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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 读取力常数矩阵(Hessian)后，怎么读取原子顺序？
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Leo26

金虫 (小有名气)

[求助] 读取力常数矩阵(Hessian)后，怎么读取原子顺序？

从MS的.xsd文件里读出Hessian矩阵H_ij后，需要求F_ij = H_ij / √(m_i * m_j), 然后求本征值。但是题主不知道Hessian矩阵对应的原子质量m_i。

晶体make P1后，xsd中列出的原子的顺序好像和hessian的不对应，题主尝试换了顺序才算出正确的本征频率。求助大神，原子的顺序怎么读取？

p.s. 题主现在用的是python的dom模块来读取xsd。听说MS支持perl脚本，这个是不是更方便？
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1楼 2019-03-25 10:47:54
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Leo26

金虫 (小有名气)
自顶

发自小木虫Android客户端
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2楼2019-03-25 11:29:02
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
ms程序太封闭。我是从dmol3频率输出文件的振动频率、简正模式反推出Hessian
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
3楼2019-03-25 17:33:57
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
算出来的工作目录下有个.Hessian文件我认为会比较方便，顺序我想应该是每个原子x1 y1 z1 x2 y2 z2...这样的顺序，构造成的一个3Nx3N的一个下三角矩阵。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
4楼2019-03-31 02:38:08
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Leo26

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2019-03-31 02:38:08
算出来的工作目录下有个.Hessian文件我认为会比较方便，顺序我想应该是每个原子x1 y1 z1 x2 y2 z2...这样的顺序，构造成的一个3Nx3N的一个下三角矩阵。

谢谢! 用castep算的, 不会自动产生.hessian文件, 不过经过您的提醒导出来了. 以前试过导出.Hessian失败了, 现在看了一下log file原来是因为"Hessian data cannot be exported from a periodic model with symmetry.", 已解决. 不过您这个不是应助贴我发不了金币呀
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5楼2019-03-31 18:06:07
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