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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 干扰/敲除 » 马铃薯基因编辑后如何鉴定
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李传龙

新虫 (小有名气)

[求助] 马铃薯基因编辑后如何鉴定已有1人参与

最近在研究马铃薯基因编辑，因为马铃薯是同源四倍体，想研究一下马铃薯编辑的染色体条数，求助各位大神如何鉴定编辑的染色体条数，谢谢

@biostar2009 @wizardfan 发自小木虫Android客户端
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1楼2018-12-04 21:02:50
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
最靠谱的就是PCR，然后通量测序（deep sequencing），看看有几种indel的genotype。运气好的能看到四种，不能的话继续努力编辑
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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
2楼2018-12-05 09:12:11
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李传龙

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by drwhoknowss at 2018-12-05 09:12:11
最靠谱的就是PCR，然后通量测序（deep sequencing），看看有几种indel的genotype。运气好的能看到四种，不能的话继续努力编辑

就是从编辑位点两端设计引物，然后以编辑的材料基因组为模板PCR，然后將pcr产物产物测序，那样如果两条染色体编辑后产生相同突变，这样不就测不出突变几条吗？

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3楼2018-12-05 13:05:02
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 李传龙 at 2018-12-05 07:05:02
就是从编辑位点两端设计引物，然后以编辑的材料基因组为模板PCR，然后將pcr产物产物测序，那样如果两条染色体编辑后产生相同突变，这样不就测不出突变几条吗？
...

所以“运气不好，继续努力”。
不过这么善于思考，我再告诉你一个小秘密，如果你测的足够深 （>5000 coverage），那么统计就有了意义。如果你看到非常接近50%-25%-25%，或者类似比例，也可以确定。
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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
4楼2018-12-06 00:01:41
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李传龙

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by drwhoknowss at 2018-12-06 00:01:41
所以“运气不好，继续努力”。
不过这么善于思考，我再告诉你一个小秘密，如果你测的足够深 （>5000 coverage），那么统计就有了意义。如果你看到非常接近50%-25%-25%，或者类似比例，也可以确定。...

虽然您后来说的统计的数字我没太明白，但是还是谢谢您的解答，受益匪浅。谢谢

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5楼2018-12-06 16:56:10
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