| 查看: 1063 | 回复: 2 | ||
[求助]
LAMMPS能量计算值不正确
|
|
大家好，关于LAMMPS模拟中，能量相关的部分，有一些问题想要请教各位。 我所采用的in文件及data文件，是moltemplate软件中的OPLS-AA力场正丁烷范例，条件为260K，1atm。在按照范例运行之后，发现内能/焓的计算值相比于NIST的数据小50%左右。我尝试了其他的温度和压力，发现能量（U及H）的计算值要比NIST数据小很多，而且集中在4-5kcal/mol附近，变化很小。 我尝试修改了special_bonds的参数，虽然值发生变化但这应该是不正确的。因此想要请教各位是否出现过同样的问题，以及对应的解决方法。 谢谢大家！ |
回复此楼» 猜你喜欢
全日制（定向）博士
已经有5人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有10人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
-
参与限项
已经有3人回复
-
实验室接单子
已经有4人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有12人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
|
这里是In文件中的运行部分 # ------------------------------- Run Section ------------------------------- dump dumpeq1 all custom 50 traj_eq1_min.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz thermo_style custom step temp press ke etotal enthalpy thermo 50 thermo_modify norm yes velocity all create 900.0 4928459 dist gaussian # -- Equilibration: part 1: initial minimization -- minimize 1.0e-5 1.0e-7 100000 400000 undump dumpeq1 write_data system_after_eq1_min.data # -- Equilibration part 2: reorienting the molecules (NVT) -- timestep 1.0 dump dumpeq2 all custom 200 traj_eq2_reorient.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz fix fxlan all langevin 900.0 900.0 120 48279 fix_modify fxlan energy yes fix fxnve all nve run 4000 velocity all scale 900.0 sum yes unfix fxlan unfix fxnve fix fxnvt all nvt temp 900.0 900.0 100.0 fix_modify fxnvt energy yes run 10000 undump dumpeq2 write_data system_after_eq2_reorient.data unfix fxnvt # -- equilibration part 3: Equilibrating the density (NPT) -- dump dumpeq3 all custom 200 traj_eq3_npt.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz fix fxnpt all npt temp 900.0 260.0 100.0 iso 500.0 500.0 1000.0 drag 2.0 timestep 1.0 run 20000 unfix fxnpt fix fxnpt all npt temp 260.0 260.0 100.0 iso 500.0 1.0 1000.0 drag 2.0 timestep 1.0 run 100000 write_data system_after_eq3_npt.data |
2楼2019-05-05 10:07:04
3楼2019-05-05 10:08:31