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luckied

金虫 (正式写手)

[交流] 请教各位vmd转的data文件lammps运行后,出现shake clusters are connected已有2人参与

请教各位vmd转的data文件lammps运行后,出现shake clusters are connected,这是什么原因?请教各位!

我构建的是水和si,vmd导出的data文件,谢谢大家

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S-Loser

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主通过ms转data文件lammps运行吗

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2楼2019-03-10 10:15:20
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S-Loser

新虫 (正式写手)

3楼2019-03-10 10:15:30
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Nater1ver

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
1.没图;2.Si是什么状态?颗粒?3.vmd如果弄不好可以用packmol,配合ms和msi2lmp应该可以,反正我用vmd也弄不出来

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4楼2019-03-10 15:14:38
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luckied

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by S-Loser at 2019-03-10 10:15:20
楼主通过ms转data文件lammps运行吗

您好,ms直接转data吗?这个怎么操作,您可以给个具体操作吗?谢谢

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5楼2019-03-10 17:13:23
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S-Loser

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
可以啊,Ms可以转data

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6楼2019-03-10 17:45:23
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luckied

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Nater1ver at 2019-03-10 15:14:38
1.没图;2.Si是什么状态?颗粒?3.vmd如果弄不好可以用packmol,配合ms和msi2lmp应该可以,反正我用vmd也弄不出来

您好,我是用ms建的一个si的基底。然后您说的packmol是软件吗?还是?

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7楼2019-03-10 20:44:11
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Nater1ver

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by luckied at 2019-03-10 13:44:11
您好,我是用ms建的一个si的基底。然后您说的packmol是软件吗?还是?
...

ms能建好的话,packmol都省了,直接msi2lmp就搞定了

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8楼2019-03-10 23:15:07
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S-Loser

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by Nater1ver at 2019-03-10 23:15:07
ms能建好的话,packmol都省了,直接msi2lmp就搞定了
...

是不是MS里面优化好的模型才可以导入到lammps里面?

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9楼2019-03-11 14:26:39
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Nater1ver

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by S-Loser at 2019-03-11 07:26:39
是不是MS里面优化好的模型才可以导入到lammps里面?
...

根据我的经验,如果有键信息的话,反而是没优化过的完全规则晶格更好,不容易丢失原子,如果转换文件出错可能仅仅是操作问题
10楼2019-03-11 18:57:05
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