应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MD分子动力学NVT计算任务老是失败,求助大神帮帮忙
111/2返回列表12下一页
查看: 3089  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

momentu335

新虫 (小有名气)

[求助] MD分子动力学NVT计算任务老是失败,求助大神帮帮忙

在做了10000ps的几何优化后，模拟NVT，总是出现这个错误，求大神帮帮忙，谢谢啦！

Forcite
-------
Task             : Dynamics
Version          : 8.0
Build date       : Dec  5 2014
Host             : localhost.localdomain
Threads          : Parallel 39
Operating system : linux
Task started     : Wed Apr 10 11:23:16 2019

---- Dynamics parameters ----

Ensemble                        : NVT
Temperature                     : 343.00 K
  Control method                : Nose
  Q ratio                       : 0.0100000
Timestep                        : 1.00 fs
Number of steps                 : 1200000
Duration                        : 1200 ps
Initial velocities              : Random
Random number seed              : 1554866597

---- Energy parameters ----

Forcefield                      : COMPASSII (Version 1.2)
Charges                         : Forcefield assigned
Electrostatic terms:
  Summation method              : Ewald
  Accuracy                      : 0.001 kcal/mol
  Buffer width                  : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method              : Atom based
  Truncation method             : Cubic spline
  Cutoff distance               : 12.5 A
  Spline width                  : 1 A
  Buffer width                  : 0.5 A


---- Thermostat ----

Nose mass parameter, Q mass: 121.974 kcal/mol*ps^2


---- Constraints ----

Position constraints            : 5855

Dynamics calculation - Deviation in total energy (265293 kcal/mol) between successive
steps was greater than the specified maximum (50000 kcal/mol).
Try relaxing the structure with geometry optimization, reducing the time step,
reducing the temperature or a combination of these.




Task terminated               : Wed Apr 10 11:24:03 2019
Total CPU time used by Forcite: 20 seconds (20.23s)

Termination status : Error
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2019-04-10 11:55:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

windy0859

金虫 (正式写手)
能量太高了吧，减少步长试试

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2019-04-10 12:06:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

momentu335

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by windy0859 at 2019-04-10 12:06:27
能量太高了吧，减少步长试试

你好 谢谢您的答复 但我NVT设了500ps都失败了 能量太高是不是还需要继续跑个几何优化
赞一下 回复此楼
3楼2019-04-10 15:12:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

windy0859

金虫 (正式写手)
失败的原因你发的报告上有说明的，你好好看看Constraints那里

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2019-04-10 15:24:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

windy0859

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by momentu335 at 2019-04-10 15:12:26
你好 谢谢您的答复 但我NVT设了500ps都失败了 能量太高是不是还需要继续跑个几何优化...

如果模型没有问题的话，可以在dynamic里面找到advanced，把能量值设置高一些试试看

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
5楼2019-04-10 15:31:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

momentu335

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by windy0859 at 2019-04-10 15:31:55
如果模型没有问题的话，可以在dynamic里面找到advanced，把能量值设置高一些试试看
...

谢谢麻烦大神了 我都试试吧

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
6楼2019-04-10 22:34:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzq_buct

新虫 (小有名气)
你把能量值advanced提高一些就好了

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2019-04-11 08:55:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

S-Loser

新虫 (正式写手)
实在MS里面跑的吗

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
8楼2019-04-11 16:56:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

momentu335

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lzq_buct at 2019-04-11 08:55:35
你把能量值advanced提高一些就好了

嗯嗯 谢谢 问题已解决
赞一下 回复此楼
9楼2019-04-12 15:30:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

昵称炸了

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by momentu335 at 2019-04-12 15:30:58
嗯嗯 谢谢 问题已解决...

请问楼主怎么解决的，我现在也遇到这样的问题了
赞一下 回复此楼
10楼2020-04-03 17:41:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 momentu335 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿中南大学化学学硕0703总分337求调剂 +3 niko- 2026-03-22 3/150 2026-03-22 15:15 by 杨杨杨紫
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:12 by 朱芷琳
[考研] 寻找调剂 +3 倔强芒? 2026-03-21 3/150 2026-03-22 14:27 by 30660438
[考研] 318求调剂 +4 plum李子 2026-03-21 7/350 2026-03-22 14:17 by ColorlessPI
[考研] 招08考数学 +3 laoshidan 2026-03-20 7/350 2026-03-22 12:54 by 在风落中
[考研] 286求调剂 +10 Faune 2026-03-21 10/500 2026-03-21 23:34 by 314126402
[考研] 工科0856求调剂 +3 沐析汀汀 2026-03-21 3/150 2026-03-21 18:30 by 学员8dgXkO
[考研] 311求调剂 +3 勇敢的小吴 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:40 by ColorlessPI
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +14 chaojifeixia 2026-03-19 15/750 2026-03-21 13:24 by zhukairuo
[考研] 265求调剂 +3 Jack?k?y 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:17 by JourneyLucky
[考研] 271材料工程求调剂 +8 .6lL 2026-03-18 8/400 2026-03-21 00:58 by JourneyLucky
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 一志愿华中农业071010，总分320求调剂 +3 困困困困坤坤 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:38 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿南理工085701环境302求调剂院校 +3 葵梓卫队 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:28 by zhukairuo
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂（0854都可以） +4 xbxudjdn 2026-03-18 4/200 2026-03-20 09:07 by 不168
[考研] 081700化工学硕调剂 +3 【1】 2026-03-16 3/150 2026-03-19 23:40 by edmund7
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] [导师推荐]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