的姑凉 at 2019-07-10 10:18:34
我也是,拼全长,发现多处断裂
...

你有dnaman安装包么,可以发我一下吗

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5楼2019-07-10 10:19:13
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