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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MD分子动力学NVT计算任务老是失败,求助大神帮帮忙
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momentu335

新虫 (小有名气)

[求助] MD分子动力学NVT计算任务老是失败,求助大神帮帮忙

在做了10000ps的几何优化后，模拟NVT，总是出现这个错误，求大神帮帮忙，谢谢啦！

Forcite
-------
Task             : Dynamics
Version          : 8.0
Build date       : Dec  5 2014
Host             : localhost.localdomain
Threads          : Parallel 39
Operating system : linux
Task started     : Wed Apr 10 11:23:16 2019

---- Dynamics parameters ----

Ensemble                        : NVT
Temperature                     : 343.00 K
  Control method                : Nose
  Q ratio                       : 0.0100000
Timestep                        : 1.00 fs
Number of steps                 : 1200000
Duration                        : 1200 ps
Initial velocities              : Random
Random number seed              : 1554866597

---- Energy parameters ----

Forcefield                      : COMPASSII (Version 1.2)
Charges                         : Forcefield assigned
Electrostatic terms:
  Summation method              : Ewald
  Accuracy                      : 0.001 kcal/mol
  Buffer width                  : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method              : Atom based
  Truncation method             : Cubic spline
  Cutoff distance               : 12.5 A
  Spline width                  : 1 A
  Buffer width                  : 0.5 A


---- Thermostat ----

Nose mass parameter, Q mass: 121.974 kcal/mol*ps^2


---- Constraints ----

Position constraints            : 5855

Dynamics calculation - Deviation in total energy (265293 kcal/mol) between successive
steps was greater than the specified maximum (50000 kcal/mol).
Try relaxing the structure with geometry optimization, reducing the time step,
reducing the temperature or a combination of these.




Task terminated               : Wed Apr 10 11:24:03 2019
Total CPU time used by Forcite: 20 seconds (20.23s)

Termination status : Error
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1楼 2019-04-10 11:55:34
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windy0859

金虫 (正式写手)
能量太高了吧，减少步长试试

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2楼2019-04-10 12:06:27
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momentu335

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by windy0859 at 2019-04-10 12:06:27
能量太高了吧，减少步长试试

你好 谢谢您的答复 但我NVT设了500ps都失败了 能量太高是不是还需要继续跑个几何优化
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3楼2019-04-10 15:12:26
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windy0859

金虫 (正式写手)
失败的原因你发的报告上有说明的，你好好看看Constraints那里

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4楼2019-04-10 15:24:02
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windy0859

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by momentu335 at 2019-04-10 15:12:26
你好 谢谢您的答复 但我NVT设了500ps都失败了 能量太高是不是还需要继续跑个几何优化...

如果模型没有问题的话，可以在dynamic里面找到advanced，把能量值设置高一些试试看

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5楼2019-04-10 15:31:55
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momentu335

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by windy0859 at 2019-04-10 15:31:55
如果模型没有问题的话，可以在dynamic里面找到advanced，把能量值设置高一些试试看
...

谢谢麻烦大神了 我都试试吧

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6楼2019-04-10 22:34:52
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lzq_buct

新虫 (小有名气)
你把能量值advanced提高一些就好了

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7楼2019-04-11 08:55:35
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S-Loser

新虫 (正式写手)
实在MS里面跑的吗

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8楼2019-04-11 16:56:47
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momentu335

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lzq_buct at 2019-04-11 08:55:35
你把能量值advanced提高一些就好了

嗯嗯 谢谢 问题已解决
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9楼2019-04-12 15:30:58
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昵称炸了

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by momentu335 at 2019-04-12 15:30:58
嗯嗯 谢谢 问题已解决...

请问楼主怎么解决的，我现在也遇到这样的问题了
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10楼2020-04-03 17:41:51
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