| 查看: 12860 | 回复: 7 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
VPA分析（Vegan包Varpart程序） 已有1人参与
|
||
|
这是varpart自带example，求大神解读：三个因子，为什么跑完程序图中会出现四个圈？ data(mite) data(mite.env) data(mite.pcnm) # two explanatory data frames -- hellinger-transform y mod <- varpart(mite, mite.env, mite.pcnm, transfo="hel" ) mod ## use fill colours showvarparts(2, bg = c("hotpink","skyblue" )) plot(mod, bg = c("hotpink","skyblue" )) ## test fraction [a] using partial rda, '~ .' in formula tells to use ## all variables of data mite.env. afrac <- rda(decostand(mite, "hel" ) , mite.env, mite.pcnm) anova(afrac) ## rsquareadj gives the same result as component [a] of varpart rsquareadj(afrac) ## partition bray-curtis dissimilarities varpart(vegdist(mite), mite.env, mite.pcnm) ## three explanatory tables with formula interface mod <- varpart(mite, ~ subsdens + watrcont, ~ substrate + shrub + topo, mite.pcnm, data=mite.env, transfo="hel" ) mod showvarparts(3, bg=2:4) plot(mod, bg=2:4) ## use rda to test fraction [a] ## matrix can be an argument in formula rda.result <- rda(decostand(mite, "hell" ) ~ subsdens + watrcont + condition(substrate + shrub + topo) + condition(as.matrix(mite.pcnm)), data = mite.env) anova(rda.result) ## four explanatory tables mod <- varpart(mite, ~ subsdens + watrcont, ~substrate + shrub + topo, mite.pcnm[,1:11], mite.pcnm[,12:22], data=mite.env, transfo="hel" ) mod plot(mod, bg=2:5) ## show values for all partitions by putting 'cutoff' low enough: plot(mod, cutoff = -inf, cex = 0.7, bg=2:5) [ last edited by jjdg on 2019-5-7 at 09:11 ] [ Last edited by jjdg on 2019-5-7 at 09:11 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
极限拉扯，如何抉择
已经有15人回复
-
申请科研项目纯靠实力能成功吗？
已经有8人回复
-
中科院海洋所招收海洋材料相关领域博士研究生及研究助理
已经有4人回复
-
40+中年人失业后，还能找到好工作吗？
已经有3人回复
-
二审4个多月了还是Awaiting Reviewer Scores
已经有4人回复
-
OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？
已经有13人回复
-
课题组会帮你通过考核么？
已经有7人回复
-
入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍
已经有6人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有10人回复
chenhezhou
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 803.3
- 散金: 88
- 红花: 2
- 帖子: 228
- 在线: 105小时
- 虫号: 3773922
- 注册: 2015-03-30
- 性别: GG
- 专业: 环境工程
7楼2020-07-08 15:58:07
xp198766
铁杆木虫 (著名写手)
小木虫职业打酱油滴~~！
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 6525.1
- 散金: 262
- 红花: 25
- 帖子: 2193
- 在线: 554小时
- 虫号: 1046859
- 注册: 2010-06-24
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
2楼2019-04-22 08:24:09
| 一直看赖老师的书和文章，听课的感觉完全不同。老师很专业，讲解很耐心，小白也收获很多。帮老师宣传一下，有兴趣的朋友们可以报名。http://mp.weixin.qq.com/s?__biz= ... 3&srcid=#rd |
4楼2019-05-27 11:14:53
wuchao924929
新虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 18
- 散金: 30
- 红花: 2
- 帖子: 46
- 在线: 43.8小时
- 虫号: 1944264
- 注册: 2012-08-18
- 专业: 环境工程
5楼2019-08-29 21:01:09
10