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金虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】请问：做动力学平衡的标准是什么？

请问：做动力学平衡的标准是什么？是达到预定温度，还是密度，压强？一般做含有几千个原子的体系，要做多少步？每步时间多少为宜呢？

1楼 2009-05-19 15:25:08

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荣誉版主 (著名写手)

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466902981(金币+1,VIP+0):多谢了！但我做MD总是超过20000step 就进行不下去了，该怎么办呢？ 5-20 10:14

经验比标准更重要，
有时候出现的能量最低稳定结构也不一定是动力学平衡点，
同时结合能量＆结构吧

升温到比预定温度高一定温度，以便整个分子都充分驰豫。
然后降温到预定温度附近
最好反复几次

nps，0.1K/step（大分子，升温慢点）

储氢家族欢迎储氢研究者！

2楼2009-05-19 18:08:04

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木虫 (著名写手)

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466902981(金币+1,VIP+0):多谢了！“一般选取的时间步长为体系各个自由度中最短运动周期的十分之一”怎么算呢？ 5-20 10:16

系综不同不一样，NPT的话温度，压力都到了预定值就差不多了，另外还要看能量变化。
步长不好说，需要测试。一般选取的时间步长为体系各个自由度中最短运动周期的十分之一。实际计算中尽可能大些比较好。
计算步数和体系原子数目关系不大，和分子大小关系很大。

3楼2009-05-19 18:50:08

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