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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 追踪IRC 出现Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO
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lxc1109

木虫 (小有名气)

[求助] 追踪IRC 出现Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO已有1人参与

刚接触高斯，打算学下过渡态计算，先找个结构练练，得到过渡态， 用过渡态计算完的log文件 计算追踪IRC，总是有
下面的错误 （Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.）

Leave Link    1 at Thu Feb 21 11:02:36 2019, MaxMem=          0 cpu:       0.0
(Enter /home/jy/g09/l101.exe)
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20502 Len=         100 IPos=           4 Q=         98060672


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    14 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =      596480 FType=2 FMxFil=10000

Number           0        501        502        598        989        991        992        993
Base        180224      43520      72192      76800      44544      65536      65024      43008
End         596480      44520      76297      76802      64544      72098      65033      43208
End1        596480      44544      76800      77312      65024      72192      65536      43520
Wr Pntr     180224      43520      72192      76800      44544      65536      65024      43008
Rd Pntr     180224      43520      72192      76800      44544      72098      65033      43208
Length      416256       1000       4105          2      20000       6562          9        200

Number         994        995        996        997        998        999
Base         40448      42496      41472      41984      40960      77312
End          40478      42516      41672      42058      41160     179816
End1         40960      43008      41984      42496      41472     180224
Wr Pntr      40448      42496      41472      41984      40960      77312
Rd Pntr      40478      42516      41672      42055      41160      79816
Length          30         20        200         74        200     102504


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =     1 SizExt =         0 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base         40448
End          65536
End1         65536
Wr Pntr      40448
Rd Pntr      40448
Length       25088


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base         40448
End          65536
End1         65536
Wr Pntr      40448
Rd Pntr      40448
Length       25088
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.


输入文件
%chk=liu-ir.chk
#p irc=calcfc rpm6 scrf=(iefpcm,solvent=toluene) guess=tcheck
geom=(connectivity,allcheck) genchk

Title Card Required

0 1
Pd                 2.07078200   -0.08542800   -0.27616000
P                  2.26602200   -0.78895600    1.84871700
C                  1.66601800   -2.58153300    1.66550200
C                  4.09427600   -1.03722400    2.28949300
O                  3.55739600   -1.22196700   -0.27590200
C                  3.39874400   -2.27739700   -1.24829700
O                  2.61028800   -1.86676000   -2.28970800
C                  4.81554600   -2.58527200   -1.73827800
C                 -3.60515700    1.53161600   -0.39552100
C                 -2.27892400    1.56717400   -0.92837700
C                 -1.53239600    0.38408600   -0.99689300
C                 -2.13380400   -0.84220300   -0.54521300
C                 -3.41192400   -0.85565700   -0.03966300
C                 -4.16219100    0.34884100    0.04219100
C                 -0.17693500    0.17406900   -1.48744500
C                  0.23800000   -1.11582500   -1.42311100
S                 -0.99882800   -2.14941500   -0.77521900
S                 -4.30705100    3.12898200   -0.42253000
C                 -2.86578700    3.83397400   -1.14732300
C                 -1.90143400    2.91045300   -1.34827600
C                 -4.25308900   -1.98544900    0.48726100
N                 -5.49464100   -1.36720700    0.86690400
C                 -5.50828100    0.05250100    0.62227500
O                 -6.44506800    0.77156300    0.86115500
O                 -4.01774800   -3.16114800    0.60013200
C                 -6.62941300   -2.10730400    1.44681200
H                  4.55397000   -0.09374700    2.59992900
H                  4.19055000   -1.75551500    3.11003200
H                  0.58345900   -2.61880200    1.49587600
H                  4.67140600   -1.42985900    1.43295500
H                  2.15954200   -3.10857200    0.83344800
H                  1.87651500   -3.14565800    2.58162800
H                  2.93020100   -3.13090900   -0.69162300
H                  4.80982300   -3.45090800   -2.40878100
H                  5.49342500   -2.78464000   -0.90452000
H                  5.21395600   -1.73446100   -2.30381400
H                  0.36227100    0.99422600   -1.96148800
H                 -2.84486700    4.88930200   -1.37319900
H                 -0.92879200    3.10317900   -1.78646200
H                 -6.51556400   -2.20570600    2.54082200
H                 -7.57679200   -1.57716500    1.24131600
H                 -6.68985900   -3.12047400    1.01061000
C                  4.55692500    1.36038800    0.25583700
C                  5.26834700    2.51336000    0.60813400
C                  4.59110200    3.62836400    1.11719900
C                  3.19970800    3.60024200    1.26402500
C                  2.47744200    2.45271300    0.91037900
C                  3.17613800    1.34312400    0.43397800
H                  1.39134500    2.43657800    1.00873100
H                  5.06676900    0.48098200   -0.15339100
H                  6.35029800    2.54346300    0.48140900
H                  5.14829500    4.52169800    1.39433600
H                  2.67450200    4.47311700    1.65070800
H                  1.41337200   -1.67646500   -1.96383800

