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huangyc

木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】如何跨节点并行

RT。每个节点8CPU，若想跨节点并行，如一次使用16CPU，如何实现，谢谢

写脚本的话请详细点告诉我，我Linux基础不好

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1楼2009-04-28 10:35:33

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wuli8

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简单组建linux集群及并行编译vasp过程

我们现在主要是用做高性能计算，下面就是我的集群的组建过程。
集群的硬件环境：做一个集群，节点机器的硬件最好相同，这样计算的效率就会高很多，同时组建集群也相对容易。以下是我的机器的配置情况（全新，组装）另外要说的是，我们的节点机没有配置显示器，全部工作由服务器完成。连接就是通过交换机连接，和一般局域网连接相同。
服务器：P4 3.2，内存2 G ，硬盘：160G ，显示器，网卡：2个千兆网卡  （money：8千多）
节点（10台）： P4 3.2，内存：2 G，硬盘：80G ，网卡：千兆网卡（5千多每台）
华为24口千兆交换机（4千多）
集群软件环境：建一个简单的集群，其实并不难，主要配置nis，nfs，rsh，mpi就好了。推荐大家看一本书《微机集群组建、优化和管理》车静光著，机械工业出版社。我的集群，采用suse9.3，操作系统其实也很重要，这次试了很多操作系统，redhat9，rhas4无法识别网卡，rocks无法安装，如果硬件没有什么问题，建议大家可以试下rocks cluster这个集群系统，rocks集操作系统和集群于一体，安装完成并行环境就已经建立，而且还配备了pbs管理软件，非常简单，容易上手，只是我的硬件不太兼容，本来是想装rocks的，无奈，只有自己动手了。
Suse配置nis，nfs非常简单，因为suse强大的yast，就像window一样方便，只要鼠标轻点几下就ok。
1．Linux系统的安装，suse安装也非常简单，在此不想详细讲太多，主要是在分区的时候要注意，最要自己手动分区，对于服务器来说，最好能分一个独立的分区/home，因为节点机器要通过nfs共享服务器的/home。注意的是一下几个软件包一定要安装nfs（nfs－utils），nis（ypbind），rsh（rsh－server）。
2．基本的网络配置（通过yast的网卡配置）
服务器的：192.168.1.253    hostname：node0  域名：node0.cluster
节点机器：192.168.1－192.168.1.10 hostname：node1－node10 域名：node*.cluser
掩码：255.255.255.0
3.服务器的配置
3.1．Nfs设置
NFS（NetWork File System）是一种使用比较多的网络文件系统，它以它的安装容易，使用方便得到很多Linux爱好者的使用。在使用NFS时，我们把需要共享的分区或者文件按照一定的规范共享出去，想使用这个资源的机器使用mount 命令把共享的资源加载到自己的系统上，然后就可以像使用自己的本地文件系统一样方便。
进入图形yast－network－nfs server，之后开始配置，点击add directory：之后设置两个共享目录， /home,/usr/local/，然后加入共享这两个目录的主机通配符192.168.1.0/255.255.255.0 rw,root_squash, sync。其实配置nfs就是修改/etc/exports 文件，你也可以直接修改成
/home/ 192.168.1.1/255.255.255.0(rw,root_squash,sync)
/usr/local 192.168.1.1/255.255.255.0(rw,root_squash,sync)
Ok，NFS就这样配置好了。
3.2 NIS的配置
   NIS(Network Information Service)是实现网络上各Linux机器之间的重要数据分享。这些数据包括用户帐号，密码，组文件，主机文件，等等。在集群中我们要做到单一的镜象就需要NIS的一些服务。比如我们不需要在每个节点上建立各自的用户，而是在master上建立一个用户以后，就同时在其它的节点上能够访问到这个用户。
下面是我的配置过程：
Yast－network－nis server－create nis master server之后填入nis domain name，就是域名，我们填node0.Cluster，之后一些信息一般选默认就可以了，之后要配置hosts：
netmask：255.255.255.255 network：127.0.0.1
netmask：255.255.0.0 network：192.168.0.0
ok,之后完成，进入/var/yp目录，执行make就最后完成nis的配置。注意的是如果你新建用户了，要注意执行make命令更新nis信息。
最后启动网络服务yast－network-start service进入设置，开启shell，login两项服务。
3.3 rsh的配置
注意修改这两个文件/etc/hosts /etc/hosts.equiv 所建立用户的.rhosts，这个文件和/hosts.equiv文件内容设置相同。
Hosts的文件信息，最后修改成：
127.0.0.1 localhost
192.168.1.253 node0.cluster  node0
192.168.1.1 node1.cluster node1

