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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 荧光定量PCR数据分析
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jiangyue8558

铜虫 (小有名气)

[交流] 荧光定量PCR数据分析

我的实验设计是二个品种的猪种：品种A和品种B。共有5个营养水平：1,2,3,4,5.每个营养水平有4头猪。其中品种A有营养水平1,2和3；B有营养水平2，3,4和5.分别做了7个基因在7个组织中的荧光定量表达。每个都做了三个重复。在数据计算时，目的基因减去看家基因得出的值有的为正的，有的为负的。如果用2-△△Ct法计算，我不知道该把哪个作为对照组（是把某个猪种的某个营养水平做为对照，也即是把这一营养水平的所有组织都分别作为对照）；还是选某一个营养水平的某一个组织作为对照，其它的所有营养水平和组织都跟它相比较呢？我本来准备用△CT作柱状图的，可是因为有的是负值，所以不知道哪个数值可以做为表达值。我看文献大部分都只是一个实验组和一个对照组，分析时很直接，直接用实验组减去对照组就行了。
大家帮分析分析。
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1楼 2009-05-11 19:16:06
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jiangyue8558

铜虫 (小有名气)
希望大家多给点议哈，做过的就更好了
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6楼2009-05-11 20:34:03
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★
jiangyue8558(金币+1,VIP+0): 5-11 21:37
算法归算法，始终得看你的实验目的
你的实验目的到底是想拿什么跟什么比较呢？
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2楼2009-05-11 19:30:14
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jiangyue8558

铜虫 (小有名气)
1.可以得出不同基因在不同组织的表达量差异
2.不同猪种中基因表达差异
3.不同营养水平基因表达差异
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3楼2009-05-11 19:36:46
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★ ★
jiangyue8558(金币+2,VIP+0):谢谢 5-11 20:00
1、那就很简单了，这里的唯一变量就是组织，其他的（品种、营养）都必需一致
然后，随便你挑一个处理组当对照（也就是设为1、100，whatever you like）
2、知道1就知道2怎么弄了
3、同上
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4楼2009-05-11 19:39:36
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