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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » phono3py计算晶格热导率提取数据phonon lifetime与声子频率的关系数据求助。
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liuyunshenm

木虫 (正式写手)

[求助] phono3py计算晶格热导率提取数据phonon lifetime与声子频率的关系数据求助。 已有2人参与

大神，‘
    您好！
    我用的系统是Ubuntu 18.04; 安装了phono3py 1.16.0版本（最新版本），VASP+phono3py计算热导率的
     系统安装在WMware虚拟机中的。
      我在用phono3py-kdeplot提取数据画图时，总是报错，报错提示如下：
     （另外，Ubuntu 14.04+phono3py 1.12.3,  Ubuntu 16.04+phono3py 1.16.0 也基本是如下报错情况）
     请求大神能帮我从根本上解决问题。最好是能从文件中直接提取数据，我另外画图。


/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/axes/_base.py:3215: MatplotlibDeprecationWarning:
The `xmin` argument was deprecated in Matplotlib 3.0 and will be removed in 3.2. Use `left` instead.
  alternative='`left`', obj_type='argument')
/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/axes/_base.py:3221: MatplotlibDeprecationWarning:
The `xmax` argument was deprecated in Matplotlib 3.0 and will be removed in 3.2. Use `right` instead.
  alternative='`right`', obj_type='argument')
/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/axes/_base.py:3604: MatplotlibDeprecationWarning:
The `ymin` argument was deprecated in Matplotlib 3.0 and will be removed in 3.2. Use `bottom` instead.
  alternative='`bottom`', obj_type='argument')
/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/axes/_base.py:3610: MatplotlibDeprecationWarning:
The `ymax` argument was deprecated in Matplotlib 3.0 and will be removed in 3.2. Use `top` instead.
  alternative='`top`', obj_type='argument')
Traceback (most recent call last):
  File "/home/pkl/anaconda3/bin/phono3py-kdeplot", line 4, in <module>
    __import__('pkg_resources').run_script('phono3py==1.16.0.post1', 'phono3py-kdeplot')
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 666, in run_script
    self.require(requires)[0].run_script(script_name, ns)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 1446, in run_script
    exec(code, namespace, namespace)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/phono3py-1.16.0.post1-py3.6-linux-x86_64.egg-info/scripts/phono3py-kdeplot", line 294, in <module>
    main(get_options())
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/phono3py-1.16.0.post1-py3.6-linux-x86_64.egg-info/scripts/phono3py-kdeplot", line 290, in main
    fig.savefig("lifetime.png"
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/figure.py", line 2094, in savefig
    self.canvas.print_figure(fname, **kwargs)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backend_bases.py", line 2075, in print_figure
    **kwargs)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/backend_agg.py", line 510, in print_png
    FigureCanvasAgg.draw(self)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/backend_agg.py", line 402, in draw
    self.figure.draw(self.renderer)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/artist.py", line 50, in draw_wrapper
    return draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/figure.py", line 1649, in draw
    renderer, self, artists, self.suppressComposite)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/image.py", line 138, in _draw_list_compositing_images
    a.draw(renderer)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/artist.py", line 50, in draw_wrapper
    return draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/axes/_base.py", line 2628, in draw
    mimage._draw_list_compositing_images(renderer, self, artists)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/image.py", line 138, in _draw_list_compositing_images
    a.draw(renderer)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/artist.py", line 50, in draw_wrapper
    return draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/axis.py", line 1187, in draw
    renderer)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/axis.py", line 1125, in _get_tick_bboxes
    extent = tick.label1.get_window_extent(renderer)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/text.py", line 930, in get_window_extent
    bbox, info, descent = self._get_layout(self._renderer)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/text.py", line 313, in _get_layout
    ismath=ismath)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/backend_agg.py", line 209, in get_text_width_height_descent
    s, fontsize, renderer=self)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/texmanager.py", line 464, in get_text_width_height_descent
    dvifile = self.make_dvi(tex, fontsize)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/texmanager.py", line 328, in make_dvi
    texfile], tex)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/texmanager.py", line 298, in _run_checked_subprocess
    stderr=subprocess.STDOUT)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/subprocess.py", line 356, in check_output
    **kwargs).stdout
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/subprocess.py", line 423, in run
    with Popen(*popenargs, **kwargs) as process:
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/subprocess.py", line 729, in __init__
    restore_signals, start_new_session)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/subprocess.py", line 1364, in _execute_child
    raise child_exception_type(errno_num, err_msg, err_filename)
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'latex': 'latex'
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nopainnogian
1楼 2019-04-01 00:31:55
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ftwoo

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
根据最后一句，不知是不是坐标的符号latex不能识别？如果有坐标的话，去掉看可否？

自己导出数据的话，你需要从一系列的h5py文件中提取数据的，需要自己写一个简单的程序，比如python。你可以从一个h5py文件中读取数据开始，可以从Togo的网站看他的例子。然后可以根据他的例子写一个简单的python程序读取所有的 kappa-mxxxxx.hdf5 文件中的所有mode的gamma
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2楼2019-04-01 01:08:15
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ftwoo

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

忘记贴Togo的例子了，地址在这里：

https://atztogo.github.io/phono3py/hdf5_howto.html
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3楼2019-04-01 01:14:17
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liuyunshenm

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ftwoo at 2019-04-01 01:08:15
根据最后一句，不知是不是坐标的符号latex不能识别？如果有坐标的话，去掉看可否？

自己导出数据的话，你需要从一系列的h5py文件中提取数据的，需要自己写一个简单的程序，比如python。你可以从一个h5py文件中读 ...

你好，我在Ubuntu 16.04+phono3py 1.16.0下，安装过latex，除了latex提示没有，其他错误提示依然存在，这个最明显的错误是在matplotlib上，没办法画图。另外，我不会pytho语言，更不会编写读取程序，所以望大神提供数据提取脚本。
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nopainnogian
4楼2019-04-01 14:25:30
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liuyunshenm

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ftwoo at 2019-04-01 01:14:17
忘记贴Togo的例子了，地址在这里：

https://atztogo.github.io/phono3py/hdf5_howto.html

python语言，我看不懂，还望指导
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nopainnogian
5楼2019-04-01 14:26:28
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ftwoo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liuyunshenm at 2019-04-01 14:26:28
python语言，我看不懂，还望指导...

最好是使用python，Togo提供的例子就是python的，按照那个链接里的code基本可以解决。
如果你用其他编程语言，你可以照着那个链接里的程序一步步改成其他的语言。
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6楼2019-04-02 03:49:55
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liuyunshenm

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ftwoo at 2019-04-02 03:49:55
最好是使用python，Togo提供的例子就是python的，按照那个链接里的code基本可以解决。
如果你用其他编程语言，你可以照着那个链接里的程序一步步改成其他的语言。...

我试一试看看
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nopainnogian
7楼2019-04-03 16:04:04
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123dingyc

新虫 (知名作家)
不会安装

发自小木虫IOS客户端
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8楼2019-04-03 22:56:15
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liuyunshenm

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ftwoo at 2019-04-02 03:49:55
最好是使用python，Togo提供的例子就是python的，按照那个链接里的code基本可以解决。
如果你用其他编程语言，你可以照着那个链接里的程序一步步改成其他的语言。...

已经试过多次了，还是提取不出声子寿命的数据。望你能提供其他解决办法
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nopainnogian
9楼2019-04-04 19:17:41
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雷克萨斯哈哈

银虫 (小有名气)
楼主，你能告诉我怎么提取声子寿命吗
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10楼2019-04-20 12:10:41
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