192.168.1.10 node10.cluster node10
Hosts.equiv:
Node0
Node1

Node10
把所有节点的信息输入到这两个文件，等节点机器的配置好后，你就可以用命令rlogin node*,登陆节点机器，这样就可以对节点机器进行操作了。
节点机器的配置
配置nis，nfs的情况基本和服务器类似，只是进入yast的时候选择的是nis客户端，和nfs客户端即可，这里不再详细说明。之后启动rsh服务，启动过程，编辑/etc/xinetd.d/rsh 将其中内容“disable＝yes”改成“disable＝no”，重新restart xinetd，激活rsh #chkconfig –level 345 rsh on
#/etc/rc.d/xinetd restart,这样就配置好rsh了，

Lam－mpi的编译安装使用。
（1）到lam－mpi官方网站www.lam-mpi.org下载最新的源代码，注意不要下载rpm格式的，要自己编译tar.gz格式的
（2）用“tar zxvf lam-7.1.1.tar.gz”解压
（3）进入该目录配置编译信息(后面编译vasp中的makefile有)
./configure—prefix =/usr/local/lam-7.1.1 ――with CFLAGS=―O ―with –fc=ifort ―― with ―f77flags=―O ―without ―romio
几点说明，前面是配置lam－mpi的安装路径/usr/local/lam-7.1.1,指定的编译器是intel的fortran编译器ifort
（4）然后执行make进行编译，最后执行make install安装，ok成功安装lam－mpi
之后最好把/usr/local/lam-7.1.1/bin加入到搜索路径中，具体做法vi编辑/etc/profile找到
#make path more comfortable
＃if test ………then
PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/usr/local/lam-7.1.1/bin
Ok, 这样就设置好路径了，注意的是服务器和节点机器都要设置，因为我们是通过nfs共享lam。之后新建一个文件，lamhosts，输入node0，执行lamboot － lamhosts
如果显示有lam的相关信息，那说明安装成功。
之后顺便说一下lam的使用的几个命令，注意执行lam不能在root下操作
1）新建一个文件，说明要使用并行计算的几个机器，vi lamhosts
加入你要计算的机器，比如node0 node1 node2 …每个机器一行
2） lamboot －v lamhosts 启动lam－mpi
3） mpirun － np * program *为你运行机器的台数，progran为并行程序，在vasp中我就直接运行mpirun －np 10 vasp
4）运行结束，记得wipe －v lamhosts 释放机器，否则节点机器无法关机，我经常忘记执行这个命令，导致关机的时候无法正常关机.。
Ifc8.0并行vasp的编译（参考了本论坛的[转帖]VASP程序的编译(valenhou)）
感觉vasp安装不同操作系统不同的版本情况有很大不一样，在suse中并行vasp4.6我编译不成功，并行vasp4.5成功，串行4.6也成功，在rhas4.0中串行vasp4.6无法成功编译，vasp4.5则没有问题，大家如果编译不成功的话，可以试试不同版本。下面讲讲我的并行编译。首先要安装好fortran的编译器ifc这个不详细讲了，重要是要配置好路径，节点机器也是同样问题，ifc可以通过nfs共享，节点机器只要设置好路径就好了。
1．下载数学库libgoto，我的是intel平台我下libgoto_prescott32p-r1.00.so，之后我把他放在vasp上一级目录/usr/local/lib中
2．解压vasp.4.5.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz，注意把vasp安装在usr/local的共享目录中
Tar zxvf vasp.4.5.tar.gz    tar zxvf vasp.4.lib.tar.gz
3. cd  vasp.4.lib
cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
vi makefile 把当中的编译命令ifc改为ifort，在8.0中的命令是ifort不是ifc
之后执行make命令得到libdmy.a。
4. cd vasp.4.5
cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
vi makefile 把前面第50行的FC=IFC部分用＃注释掉，第80－82的cpp部分也注释掉
之后就是136行blas＝/usr/local/lib/libgoto_prescott32p-r1.00.so -lsvml
LAPACK用139行vasp自带的lapack，
把第166行和167行有关FFT3D的行前加上注释号，如下面的
#FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o
#FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a
之后把202，203行mpi部分fc＝mpif77的＃去掉
把212行有关CPP的行前的注释号去掉
把226和227行有关SCA的行，加上注释号
把239和243行有关FFT3D的行，改成如下的内容：
# FFT: fftmpi.o with fft3dlib of Juergen Furthmueller
FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dlib.o
# fftw.3.0.1 is slighly faster and should be used if available
#FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o
/opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a
把这些都修改后，保存，再make得到vasp的可执行程序，为了和串行区别之后我把vasp修改为vaspmpi，copy到/bin中去。这样就大功告成了。