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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 硫酸盐还原菌种群测定
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R.K.O.

新虫 (小有名气)

[求助] 硫酸盐还原菌种群测定 已有1人参与

本人对微生物不是很了解，有个问题想请教各位大神帮帮忙。
        本人实验将污水厂剩余污泥接种至硫酸盐还原菌专属培养液中进行培养，用丙酸钠作为碳源。培养液配方为：无水硫酸钠0.5g/L、氯化铵1.0g/L、氯化钙0.1g/L、磷酸氢二钾0.5g/L、七水合硫酸镁2.0g/L、丙酸钠3.5g/L、酵母浸膏1.0g/L、硫酸亚铁铵0.5g/L、抗坏血酸0.5g/L，调pH至7.0，厌氧30～37℃静置培养。目前硫酸盐还原效率感觉可以了，想测定其中微生物的种群分布.因为没有灭菌处理，我觉得其中除了硫酸盐还原菌，应该还会有其他一些微生物,所以想用细菌的16s rRNA通用引物测种群分布，我查了一些文献，都是用乙酸钠，乳酸钠，蔗糖等作为碳源，检测区间使用V1-V3，V4，V4-V5，全区间的都有，我找文献好慢不知道使用丙酸钠作为碳源，检测哪个区间会更好，或者有没有其他更好的办法。请教懂得大神啊，救救我这种小白吧！感激不尽
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1楼 2019-01-07 17:57:03
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ucmiao

铜虫 (小有名气)
选分区和碳源没关系，你可以选最近发表文章常用的分区就行，每次保持一致的分区就可以了。

发自小木虫Android客户端
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2楼2019-01-08 06:56:02
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爱睡猪

金虫 (正式写手)
你只要测菌群分布的话跟用的什么碳源都没有关系，检测的技术都是一样的，基本上应该是先用16S做菌群种类丰度鉴定，当然最好是宏基因组同步检测硫代谢相关基因，后面进一步采用硫酸盐平板分离培养，套路性的工作
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ControlMyself
6楼2019-04-26 12:26:23
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普通回帖

米奇看书

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
小冀-: 金币-5, 马甲存档, 马甲 2019-01-09 09:01:18
引用回帖:
2楼: Originally posted by ucmiao at 2019-01-08 06:56:02
选分区和碳源没关系，你可以选最近发表文章常用的分区就行，每次保持一致的分区就可以了。

您好，这是我的另外一个账号，发帖那个账号金币太少了没有办法回复。。
我还想请教一下您，如果我只用细菌的通用引物测，硫酸盐还原菌的种群能测的比较全吗？有没有必要再测硫酸盐还原菌的功能基因呢？
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3楼2019-01-08 22:40:25
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remax520

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
R.K.O.: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2019-02-12 14:10:13
小冀-: 金币+5, 鼓励回帖，有帮助 2019-02-12 22:33:48
小冀-: 应助指数+1 2019-02-12 22:33:56
引用回帖:
3楼: Originally posted by 米奇看书 at 2019-01-08 22:40:25
您好，这是我的另外一个账号，发帖那个账号金币太少了没有办法回复。。
我还想请教一下您，如果我只用细菌的通用引物测，硫酸盐还原菌的种群能测的比较全吗？有没有必要再测硫酸盐还原菌的功能基因呢？...

要看你自己的实验目的，如果是仅仅想看其中的微生物种类，那就用通用引物扩增看看种类。如果是已经富集过的，富集的都是硫酸还原菌，用通用引物测定没有问题的。如果使用功能基因测的话，有可能因为注释的问题，导致物种种类不准确，因为功能基因毕竟不是用于物种分类的生物标记。
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4楼2019-02-02 15:28:48
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R.K.O.

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by remax520 at 2019-02-02 15:28:48
要看你自己的实验目的，如果是仅仅想看其中的微生物种类，那就用通用引物扩增看看种类。如果是已经富集过的，富集的都是硫酸还原菌，用通用引物测定没有问题的。如果使用功能基因测的话，有可能因为注释的问题，导 ...

才注意到，谢谢你！

发自小木虫Android客户端
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5楼2019-02-12 14:10:37
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嗯？蒽

铜虫 (小有名气)
emuch: 屏蔽内容, 违规存档, 违规发布联系方式 2019-06-24 11:38:46
本帖内容被屏蔽
7楼2019-06-24 09:53:51
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春夏没有冬

新虫 (小有名气)
请问可以求借点菌群吗

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8楼2019-07-17 11:14:14
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jjyh2464

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ucmiao at 2019-01-08 06:56:02
选分区和碳源没关系，你可以选最近发表文章常用的分区就行，每次保持一致的分区就可以了。

我也是环境工程，目前我也做硫酸盐还原菌方面的实验，可以加个微信或qq也行，拜托了，谢谢
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9楼2021-04-18 19:20:33
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jjyh2464

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by remax520 at 2019-02-02 15:28:48
要看你自己的实验目的，如果是仅仅想看其中的微生物种类，那就用通用引物扩增看看种类。如果是已经富集过的，富集的都是硫酸还原菌，用通用引物测定没有问题的。如果使用功能基因测的话，有可能因为注释的问题，导 ...

可以加个微信嘛，我最近也在做这个菌种的相关实验，谢谢
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10楼2021-04-18 19:22:10
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