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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 基因序列拼接
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AArya

新虫 (正式写手)

[求助] 基因序列拼接 已有1人参与

各位虫友们，在NCBI 上blast 发现测序结果的下游序列有一段是断裂的，请问我应该怎样把上下游序列拼接起来呢

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1楼 2019-05-19 19:06:46
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MAS_rice

至尊木虫 (著名写手)
测序没测完吗？需不需要加测一个反应，有了overlap才可以拼接

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竹杖芒鞋轻胜马，谁怕，一蓑烟雨任平生；回首向来萧瑟处，归去，也无风雨也无晴
2楼2019-05-20 01:33:03
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AArya

新虫 (正式写手)
双向测序测完了，应该有1600多bp ，测完我用DNAMAN 拼接完只有1300多bp ，重叠部分还是很长的，前面和后面都对，就是在NCBI 上Blast 好像在1000多一点的地方有断裂，不知道该怎么弄了

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3楼2019-05-20 05:51:34
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做研究的姑凉

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by AArya at 2019-05-20 05:51:34
双向测序测完了，应该有1600多bp ，测完我用DNAMAN 拼接完只有1300多bp ，重叠部分还是很长的，前面和后面都对，就是在NCBI 上Blast 好像在1000多一点的地方有断裂，不知道该怎么弄了
...

我也是，拼全长，发现多处断裂

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4楼2019-07-10 10:18:34
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做研究的姑凉

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 做研究的姑凉 at 2019-07-10 10:18:34
我也是，拼全长，发现多处断裂
...

你有dnaman安装包么，可以发我一下吗

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5楼2019-07-10 10:19:13
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