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VPA分析（Vegan包Varpart程序） 已有1人参与
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这是varpart自带example，求大神解读：三个因子，为什么跑完程序图中会出现四个圈？ data(mite) data(mite.env) data(mite.pcnm) # two explanatory data frames -- hellinger-transform y mod <- varpart(mite, mite.env, mite.pcnm, transfo="hel" ) mod ## use fill colours showvarparts(2, bg = c("hotpink","skyblue" )) plot(mod, bg = c("hotpink","skyblue" )) ## test fraction [a] using partial rda, '~ .' in formula tells to use ## all variables of data mite.env. afrac <- rda(decostand(mite, "hel" ) , mite.env, mite.pcnm) anova(afrac) ## rsquareadj gives the same result as component [a] of varpart rsquareadj(afrac) ## partition bray-curtis dissimilarities varpart(vegdist(mite), mite.env, mite.pcnm) ## three explanatory tables with formula interface mod <- varpart(mite, ~ subsdens + watrcont, ~ substrate + shrub + topo, mite.pcnm, data=mite.env, transfo="hel" ) mod showvarparts(3, bg=2:4) plot(mod, bg=2:4) ## use rda to test fraction [a] ## matrix can be an argument in formula rda.result <- rda(decostand(mite, "hell" ) ~ subsdens + watrcont + condition(substrate + shrub + topo) + condition(as.matrix(mite.pcnm)), data = mite.env) anova(rda.result) ## four explanatory tables mod <- varpart(mite, ~ subsdens + watrcont, ~substrate + shrub + topo, mite.pcnm[,1:11], mite.pcnm[,12:22], data=mite.env, transfo="hel" ) mod plot(mod, bg=2:5) ## show values for all partitions by putting 'cutoff' low enough: plot(mod, cutoff = -inf, cex = 0.7, bg=2:5) [ last edited by jjdg on 2019-5-7 at 09:11 ] [ Last edited by jjdg on 2019-5-7 at 09:11 ] |
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6楼2020-05-01 13:22:25
xp198766
铁杆木虫 (著名写手)
小木虫职业打酱油滴~~！
- 应助: 5 (幼儿园)
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2楼2019-04-22 08:24:09
| 一直看赖老师的书和文章，听课的感觉完全不同。老师很专业，讲解很耐心，小白也收获很多。帮老师宣传一下，有兴趣的朋友们可以报名。http://mp.weixin.qq.com/s?__biz= ... 3&srcid=#rd |
4楼2019-05-27 11:14:53
wuchao924929
新虫 (初入文坛)
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5楼2019-08-29 21:01:09
