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lxc1109木虫 (小有名气)
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[求助]
追踪IRC 出现Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO 已有1人参与
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刚接触高斯，打算学下过渡态计算，先找个结构练练，得到过渡态， 用过渡态计算完的log文件 计算追踪IRC，总是有 下面的错误 （Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.） Leave Link 1 at Thu Feb 21 11:02:36 2019, MaxMem= 0 cpu: 0.0 (Enter /home/jy/g09/l101.exe) FileIO operation on non-existent file. FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20502 Len= 100 IPos= 4 Q= 98060672 dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles = 14 SizExt = 524288 WInBlk = 512 defal = T LstWrd = 596480 FType=2 FMxFil=10000 Number 0 501 502 598 989 991 992 993 Base 180224 43520 72192 76800 44544 65536 65024 43008 End 596480 44520 76297 76802 64544 72098 65033 43208 End1 596480 44544 76800 77312 65024 72192 65536 43520 Wr Pntr 180224 43520 72192 76800 44544 65536 65024 43008 Rd Pntr 180224 43520 72192 76800 44544 72098 65033 43208 Length 416256 1000 4105 2 20000 6562 9 200 Number 994 995 996 997 998 999 Base 40448 42496 41472 41984 40960 77312 End 40478 42516 41672 42058 41160 179816 End1 40960 43008 41984 42496 41472 180224 Wr Pntr 40448 42496 41472 41984 40960 77312 Rd Pntr 40478 42516 41672 42055 41160 79816 Length 30 20 200 74 200 102504 dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles = 1 SizExt = 0 WInBlk = 512 defal = F LstWrd = 65536 FType=2 FMxFil=10000 Number 0 Base 40448 End 65536 End1 65536 Wr Pntr 40448 Rd Pntr 40448 Length 25088 dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles = 1 SizExt = 524288 WInBlk = 512 defal = T LstWrd = 65536 FType=2 FMxFil=10000 Number 0 Base 40448 End 65536 End1 65536 Wr Pntr 40448 Rd Pntr 40448 Length 25088 Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO. 输入文件 %chk=liu-ir.chk #p irc=calcfc rpm6 scrf=(iefpcm,solvent=toluene) guess=tcheck geom=(connectivity,allcheck) genchk Title Card Required 0 1 Pd 2.07078200 -0.08542800 -0.27616000 P 2.26602200 -0.78895600 1.84871700 C 1.66601800 -2.58153300 1.66550200 C 4.09427600 -1.03722400 2.28949300 O 3.55739600 -1.22196700 -0.27590200 C 3.39874400 -2.27739700 -1.24829700 O 2.61028800 -1.86676000 -2.28970800 C 4.81554600 -2.58527200 -1.73827800 C -3.60515700 1.53161600 -0.39552100 C -2.27892400 1.56717400 -0.92837700 C -1.53239600 0.38408600 -0.99689300 C -2.13380400 -0.84220300 -0.54521300 C -3.41192400 -0.85565700 -0.03966300 C -4.16219100 0.34884100 0.04219100 C -0.17693500 0.17406900 -1.48744500 C 0.23800000 -1.11582500 -1.42311100 S -0.99882800 -2.14941500 -0.77521900 S -4.30705100 3.12898200 -0.42253000 C -2.86578700 3.83397400 -1.14732300 C -1.90143400 2.91045300 -1.34827600 C -4.25308900 -1.98544900 0.48726100 N -5.49464100 -1.36720700 0.86690400 C -5.50828100 0.05250100 0.62227500 O -6.44506800 0.77156300 0.86115500 O -4.01774800 -3.16114800 0.60013200 C -6.62941300 -2.10730400 1.44681200 H 4.55397000 -0.09374700 2.59992900 