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huanyuezhi

银虫 (小有名气)


[交流] 问一个很基本的问题,分子动力学和统计力学的区别以及径向分布函数所属的学科

最近小弟在看一些关于径向分布函数的内容,对其所属的学科有些疑惑。看网上有些地方说是分子动力学中的(Molecular dynamics),而维基百科和百度百科却说是统计力学中的(Statistical mechanics )。小弟对这个领域不是很了解,想知道分子动力学和统计力学有什么关系?个人理解是统计力学是分子动力学的基础,不知道对不对? 另外,想在文章中介绍径向分布函数的来源,究竟是说来自分子动力学好还是统计力学好呀?谢谢大家了!
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DorothyMao

金虫 (著名写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
huanyuezhi(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+10, 感谢交流 2019-03-27 10:31:26
huanyuezhi: 金币+10, 明白了!感谢大大耐心解答! 2019-03-28 08:06:12
个人的理解是:分子动力学是基于一个构型在时间轴上受力、位移、速度的运算,统计力学是你需要计算一些宏观物理量,比如压力、密度、温度、焓值,自由能等时,从微观的参数向宏观的转化。比如你计算压力,你不应该直接从微观的角度,对一个原子求势能,然后除以原子体积。正确的做法是,求一大堆原子的势能和,然后对一大堆原子的体积求一阶导,得到一帧的压力值,然后重复同样的步骤,对N帧的压力值求平均(一般而言 N>25, 假设你的体系已经平衡),这才是分子动力学模拟中用统计力学求物理值的方法。至于你说的RDF,个人觉得,如果是很多帧的RDF应该是统计力学,如果只是一帧的RDF,应该可以直接说是分子动力学的RDF.

希望以上对你有一些帮助!
8楼2019-03-27 09:33:51
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peng660

新虫 (小有名气)



huanyuezhi(金币+1): 谢谢参与
md跑完的数据需要进行统计分析

发自小木虫Android客户端
4楼2019-03-27 00:30:16
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Nater1ver

木虫 (正式写手)



huanyuezhi(金币+1): 谢谢参与
学而不思则罔,思而不学则殆,百度百科之于学术,既不严谨,也不系统,以百科为纲,不仅得不到任何好处,还有可能被带偏。事实上只要认真学过统计物理,做过MD的人,不可能对这个概念产生模糊,一个是理想的理论模型,一个是基于理论模型的应用,一目了然。如果仅仅做过MD,只是知其然不知其所以然,心里总归没有底,这个数据为什么可以这样得到?反之亦然。所以说不仅要积累理论,更重要的还是要尽早地投入实践,不然无异于盲人摸象,事前一些模糊的概念,只要做一次其实就了然了

发自小木虫Android客户端
9楼2019-03-27 10:51:34
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xhmaohan5楼
2019-03-27 01:09   回复  
huanyuezhi(金币+1): 谢谢参与
发自小木虫Android客户端
nono20097楼
2019-03-27 07:23   回复  
huanyuezhi(金币+1): 谢谢参与
发自小木虫Android客户端
TT CHOW3楼
2019-03-26 21:45   回复  
huanyuezhi(金币+1): 谢谢参与
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