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汕头大学海洋科学接受调剂
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2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] lammps中某个区域压强的求解

各位朋友,还是前面提到过的一个问题。我建立了一个立方体,中心挖去原子形成一个球孔,在球孔中填入了另一种原子A,想求解球孔区域A原子所形成的压强是多大,目前知道应该局部压强采用compute stress/atom 来计算(单位是能量——压强.体积),但是这样就需要求解球孔区域A原子所形成的体积有多大,计算体积目前是采用的compute  voronoi/atom 指令。但是在计算过程中总是觉得体积算的不对,相关的具体化指令如下,请知道的朋友帮忙指点指点,应该怎么计算才能正确得到。先谢谢啦。
compute   stress  voidA  stress/atom He_bubble
compute         stress1  voidA  reduce sum c_stress[1]
compute         stress2  voidA  reduce sum c_stress[2]
compute         stress3  voidA  reduce sum c_stress[3]
compute   volum   voidA  voronoi/atom only_group
variable  p equal -(${c_stress1}+${c_stress2}+${c_stress3})/(3.0*c_volum)
体积计算部分是不是有问题呢?希望知道的朋友能够详细说说,先谢谢啦
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Nater1ver

木虫 (正式写手)

印象中compute  voronoi/atom是唯一计算体系部分原子体积的方法,这个算法有些思路清奇,严格上说可能不太准确,可我用过一次,觉得精度还行。但在用之前你总要知道这个命令输出了什么东西吧。刚才简单看了一下手册,我有些记不清了,只能大致说一下当时是怎么做的。1)voronoi体积不是真正的体积,所以你是不是要V(总体积)*voronoi(A原子)/voronoi(所有原子)来得到A原子的体积? 2)我记得这个命令输出的不是单个的数,而是数组,好像还是二维数组,所以你是不是应该输出到一个文本看看它的输出格式,把其中一个数组所有的结果加起来,甚至为了结果准确,还要做一个系综平均
9楼2019-03-12 14:36:24
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普通回帖

2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)

2楼2019-01-24 14:00:32
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2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)

3楼2019-01-24 18:47:04
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2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)

各位朋友体积计算哪儿 算出来的量值太大是怎么回事呢

发自小木虫Android客户端
4楼2019-01-26 11:22:38
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ruibingqilin

铁虫 (小有名气)

你好,我刚接触lammps,按照例子在熟悉操作。从NIST官网上复制了势函数到text文件里,命名为Al99.eam.alloy,放在计算的文件夹里了,但运行后还是出现Cannot open EAM potential file Al99.eam.alloy 这个错误。请问应该怎么解决? 谢谢!
5楼2019-02-12 11:49:08
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吾艾高

新虫 (小有名气)

解决了吗?我觉得没什么问题呀?

发自小木虫Android客户端
6楼2019-03-11 23:54:13
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2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)

你好,请问你做过类似的算例吗,能具体说说吗?

发自小木虫Android客户端
7楼2019-03-12 13:51:26
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Nater1ver

木虫 (正式写手)

好不容易写完,被APP吞了,把程序员杀了祭天吧
8楼2019-03-12 14:35:55
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2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by Nater1ver at 2019-03-12 14:36:24
印象中compute  voronoi/atom是唯一计算体系部分原子体积的方法,这个算法有些思路清奇,严格上说可能不太准确,可我用过一次,觉得精度还行。但在用之前你总要知道这个命令输出了什么东西吧。刚才简单看了一下手册 ...

谢谢朋友 基本明白你的意思了。voronoi(A原子)算出来的体积还不是真正意义上的体积哈。

发自小木虫Android客户端
10楼2019-03-12 23:33:06
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