H 4.19055000 -1.75551500 3.11003200 H 0.58345900 -2.61880200 1.49587600 H 4.67140600 -1.42985900 1.43295500 H 2.15954200 -3.10857200 0.83344800 H 1.87651500 -3.14565800 2.58162800 H 2.93020100 -3.13090900 -0.69162300 H 4.80982300 -3.45090800 -2.40878100 H 5.49342500 -2.78464000 -0.90452000 H 5.21395600 -1.73446100 -2.30381400 H 0.36227100 0.99422600 -1.96148800 H -2.84486700 4.88930200 -1.37319900 H -0.92879200 3.10317900 -1.78646200 H -6.51556400 -2.20570600 2.54082200 H -7.57679200 -1.57716500 1.24131600 H -6.68985900 -3.12047400 1.01061000 C 4.55692500 1.36038800 0.25583700 C 5.26834700 2.51336000 0.60813400 C 4.59110200 3.62836400 1.11719900 C 3.19970800 3.60024200 1.26402500 C 2.47744200 2.45271300 0.91037900 C 3.17613800 1.34312400 0.43397800 H 1.39134500 2.43657800 1.00873100 H 5.06676900 0.48098200 -0.15339100 H 6.35029800 2.54346300 0.48140900 H 5.14829500 4.52169800 1.39433600 H 2.67450200 4.47311700 1.65070800 H 1.41337200 -1.67646500 -1.96383800 1 2 1.0 5 1.0 48 1.0 2 3 1.0 4 1.0 3 29 1.0 31 1.0 32 1.0 4 27 1.0 28 1.0 30 1.0 5 6 1.0 6 7 1.0 8 1.0 33 1.0 7 8 34 1.0 35 1.0 36 1.0 9 10 1.5 14 2.0 18 1.0 10 11 1.5 20 1.0 11 12 1.5 15 1.0 12 13 2.0 17 1.0 13 14 1.5 21 1.0 14 23 1.0 15 16 2.0 37 1.0 16 17 1.0 17 18 19 1.0 19 20 2.0 38 1.0 20 39 1.0 21 22 1.0 25 2.0 22 23 1.0 26 1.0 23 24 2.0 24 25 26 40 1.0 41 1.0 42 1.0 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 1.5 48 1.5 50 1.0 44 45 1.5 51 1.0 45 46 1.5 52 1.0 46 47 1.5 53 1.0 47 48 1.5 49 1.0 48 49 50 51 52 53 54 请高手指点下下 想追踪IRC为什么运行不了吗？ |
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paramecium86
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【答案】应助回帖
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lxc1109: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 解释很详细耐心 2019-03-23 22:53:14
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lxc1109: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 解释很详细耐心 2019-03-23 22:53:14
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错误信息一开始有 FileIO operation on non-existent file. 这个提示 那就是和你的chk文件有关系。 在输入文件的关键词里有 guess=tcheck geom=(connectivity,allcheck) genchk 也就是说 这是要高斯从chk文件里读取各种信息。但是如果chk文件里并没包含这个信息。高斯什么都读取不到 自然就会报错。 这个input文件是一个高斯内置的多步任务才会用到的输入文件写法。如果是咱们自己分步计算一般不需要写这么多关键词。 既然这个是irc计算，那一般上一步计算应该是OPT=TS运算之类的。 irc计算的chk文件，应该用上一步生成的那个chk的名字。高斯才会去读取到相应的信息。 而且既然都已经要高斯去读取上一步的结构 电荷 和多重度这些信息 ，那就不需要再写一次了。也就是 这个文件写命令行部分就行了 后面都不用写。 改完以后大概就是 %chk=上一步生成的那个chk文件名字 #p irc=calcfc rpm6 scrf=(iefpcm,solvent=toluene) guess=tcheck geom=allcheck 这样就可以了 之后什么都不用写了。 或者 不想用上一步生成的chk文件，而且这个后面给出的分子坐标就是TS的坐标 那也可以 那就删除guess=tcheck 和 allcheck 和 genchk 这些相关语句。 也就是命令行部分改成 %chk=liu-ir.chk #p irc=calcfc rpm6 scrf=(iefpcm,solvent=toluene) geom=connectivity 之后的那一大堆分子坐标和连接信息都不需要动。维持原样。 以上两种改法都可以。 不过一般还是第一种比较常用。 |
3楼2019-03-23 21:08:00
lkk1213
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- 专业: 金属有机化学
2楼2019-03-23 20:28:09
lxc1109
木虫 (小有名气)
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- 专业: 有机合成
4楼2019-03-23 22:53:19
5