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15645016370

银虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
10楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-24 15:04:59
在第一步第二步都顺利完成的情况下那这样就会得到一系列反应物产物中间体和过渡态的能量。
一般而言 举个例子 比如一个反应A和B 反应经过过渡态生成 C和 D  
A+B----》TS---》C + D
假如已经优化所有A B TS C D ...

非常感谢您的讲解我现在的工作正在优化TS的结构。接下来的工作如再遇到困难，还望版主能慷慨相助，多加指导。

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11楼2019-03-25 00:51:10
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15645016370

银虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-24 15:04:59
在第一步第二步都顺利完成的情况下那这样就会得到一系列反应物产物中间体和过渡态的能量。
一般而言 举个例子 比如一个反应A和B 反应经过过渡态生成 C和 D  
A+B----》TS---》C + D
假如已经优化所有A B TS C D ...

您好，下面这两个图是我对反应物果糖分别进行了优化和单点能的计算。可以讲解下它的△G是怎么计算的？怎么进行零点能矫正？
求高人指点DFT模拟反应机理
IMG_4387.JPG


求高人指点DFT模拟反应机理-1
IMG_4388.JPG
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12楼2019-03-28 19:30:41
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
15645016370: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2019-03-29 08:20:58
引用回帖:
12楼: Originally posted by 15645016370 at 2019-03-28 06:30:41
您好，下面这两个图是我对反应物果糖分别进行了优化和单点能的计算。可以讲解下它的△G是怎么计算的？怎么进行零点能矫正？

IMG_4387.JPG

IMG_4388.JPG
...

如图所示的地方就是 零点能 和 这个分子的吉布斯自由能。不同物质间的零点能 或者吉布斯能相减 就是 △E 和 △G
求高人指点DFT模拟反应机理-2
1.jpg
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15645016370
13楼2019-03-28 23:48:02
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15645016370

银虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
13楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-28 23:48:02
如图所示的地方就是 零点能 和 这个分子的吉布斯自由能。不同物质间的零点能 或者吉布斯能相减 就是 △E 和 △G

1.jpg
...

1、你好那么单点能是用来做什么的呢？
2、我用过渡态的G-反应物G的和，这个△G就是反应能垒的△G了吧？
3、现在的G的单位是Hartree，按照文献上所说，单位应该换算成Kcal/mol。我初步算了下，我的△G是2.5Hartree，如果换算成Kcal/mol，那我的能垒岂不是好大好大？
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14楼2019-03-29 08:25:55
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
14楼: Originally posted by 15645016370 at 2019-03-28 19:25:55
1、你好那么单点能是用来做什么的呢？
2、我用过渡态的G-反应物G的和，这个△G就是反应能垒的△G了吧？
3、现在的G的单位是Hartree，按照文献上所说，单位应该换算成Kcal/mol。我初步算了下，我的△G是2.5Hartre ...

1.所谓单点能 就是计算分子的电子能量。需要通过进一步的计算才可以得到各种热力学量。但是这个单点能是最基础的。所有热力学量都是以这个能量作为基础的。
2. 对的
3. 这个能垒是太大了。反应物和过渡态 原子数目守恒么？ 这样算的时候需要过渡态分子和所有反应物之和的原子数目之和，原子的种类是一样的。比如在反应进行中 从反应物到达过渡态之间 生成过什么其他副产物，并脱离了反应体系的话 也要把这些副产物的能量也算出来。比如如果脱掉了H2 什么的 就得把H2的G也算出来 然后加到过渡态的能量里 再和反应物相减。一般这能垒有几十Kcal/mol 就很难反应了。有hartree数量级的区别 一般是原子数目不守恒了。
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15楼2019-03-29 11:31:23
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15645016370

银虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-29 11:31:23
1.所谓单点能 就是计算分子的电子能量。需要通过进一步的计算才可以得到各种热力学量。但是这个单点能是最基础的。所有热力学量都是以这个能量作为基础的。
2. 对的
3. 这个能垒是太大了。反应物和过渡态 原子数 ...

我的反应就是用离子液体对果糖进行三步脱水反应生成5-羟甲基糠醛。现在第一步脱水反应的过渡态，就是把果糖和离子液体连接起来吧？还没涉及水的生成，对么？

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16楼2019-03-29 12:02:20
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paramecium86

版主 (著名写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 15645016370 at 2019-03-28 23:02:20
我的反应就是用离子液体对果糖进行三步脱水反应生成5-羟甲基糠醛。现在第一步脱水反应的过渡态，就是把果糖和离子液体连接起来吧？还没涉及水的生成，对么？
...

从描述来看 过程是这样。不过还是得看到具体TS ，反应物的计算文件 才好做判断
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17楼2019-03-29 13:06:25
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15645016370

银虫 (正式写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-29 13:06:25
从描述来看 过程是这样。不过还是得看到具体TS ，反应物的计算文件 才好做判断...

是输出文件.log吗？
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18楼2019-03-29 14:23:11
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paramecium86

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引用回帖:
18楼: Originally posted by 15645016370 at 2019-03-29 01:23:11
是输出文件.log吗？...

嗯 是的
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19楼2019-03-29 14:24:02
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15645016370

银虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-29 14:24:02
嗯 是的...

需要看哪？还是上图我发的那样吗？我回去给您找下，您帮我分析分析呗！
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20楼2019-03-29 14:48:43
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