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starrywang新虫 (正式写手)
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[交流]
求助，计算键能是否需要对碎片进行构型优化？
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计算一个二聚体分子，想看看键能。文献中表示：键能=单体1+单体2-二聚体，其中单体为断键后分裂成的两个碎片。 我的问题是，是否需要对两个碎片进行几何构型优化后再分析能量变化，还是可以直接计算与二聚体中原结构一致的两个碎片分别的能量。 因为单体优化后变化比较大，有的情况甚至会断键。 发自小木虫Android客户端 |
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starrywang
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starrywang: 金币+10, 解决了疑惑 2019-04-22 18:09:03
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starrywang: 金币+10, 解决了疑惑 2019-04-22 18:09:03
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文献中使用的这种衡量键能的方法是计算键的解离能（焓），BDE方法。 对dimmer和两个monomer分别进行优化和频率计算 之后 用 H(mono1)+H(mono2)-H（dimmer）得到的就是通常意义上的 BDE，键的解离焓。 这个值也是可以和实验得到的键解离能对应上的。但是键的解离能不完全等同于“键能”。 这是因为BDE会包含键解离后两个片段结构发生变化的稳定能。也就是类似你说的这种情况。 纯理论计算的话上可以不优化两个monomer 直接用单点能来计算 也就是 E（mono1）+E(mono2)-E(dimmer) 来得到键能。但这样的结果一般和实验值对不上。 |
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2楼2019-04-22 07:39:48