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longchang

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用VASP寻找过渡态

刚用VASP寻找过渡态，只用一个image试算了一下,结果好像没问题，但该image下的POSCAR文件是从MS计算过渡态过程中找出的，问题是若添加几个image，在不知可能的过渡态结构下，各个image下的POSCAR是如何写？另外，我用的工作站有八个核，应该最多添加8个image，一般找过渡态需要几个image就足够了？VASP手册说可以先添加一个image，计算完后逐渐添加，运算速度比较快，但判断已经找到过渡态的标准是什么？
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1楼 2009-05-14 09:09:44
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cbFeng200881

金虫 (著名写手)
cNEB? you should read the introduction.
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2楼2009-05-14 09:24:10
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xh512

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
longchang(金币+3,VIP+0):谢谢啊，但能不能稍微具体点，刚入手，经验不多 5-14 15:32
wuchenwf(金币+3,VIP+0):谢谢 5-14 23:01
各个image下的POSCAR是如何写？
这个一般是拿初始和最终结构 即你的00  和NN里的POSCAR作线性插值即可， 但要注意不要让插值出来的POSCAR中的原子有重叠。
你可以google  NEB一下就知道了，有专门的脚本可以来完成的
判断TS标准是：
画出MEP曲线就知道了。。
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3楼2009-05-14 10:32:08
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longchang

金虫 (小有名气)
楼上的能不能说清楚一些，我之前在网上查过，但没查找你所说的。“00  和NN里的POSCAR作线性插值”，具体怎么实现？“专门的脚本”是用来在00  和NN里的POSCAR作线性插值的？我好像没搜到过？
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4楼2009-05-14 15:35:33
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):谢谢帮助！ 5-14 22:01
引用回帖:
Originally posted by longchang at 2009-5-14 15:35:
楼上的能不能说清楚一些，我之前在网上查过，但没查找你所说的。“00  和NN里的POSCAR作线性插值”，具体怎么实现？“专门的脚本”是用来在00  和NN里的POSCAR作线性插值的？我好像没搜到过？

theory.cm.utexas.edu/vtsttools/
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5楼2009-05-14 16:55:43
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stractor

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
longchang(金币+3,VIP+0):谢谢啦 5-14 20:41
spur(金币+2,VIP+0):很好！谢谢帮助！ 5-14 22:02
引用回帖:
Originally posted by longchang at 2009-5-14 09:09:
刚用VASP寻找过渡态，只用一个image试算了一下,结果好像没问题，但该image下的POSCAR文件是从MS计算过渡态过程中找出的，问题是若添加几个image，在不知可能的过渡态结构下，各个image下的POSCAR是如何写？另外， ...

中间的image需要通过线性内插得到，你可以自己写个程序，产生POSCAR。VASP手册说了，image的个数应能被所使用的CPU的个数整除。例如你用4个image计算，则CPU的数量可以使4个、8个、12个，2个。用多少个image计算与所研究的对象有关，一般4-10个就可以了。过渡态只有一个虚频，你可以用能量最大的image结构计算Gamma点的频率判断，或者对各个imgge的能量取出来，进行拟合。详细的方案看Henkelman的文献。
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6楼2009-05-14 19:50:01
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longchang

金虫 (小有名气)
我看过了，谢谢，但又有一个问题：网页上须下载一个脚本文件包，
“Download the scripts: vtstscripts.tar.gz
Install by uncompressing this file, and adding the vtstscripts directory to your path.”
“your path"具体指的是什么？由于VASP不是我安装的，所以不清楚这里具体指那个路径？我将该文件包解压到vasp.4.6中，运行脚本提示：”bash: nebmake.pl: command not found“，急待朋友们的解答！谢谢！
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7楼2009-05-14 21:22:22
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huangyc

木虫 (正式写手)
★
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢 5-14 23:01
随便装到哪个文件夹下都行。解压后把它变成可执行权限就可以了
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8楼2009-05-14 22:19:37
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longchang

金虫 (小有名气)
楼上能否说明白点，怎样把它编程可执行文件？chmod +x *****?还是不行啊！
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9楼2009-05-15 08:54:30
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cuihang

铁杆木虫 (正式写手)

VASPer
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢，欢迎常来 5-15 00:00
你是怎么执行的？
实在不行拷到Bin下面吧
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聪明人知道自己是傻子，傻子以为自己是聪明人
10楼2009-05-15 10:09:17
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