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牛很牛

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by Nater1ver at 2019-03-21 00:49:49
你用的什么单位，timestep设成1.0，而且你的fix nvp的tdamp又是100.0，那频率怕不是1/100年

单位是real，然后你说的那个频率问题，之前也是这样，跑水分子核化也没出现温度降到设置温度以下

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11楼2019-03-21 08:49:04
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牛很牛

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by Nater1ver at 2019-03-21 00:49:49
你用的什么单位，timestep设成1.0，而且你的fix nvp的tdamp又是100.0，那频率怕不是1/100年

单位是real，之前跑的时候也是这样，语句没有变过，这是第一次出现温度低于设置温度并且一直逼近与0K。
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12楼2019-03-21 08:55:14
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fix  rec all recenter INIT INIT INIT
这一行是做什么的？如果拿掉会怎么样
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13楼2019-03-21 09:26:46
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牛很牛

新虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by jluchemlib at 2019-03-21 09:26:46
fix  rec all recenter INIT INIT INIT
这一行是做什么的？如果拿掉会怎么样

这个就是让计算时不断修正质心的位置，已达到让他待在核子中心的目的。试过拿掉，没有区别。
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14楼2019-03-21 09:45:11
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Nater1ver

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by 牛很牛 at 2019-03-21 01:46:26
这不就是我的程序
...

1)有没有先跑过npt，让体系达到平衡
2)尝试把nvt的Tdamp调低，比如10.0甚至1.0

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15楼2019-03-21 10:22:46
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牛很牛

新虫 (小有名气)
Tdamp是啥，我都没见过，难道不是temp？

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16楼2019-03-21 10:38:39
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牛很牛

新虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by Nater1ver at 2019-03-21 10:22:46
1)有没有先跑过npt，让体系达到平衡
2)尝试把nvt的Tdamp调低，比如10.0甚至1.0
...

而且这个过程就是初始化的一个过程，后面还要降温的

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17楼2019-03-21 10:56:46
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Nater1ver

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
仔细阅读手册 fix nvt command
fix nvt/cuda command
fix npt command
fix npt/cuda command
fix nph command
Syntax:
fix ID group-ID style_name keyword value ...
? ID, group-ID are documented in fix command
style_name = nvt or npt or nph
one or more keyword value pairs may be appended
keyword = temp or iso or aniso or tri or x or y or z or xy or yz or xz or couple or tchain or
temp values = Tstart Tstop Tdamp
Tstart,Tstop = external temperature at start/end of run
Tdamp = temperature damping parameter (time units)

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18楼2019-03-21 11:34:12
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牛很牛

新虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by Nater1ver at 2019-03-21 11:34:12
仔细阅读手册 fix nvt command
fix nvt/cuda command
fix npt command
fix npt/cuda command
fix nph command
Syntax:
fix ID group-ID style_name keyword value ...
? ID, group-ID are documented in fix ...

嗯嗯，我下午就拿时间来好好看看
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19楼2019-03-21 11:58:52
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chuntao118

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
单位都没有，啥意思？设置这些东西首先要搞清楚量纲。否则，只有天知道！所以，我不建议初学者上来就调软件！真心讲对你没有任何帮助最终害了你！

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20楼2019-03-21 22:44:52
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