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一棵安静的树金虫 (小有名气)
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BLAST中关于字长WORD SIZE的设定问题!
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生物信息学中,BLAST章节里,关于字长的设定里,是这么描述的:WORD SIZE:所谓字长是指用作比对起始种子的序列长度。将查询序列分割成一系列特定长度的小的序列段(字段)或(搜索窗口)。 默认值:核酸为11,氨基酸为3。 蛋白质:字段增大,搜索精度提高; 核酸:字段降低,搜索更准确,速度更慢。 为什么蛋白质是字段增大,精度增加,而核酸是字段降低,精度增加。问了几个人,大家对于这里的理解都不一样。所以发帖请教。 请虫友们不吝赐教! |
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