| 查看: 1435 | 回复: 1 | ||
[求助]
structure，clumpp，distrure的使用过程中的问题请教已有1人参与
|
请教structure分析牛人，能否教我一下structure后续的制图过程，我用clumpp总是说我输入的文件格式不对，具体应该怎么样的格式？请热心牛人帮帮忙，着急！ |
回复此楼» 猜你喜欢
为什么蛋白质氨基酸测定大家都测17种?
已经有5人回复
-
《灰分记：我与坩埚的“灰烬”之恋》
已经有3人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有183人回复
-
求助 食品检验工（基础知识），中国劳动社会出版社 电子版
已经有5人回复
-
胶体几丁质的结晶度？
已经有0人回复
-
诚挚招收全日制博士！！！中国农业科学院麻类研究所谭志坚研究员课题组招收博士
已经有2人回复
-
三甲基羟乙基丙二胺的合成路线
已经有5人回复
18794008527
新虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2.5
- 红花: 1
- 帖子: 10
- 在线: 9.6小时
- 虫号: 6193663
- 注册: 2017-03-30
- 性别: GG
- 专业: 生理生态学
【答案】应助回帖
|
CLUMPP使用方法： （1） 创建输入文件：找到example里面的两个文件arbid.popfile和chicken.indfile。这两个文件是输入文件，pop是种群文件，ind是个体文件。每个K值下都要做两个和这两个文件格式一致的输入文件。structure输出的结果中，把Inferred ancestry of individuals后面的内容放在ind文件；Proportion of membership of each pre-defined population in each of the 2 clusters后的内容放在pop文件。注意K的每一次运算结果之间的空行 (我们通常每个K运算10次)。另外，个体名称那一列（第二列）不允许出现如BL、ML等字母，可以全部换成数字。以上过程最好用textpad，可结合excel进行。 （2） 修改paramfile文件，包括以下几项： DATATYPE: 选1时候，运行种群；0 运行个体 输入文件的名字：ind/pop 输出文件的名字：可直接用后缀.indivq/.popq,以便Distruct分析。 k：值 C：种群和个体数 R：每个k重复的次数 m：算法(算得快时可选1, 慢时选2) （3） 必须将运算涉及的所有文件放到一个文件夹下，包括clumpp.exe （4） 每个K值下分别运算种群和个体，得到两个输出文件。 但是我不会操作 |
2楼2018-12-28 11:07:33