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sinodina

木虫 (小有名气)

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[求助] structure，clumpp，distrure的使用过程中的问题请教已有1人参与

请教structure分析牛人，能否教我一下structure后续的制图过程，我用clumpp总是说我输入的文件格式不对，具体应该怎么样的格式？请热心牛人帮帮忙，着急！

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1楼 2018-12-06 10:24:49

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新虫 (初入文坛)

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【答案】应助回帖

CLUMPP使用方法：
（1）创建输入文件：找到example里面的两个文件arbid.popfile和chicken.indfile。这两个文件是输入文件，pop是种群文件，ind是个体文件。每个K值下都要做两个和这两个文件格式一致的输入文件。structure输出的结果中，把Inferred ancestry of individuals后面的内容放在ind文件；Proportion of membership of each pre-defined population in each of the 2 clusters后的内容放在pop文件。注意K的每一次运算结果之间的空行 (我们通常每个K运算10次)。另外，个体名称那一列（第二列）不允许出现如BL、ML等字母，可以全部换成数字。以上过程最好用textpad，可结合excel进行。
（2）修改paramfile文件，包括以下几项：
DATATYPE: 选1时候，运行种群；0 运行个体
输入文件的名字：ind/pop 输出文件的名字：可直接用后缀.indivq/.popq,以便Distruct分析。 k：值 C：种群和个体数 R：每个k重复的次数 m：算法(算得快时可选1, 慢时选2)
（3）必须将运算涉及的所有文件放到一个文件夹下，包括clumpp.exe
（4）每个K值下分别运算种群和个体，得到两个输出文件。
但是我不会操作

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