1 2 1.0 5 1.0 48 1.0
2 3 1.0 4 1.0
3 29 1.0 31 1.0 32 1.0
4 27 1.0 28 1.0 30 1.0
5 6 1.0
6 7 1.0 8 1.0 33 1.0
7
8 34 1.0 35 1.0 36 1.0
9 10 1.5 14 2.0 18 1.0
10 11 1.5 20 1.0
11 12 1.5 15 1.0
12 13 2.0 17 1.0
13 14 1.5 21 1.0
14 23 1.0
15 16 2.0 37 1.0
16 17 1.0
17
18 19 1.0
19 20 2.0 38 1.0
20 39 1.0
21 22 1.0 25 2.0
22 23 1.0 26 1.0
23 24 2.0
24
25
26 40 1.0 41 1.0 42 1.0
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43 44 1.5 48 1.5 50 1.0
44 45 1.5 51 1.0
45 46 1.5 52 1.0
46 47 1.5 53 1.0
47 48 1.5 49 1.0
48
49
50
51
52
53
54
  请高手指点下下 想追踪IRC为什么运行不了吗？
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1楼2019-03-23 20:03:50
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lxc1109: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 解释很详细耐心 2019-03-23 22:53:14
错误信息一开始有 FileIO operation on non-existent file. 这个提示
那就是和你的chk文件有关系。
在输入文件的关键词里有  
guess=tcheck
geom=(connectivity,allcheck) genchk  也就是说 这是要高斯从chk文件里读取各种信息。但是如果chk文件里并没包含这个信息。高斯什么都读取不到 自然就会报错。

这个input文件是一个高斯内置的多步任务才会用到的输入文件写法。如果是咱们自己分步计算一般不需要写这么多关键词。

既然这个是irc计算，那一般上一步计算应该是OPT=TS运算之类的。 irc计算的chk文件，应该用上一步生成的那个chk的名字。高斯才会去读取到相应的信息。

而且既然都已经要高斯去读取上一步的结构 电荷 和多重度这些信息 ，那就不需要再写一次了。也就是 这个文件写命令行部分就行了 后面都不用写。

改完以后大概就是

%chk=上一步生成的那个chk文件名字
#p irc=calcfc rpm6 scrf=(iefpcm,solvent=toluene) guess=tcheck
geom=allcheck       这样就可以了 之后什么都不用写了。


或者 不想用上一步生成的chk文件，而且这个后面给出的分子坐标就是TS的坐标  那也可以 那就删除guess=tcheck 和 allcheck 和 genchk 这些相关语句。

也就是命令行部分改成

%chk=liu-ir.chk
#p irc=calcfc rpm6 scrf=(iefpcm,solvent=toluene) geom=connectivity  之后的那一大堆分子坐标和连接信息都不需要动。维持原样。


以上两种改法都可以。 不过一般还是第一种比较常用。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2019-03-23 21:08:00
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查看全部 4 个回答

lkk1213

新虫 (正式写手)
既然刚接触，就先别写那么多无用的关键词，把你看不懂都删了吧

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2019-03-23 20:28:09
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lxc1109

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-23 21:08:00
错误信息一开始有 FileIO operation on non-existent file. 这个提示
那就是和你的chk文件有关系。
在输入文件的关键词里有  
guess=tcheck
geom=(connectivity,allcheck) genchk  也就是说 这是要高斯从chk文件 ...

感谢这么详细的解释  按照您的方法 可以算IRC了
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心中有你，一路前行！微信公众号：CPE-IAM
4楼2019-03-23 22:53:19
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