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allenlee527

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by Tab呱呱 at 2018-12-17 21:05:27
不是很明白，你的晶体利用对称码完善的就是稠环部分，我把无序部分做了拆分，能够拆分出两套芳环

我拆分了之后grow的结构与LZ给的不相符，而且GOOF值很高，如附件的数据，不知道哪里出问题了，还在学习阶段，望指教
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    • 2018-12-17 22:10:14, 993.49 K
11楼2018-12-17 22:10:56
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tianyicheng

至尊木虫 (知名作家)
这个需要啥软件啊

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12楼2018-12-18 06:19:05
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DJ_Tokyo

新虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
冷月残心1: 金币+40, ★★★很有帮助 2018-12-18 09:38:31
冷月残心1: 金币+40, ★★★★★最佳答案 2018-12-18 10:46:24
见附件。
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    • 2018-12-18 07:25:23, 415.27 K
13楼2018-12-18 07:25:29
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Tab呱呱

木虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by allenlee527 at 2018-12-17 22:10:56
我拆分了之后grow的结构与LZ给的不相符，而且GOOF值很高，如附件的数据，不知道哪里出问题了，还在学习阶段，望指教...

GROW出来的没什么问题，主要是拆分以后部分原子偏离了原先位置，这样就造成了稠环的变形。如果想要完整的得到LZ的结构，不妨用sgen指令生长出完整的稠环，再进行固定。问题应该可以解决。
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14楼2018-12-18 08:06:49
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Tab呱呱

木虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by allenlee527 at 2018-12-17 22:10:56
我拆分了之后grow的结构与LZ给的不相符，而且GOOF值很高，如附件的数据，不知道哪里出问题了，还在学习阶段，望指教...

GROW出来的没什么问题，主要是拆分以后部分原子偏离了原先位置，这样就造成了稠环的变形。如果想要完整的得到LZ的结构，不妨用sgen指令生长出完整的稠环，再进行固定。问题应该可以解决。
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15楼2018-12-18 08:07:08
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Tab呱呱

木虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by allenlee527 at 2018-12-17 22:10:56
我拆分了之后grow的结构与LZ给的不相符，而且GOOF值很高，如附件的数据，不知道哪里出问题了，还在学习阶段，望指教...

我看了一下，之前没考虑清楚，这种情况原因是，实际上配体处在两个不同的对称位置上，如果你将原子envi就能看到其连接方式了，这种情况下，只需要先将你需要的对称方式生成，再使用part -1指令对全体应该就没问题了
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16楼2018-12-18 09:27:43
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冷月残心1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by DJ_Tokyo at 2018-12-18 07:25:29
见附件。

谢谢大神，弱弱的问一下，能不能拿到和分子结构式一样的结构？
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翱翔在天空的雄鹰是不会在乎被表扬的小鸡的
17楼2018-12-18 09:36:54
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DJ_Tokyo

新虫 (知名作家)
引用回帖:
17楼: Originally posted by 冷月残心1 at 2018-12-18 09:36:54
谢谢大神，弱弱的问一下，能不能拿到和分子结构式一样的结构？...

这不就是和你画的分子式一样么
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18楼2018-12-18 09:55:29
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冷月残心1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by DJ_Tokyo at 2018-12-18 09:55:29
这不就是和你画的分子式一样么...

我用mercury 程序打开看到好多环连在一块

发自小木虫Android客户端
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翱翔在天空的雄鹰是不会在乎被表扬的小鸡的
19楼2018-12-18 10:14:57
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Tab呱呱

木虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by 冷月残心1 at 2018-12-18 10:14:57
我用mercury 程序打开看到好多环连在一块
...

检查一下，ins文件里是否有对整体的part-1指令，如果有，解析的就没问题，你用xp打开，再grow，看不到重叠就行。mercury不能判断。
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20楼2018-12-18 10:43:27
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